951 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية SyntenyPair Explorer، وهي أداة خفيفة الوزن، لا تتطلب تثبيتاً، وتعمل عبر المتصفح، تتيح التصور والاستكشاف التفاعلي لترتيب الجينات الزوجي (synteny) باستخدام تنسيقات ملفات علم الجينوم المقارن القياسية دون الحاجة إلى برامج محلية أو بنية تحتية للخوادم.
تقدم هذه الورقة "deepthought"، وهو مكدس برمجيات معياري للاستحواذ المجهري يعمل على توحيد المكونات الشائعة مثل الوصول إلى الأجهزة والتخزين مع عزل منطق التفسير والاستهداف الخاص بالتطبيقات، مما يتيح التصوير المستقل القائم على التحليل في الحلقة عبر سيناريوهات بيولوجية متنوعة مثل الفحص عالي الإنتاجية وتتبع الخلاكن الحية طويل الأمد.
تقترح هذه الدراسة، باستخدام حسابات نظرية دالة الكثافة، مساراً كيميائياً جذرياً جديداً وخالياً من الحفاز لتكوين ثنائيات الببتيد من الجليسين في الظروف ما قبل الحيوية، يتميز بحواجز طاقة إلكترونية منخفضة ومدعوم بتحليلات مفصلة لخصائص الجذور الوسطية.
تقدم الورقة البحثية Tx2Mol، وهو إطار عمل موجه بالترانسكريبتوم يعمل على ترجمة بصمات التعبير الجيني إلى جزيئات جديدة كلياً ذات صلة بيولوجية ومعقولة كيميائياً، مما يظهر أداءً فائقاً على النماذج المرجعية الحالية في الحفاظ على الاستجابات المظهرية عبر سياقات التعبير الجيني الكلي، والخلايا المفردة، والسياقات المرضية المستمدة من المرضى.
تُثبت هذه الورقة أن وكيل البرمجة المقيّد بالصحة يمكنه التفوق بشكل كبير على خط الأساس المعتمد RapidNJ في مجال علم الوراثة العرقي الحسابي من خلال إنتاج SwiftNJ، وهو تنفيذ مُحسّن لخوارزمية "الجار الأقرب" (Neighbour Joining) يحقق نسبة زمن تشغيل بمتوسط هندسي قدره 0.565 مع الحفاظ على الصحة الدقيقة مقابل المعايير المرجعية.
ليفياتان (Leviathan) هو حزمة برمجية مفتوحة المصدر تتيح التوصيف التصنيفي والوظيفي فائق السرعة، وذكي الذاكرة، ودقيق للميتاجينومات والميتا ترانسكريبتومات على مستوى الجينوم والبانجينوم، وذلك عبر الجمع بين الطرق التصنيفية الخالية من المحاذاة مع المحاذاة الزائفة لمساحة الحمض النووي (DNA-space pseudo-alignment) لتجاوز خطوات البحث المترجم المكلفة حاسوبياً.
تقدم هذه الورقة إطار عمل حوسبيًا أدنى متعدد المقاييس يستفيد من ديناميكيات البروتين وآليات التعطيل المتكررة لتحديد وتحديد أولويات الأهداف المضادة للميكروبات بشكل منهجي من أجل تعدد الأدوية العقلاني، بهدف تعزيز الفعالية العلاجية مع تقليل السمية والهروب الطفري إلى أدنى حد.
تقدم الورقة البحثية gTranslate، وهي أداة تعلم آلي فعالة حاسبياً تتنبأ بدقة بجداول الترجمة للجينومات بدائية النواة دون تصنيف تصنيفي مسبق، محققة دقة تزيد عن 99.99% وممكنةً اكتشاف تنوعات جديدة في الشفرة الوراثية في سلالات بكتيرية محددة.
تقدم هذه الدراسة إطاراً حوسبياً يستفيد من نموذج التأسيس DNA Evo2 لتحديد أولويات المتغيرات التنظيمية غير المشفرة في سرطان القولون والمستقيم من خلال قياس تأثيرها على تسلسلات المحفزات، حيث نجحت في تحديد المرشحين ذوي التأثير العالي والمثرين في المسارات ذات الصلة بالسرطان ومواقع دراسات الارتباط الكامل للجينوم (GWAS) دون الاعتماد على التدريب الخاضع للإشراف أو التوصيفات المحددة مسبقاً.
يُعد SQANTI-browser إطار عمل جديد للتصور يدمج بيانات النسخ الطويلة المصنفة بواسطة SQANTI3 في متصفح الجينوم UCSC، مما يتيح التصفية التفاعلية، والتنقيح الموجه بالأدلة، وحل مشكلات عيوب المحاذاة لإنقاذ الأشكال المتعددة الجديدة القابلة للتطبيق عبر مجموعات البيانات المتنوعة.