360 ورقة بحثية
إن EnzySeek هو وكيل ذكاء اصطناعي يستفيد من النماذج اللغوية الكبيرة، وقاعدة معرفية منسقة حول تحفيز الإنزيمات، وواجهات بروتوكول سياق النموذج (MCP) لتنفيذ والتحقق ذاتياً من سير عمل محاكاة الإنزيمات المعقدة — بدءاً من التنبؤ ببنية البروتين وصولاً إلى حسابات الميكانيكا الكمية/الميكانيكا الجزيئية (QM/MM) — مع التعلم المستمر من النتائج التي تم التحقق منها بشرياً للنهوض بأتمتة أبحاث تحفيز الإنزيمات.
تُظهر هذه الدراسة أن بروتين IM30، وهو بروتين ESCRT-III البكتيري، يُشكّل تكثفات جزيئية حيوية مستجيبة للإجهاد عبر عملية الفصل الطوري سائل-سائل، وهي عملية مدفوعة بنطاق دبوس شعري حلزوني (1-3) مهيكل، ويحفزها التحمض الناجم عن الإجهاد البيئي الذي يخفض حاجز الفصل الطوري.
توضح هذه الدراسة الآلية الهيكلية التي يقوم من خلالها بروتين Cas12f غير النشط نوكليازياً، والموجه بواسطة الحمض النووي الريبوزي والمرتبط بعامل سيجما فريد، بتنشيط النسخ البكتيري عبر استدعاء إنزيم بوليميراز الحمض النووي الريبوزي إلى موقع محدد في المصب مع تجاوز التعرف التقليدي على المحفز من خلال التثبيت المستحدث للحمض النووي المنصهر.
تكشف هذه الدراسة أن إنزيم إزالة اليوبيكويتين Otu1 (Yod1) يمنع الركائز من الانحباس في دورات عبثية على ATPase من نوع Cdc48/p97 عن طريق تقليم سلاسل اليوبيكويتين الخاصة بها قبل عملية النقل، مما يسهل انتقالها بكفاءة إلى البروتيازوم من أجل التحلل عبر آلية محفوظة تتضمن الارتباط المتزامن للمرافقات وفك طي اليوبيكويتين.
تُظهر هذه الدراسة أنه يمكن الاستغناء عن خطوات تقدير كمية البروتين والمعايرة الفيزيائية في بعض مسارات عمل البروتيوميات الكمية دون زيادة تباين القياس بشكل كبير، شريطة تطبيق استراتيجيات معايرة حوسبية قوية أثناء تحليل البيانات.
تكشف هذه الدراسة أن الأسطح الحرارية البلاستيكية البكر تُظهر تقارباً منخفضاً جوهرياً تجاه جزيئات الكربون دون الميكرونية، وبكتيريا الإشريكية القولونية (Escherichia coli)، وحمض الهيوميك في ظل ظروف القوة الأيونية المنخفضة، حيث تهيمن الخصائص النوعية للجزيئات على عملية الاحتجاز على خصائص الجامع، بينما تفشل نظرية (XDLVO) الكلاسيكية في التنبؤ بالالتصاق الضعيف الملحوظ.
تكشف هذه الدراسة أن إنزيمات ميثيل أرجينين Hmt1 وPRMT1 تعزز تفكك وتطهير تجمعات ألفا-سينوكلين تحت ظروف الإجهاد التأكسدي من خلال آلية غير تقليدية وغير معتمدة على التحفيز، مما يقلل من السمية الخلوية ويقدم مسارات علاجية جديدة للأمراض التنكسية العصبية.
تحدد هذه الدراسة البنى البلورية لريبوزيمين جديدين لفيروس التهاب الكبد "دلتا" (HDV) من نوع *C. briggsae* وAckermannviridae، مما يكشف عن بنية عقدة كاذبة مزدوجة محفوظة وآلية تحفيز يعمل فيها السيتوزين 75 كحمض عام ويعمل فيها أيون معدني ثنائي التكافؤ كحمض لويس، مما يميز هذه الفئة من الريبوزيمات عن معظم الريبوزيمات النووية الأخرى التي تعتمد على التحفيز بالقاعدة العامة.
تكشف هذه الدراسة، باستخدام سير عمل تحليل الطيف الكتلي بالتحليل التمييزي (DIA-MS) المُمكّن بتقنية الـ "بيبتيديسك" (peptidisc)، أن مرض ألزهايمر في إناث فئران (APP) يسبب إعادة تشكيل كبيرة للبروتيوم الغشائي القشري، والذي يتم استهدافه انتقائياً عبر تعديل مستقبلات (M1) لاستعادة مسارات حركة النقل العصبي واللدونة المشبكية دون تغيير بروتيوم الغشاء للنمط البري بشكل واسع.
تحدد هذه الدراسة وتُوصّف مثبطات جديدة لمعقد NQR في بكتيريا الزوائف الزنجارية (*Pseudomonas aeruginosa*)، مُثبتةً من خلال بنيات المجهر الإلكتروني المبرد (cryoEM) عالية الدقة والمقايسات الوظيفية أن حجب هذا الإنزيم القاذف للبروتونات يعطل انتقال الإلكترونات ويضعف بشكل كبير عوامل الضراوة البكتيرية مثل الحركة وتكوين الغشاء الحيوي (biofilm).