bioinformatics ورقة بحثية

High-Fidelity Long-term Whole-embryo Lineage and Fate Reconstruction by Iterative Tracking with Error Correction

تقدم هذه الورقة البحثية ITEC، وهو أسلوب غير خاضع للإشراف بالكامل يحقق إعادة بناء عالية الدقة وطويلة الأمد لسلالات الخلايا الكاملة وخرائط المصير عبر أنواع متعددة، وذلك من خلال التتبع المتكرر وتصحيح الأخطاء في بيانات التصوير الجنيني ذات الحجم الذي يصل إلى تيرابايت.

Wang, M., Zhang, Q., Wang, C., Chi, Y., Zheng, W., Mu, Z., Cao, X., Zhang, W., Yang, B., Schier, A. F., Acedo, J. N., Wa (…)2026-03-16

💻 bioinformatics

Integrative modeling of read depth and B-allele frequency improves single-cell copy number calling from targeted DNA sequencing panels

تقدم هذه الورقة scPloidyR، وهو نموذج ماركوف الخفي الذي يحلل بشكل مشترك عمق قراءة التسلسل وتكرار الأليل-B من لوحات الحمض النووي المستهدفة أحادية الخلية لتحسين دقة الكشف عن تغير عدد النسخ بشكل كبير مقارنة بالطرق التي تعتمد على العمق فقط، بشرط توفر المعلومات الأليلية.

Pei, D., Griffard-Smith, R., Cano Urrego, B., Schueddig, E.2026-03-16

💻 bioinformatics

Reinforcement Learning for Antibiotic Stewardship: Optimizing Prescribing Policies Under Antimicrobial Resistance Dynamics

تقدم هذه الورقة إطار محاكاة يوضح أن التعلم المعزز الهرمي يحسن بفعالية سياسات وصف المضادات الحيوية في ظل ديناميكيات مقاومة مضادات الميكروبات، وذلك من خلال الاستفادة من التجريد الزمني وتصنيف المخاطر للتفوق على القواعد الثابتة ونهج التعلم المعزز المسطح في البيئات المعقدة ذات الإدراك الجزئي.

Lee, J., Blumberg, S.2026-03-16

💻 bioinformatics

Reliable Molecular Retrieval from Mass Spectra using Conformal Prediction

تُثبت هذه الورقة أن تطبيق التنبؤ المطابق (conformal prediction) على استرجاع الجزيئات في تقنية LC-MS/MS يُنتج مجموعات مرشحة خاصة بالأطياف مع ضمان احتمالات التغطية، مما يوازن بفعالية بين الموثوقية والكفاءة عبر سيناريوهات البيانات الموزعة داخل النطاق والبيانات المزاحة.

Rakhshaninejad, M., De Waele, G., Jürgens, M., Waegeman, W.2026-03-16

💻 bioinformatics

Personalized Morphology, Replication Timing, and RNA based Gene Expression Networks for Basal-like and Classical subtyping genes in Pancreatic Adenocarcinoma

تعد هذه الدراسة رائدة في دمج مؤشرات توقيت التضاعف المستمدة من بيانات الميثيلة والتمثيلات المورفولوجية المتضمنة في شبكات جينات LIONESS الشخصية، مما يثبت أن هذه السمات فوق الجينية والهيكلية تعزز بشكل كبير من متانة ودقة تصنيف الأنواع الفرعية "الأساسية" مقابل "الكلاسيكية" في سرطان البنكرياس الغدي.

Leyva, A., Niazi, M. K. K.2026-03-16

💻 bioinformatics

Grass Expression Atlas: an RNA-seq-based expression resource for grass species.

يُعد أطلس التعبير الجيني للأعشاب (GExA) مورداً إلكترونياً تفاعلياً متاحاً مجاناً، يدمج ويعالج بشكل موحد آلاف مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) من أربعة أنواع من الدخن، بالإضافة إلى الشعير والسورجم، لتسهيل الاستكشاف السريع للتعبير الجيني عبر مختلف الأنسجة، والمراحل النمائية، والظروف.

Kambara, K., Chen, Q., Tsugama, D.2026-03-16

💻 bioinformatics

Stoic: Fast and accurate protein stoichiometry prediction

تُعد Stoic طريقة سريعة ودقيقة تستفيد من تضمينات نماذج لغة البروتين والشبكات العصبية الرسومية للتنبؤ بـالنسب الكمية للمجمعات البروتينية من خلال تحديد بقايا الواجهة، مما يتغلب على القيود الحسابية للنهج الحالية القائمة على القوة الغاشمة.

Litvinov, D., Pantolini, L., Skrinjar, P., Tauriello, G., McCafferty, C. L., Engel, B. D., Schwede, T., Durairaj, J.2026-03-16

💻 bioinformatics

PepCABO: Latent-space Bayesian optimization for peptide-MHC binding using contrastive alignment

يُعد PepCABO إطار عمل جديد للتحسين البايزي في الفضاء الكامن، يستفيد من مشفر تلقائي متباين (VAE) مزدوج مع محاذاة تباينية لاكتشاف روابط الببتيد-MHC ذات الألفة العالية بكفاءة، وذلك من خلال تمكين نقل المعرفة المهيكلة عبر الأليلات وتحسين كفاءة العينات في كل من الإعدادات التجريبية ذات الميزانية المنخفضة والمرتفعة.

Ghane, M., Korpela, D., Dumitrescu, A., Lähdesmäki, H.2026-03-16

💻 bioinformatics

Introducing non-enzymatic crosslinks into atomistic simulations of collagen fibrils

تقدم هذه الورقة امتداداً لإطار عمل ColBuilder يتيح توليد نماذج ذرية لليفات الكولاجين تتضمن روابط تقاطع ناتجة عن نواتج الغلوزة المتقدمة (AGE) غير الإنزيمية، مع توفير معاملات حقل قوة مُتحقق منها وإثبات تأثيراتها الهيكلية والميكانيكية المتميزة مقارنة بالروابط التقاطعية الإنزيمية.

Giannetti, G., Pils, J., Graeter, F., Monego, D., Dellago, C.2026-03-16

💻 bioinformatics

Scaling the PBWT for Long-Range Shared Ancestry Detection in Large Haplotype Panels

تقدم الورقة البحثية خوارزمية PBML، وهي خوارزمية مبتكرة تحدد بكفاءة قطع الأنساب المشتركة طويلة المدى وذات الأهمية البيولوجية (kL-SMEMs) في مجموعات لوحات الهابلوتايب الكبيرة والمتنوعة، وذلك عن طريق تصفية التطابقات القصيرة غير المعلوماتية على فهرس PBWT مضغوط واحد، مما يحقق تحسينات جوهرية في السرعة والذاكرة مقارنة بالطرق الحالية.

Islam, U. I., Cozzi, D., Gagie, T., Varki, R., Colonna, V., Garrison, E., Bonizzoni, P., Boucher, C.2026-03-15

→ السابق التالي ←