genetic and genomic medicine 篇论文

遗传与基因组医学正在重塑我们理解生命与疾病的方式，它通过解读我们的遗传密码来探索健康背后的深层机制。这一领域不仅关乎个人基因特征的差异，更致力于发现疾病根源并开发精准的预防与治疗策略，让医疗从“千人一方”走向“量身定制”。

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本研究介绍了 CASTIE，这是一个用于映射上下文依赖型单细胞 eQTL 的可扩展框架，它通过考虑不同细胞状态下的基因型与环境相互作用，发现了传统静态模型所遗漏的数千个与疾病相关的调控变异。

该生物样本库研究通过对三个队列进行全基因组关联分析，鉴定了七个重复出现的肌痛性脑脊髓炎/慢性疲劳综合征基因组风险位点，其中包括位于 CLYBL、BICD1、GRIN2A、CSMD1 和 RORA 等基因附近的变异，尽管没有单个变异在所有三项研究中均达到显著性水平。

本研究通过全外显子组测序证明了创伤后癫痫的多基因特性，并建立了一个用于评估个体遗传风险的高准确度预测框架，从而支持了创伤后癫痫的“两击假说”。

在一项针对美国成年人的大型前瞻性队列研究中，痴呆症的多性状不良多基因谱与痴呆、残疾或死亡风险的增加显著相关，其中对痴呆症的影响最为强烈，并且在携带 APOE ε4 等位基因的个体中进一步放大。

这项研究表明，长读段基因组测序为此前通过短读段测序未确诊的罕见孟德尔遗传病患者提供了 4.7% 的增量诊断收益，这主要是通过检测短读段方法无法获取的暗基因区域、结构变异、重复扩增以及新发突变实现的。

X-Admix 是一种新型且具有可解释性的多模态框架，它利用交叉注意力机制来共同整合基因型、局部祖源以及健康的社会决定因素，在成功预测混血非裔美国人群吸入性皮质类固醇反应的同时，揭示了传统方法所遗漏的独特候选基因-环境相互作用。

本文介绍了基因交换随机化（Gene Swap Randomization, GSR），这是一个旨在纠正由 GWAS 基因集富集分析中通路重叠所导致的偏差的框架，从而显著提高了识别生物学相关通路以及区分真实的通路特异性信号与共享基因成员身份所致的人为伪影的准确性。

本研究利用血浆代谢组学技术，鉴定了经治疗的 MPS IH 与 MPS IA 患者之间显著的代谢差异，特别是在鞘脂类和 β-氧化途径方面，从而揭示了潜在的生物标志物以及用于应对 MPS IH 残余疾病进展的辅助治疗靶点。

本研究证实了 MAP3K1 基因的失功能变异会导致扩张型心肌病，从而将该基因已知的疾病谱系从综合征性疾病扩展到了包括跨越生命周期的单纯性心力衰竭。

本文描述了 SysBio 通用数据模型的设计、实现以及 AI 辅助的协调工作流，该模型扩展了 OMOP 框架，旨在实现加速药物研发伙伴关系（AMP）内多模态组学数据在联邦数据生态系统中的可发现性和互操作性。