bioinformatics ورقة بحثية

Automatic Generation of Model Sequences for Complex Regions in Assembly Graphs

تقدم هذه الورقة "متتبع التشابك البديهي" (TTT)، وهو خوارزمية مؤتمتة تعمل على حل تشابكات مخططات التجميع المعقدة في تسلسل الجينوم من خلال الجمع بين عمق التغطية وبيانات محاذاة القراءات لتوليد مسارات تسلسل محسنة ومبنية على الأدلة، مما يلغي الحاجة إلى التنقيح اليدوي الشاق.

Antipov, D., Chen, Y., Sollitto, M., Phillippy, A. M., Formenti, G., Koren, S.2026-03-10

💻 bioinformatics

In silico analysis of the human titin protein (Immunoglobulin-like, fibronectin type III, and Protein kinase domains) as a potential forensic marker for postmortem interval (PMI) estimation

تقدم هذه الدراسة أول تحليل في الحاسوب (in silico) لنطاقات الغلوبولين المناعي، ونوع فيبرونيكتين الثالث، وبروتين كيناز في بروتين التيتين البشري، كاشفةً عن استقرارها التفاضلي ومقترحةً إياها كعلامات حيوية محتملة متعددة النطاقات لتقدير الفاصل الزمني لما بعد الوفاة.

Gill, M. U., Akhtar, M.2026-03-10

💻 bioinformatics

DIA-NN EasyFilter workflow for the fast and user-friendly critical assessment and visualization of DIA-NN proteomics analysis outcome

لمعالجة صعوبة استجواب مخرجات PARQUET المضغوطة لبرنامج DIA-NN دون امتلاك مهارات برمجية، طور المؤلفون DIA-NN EasyFilter (DEF)، وهو سير عمل قائم على KNIME يتميز بالسرعة وسهولة الاستخدام، يتيح تصفية البروتينات الشاملة، وتقييم الجودة، والتصور التفاعلي لغير المبرمجين.

Moagi, M. G., Thatiana, F. F., Kristof, E. K., Arda, A. G., Arianti, R., Horvatovich, P., Csosz, E.2026-03-10

💻 bioinformatics

NanoVI: a Bayesian variational inference Nextflow pipelinefor species-level taxonomic classification from full-length16S rRNA Nanopore reads

تُعد NanoVI مسار عمل مفتوح المصدر يعتمد على Nextflow، ويستخدم الاستدلال التبايني البايزي لإجراء تصنيف دقيق للأنواع على مستوى النوع لـقراءات 16S rRNA كاملة الطول من تقنية نانو بور (Nanopore) مع تحديد كمي لعدم اليقين، مما يوفر تنفيذًا أسرع وعددًا أقل من الإيجابيات الكاذبة مقارنة بالأدوات الحالية القائمة على خوارزمية توقع التوقع الأقصى (EM).

Curiqueo, C., Fuentes-Santander, F., Ugalde, J. A.2026-03-10

💻 bioinformatics

PhosSight: a Unified Deep Learning Framework Boosting and Accelerating Phosphoproteome Identification to Enable Biological Discoveries

يعد PhosSight إطار عمل موحد للتعلم العميق يعزز تحديد الفوسفوروتيم (phosphoproteome) ويسرع كفاءة البحث في كل من أوضاع الاستحواذ المعتمدة على البيانات (Data-Dependent Acquisition) والاستحواذ غير المعتمد على البيانات (Data-Independent Acquisition) من خلال الاستفادة من الميزات الخاصة بالفوسفات، مما يتيح في النهاية اكتشاف أهداف كيناز جديدة مرتبطة بالإنذار الطبي في مجال طب الأورام الدقيق.

Wang, B., Cheng, Z., She, C., Zhang, J., Lv, L., Zhu, H., Liu, L., Fu, Y., Yi, X.2026-03-10

💻 bioinformatics

FAMUS: A Few-Shot Learning Framework for Large-Scale Protein Annotation

يُعد FAMUS إطار عمل جديداً وتعددي الوحدات للتعلم التبايني، يعمل على تحسين التوصيف الوظيفي للبروتينات على نطاق واسع من خلال الاستفادة من درجات التشابه مقابل قواعد بيانات الملفات التعريفية الكاملة بدلاً من أفضل النتائج الفردية فقط، متفوقاً بذلك على الأدوات الحالية مثل KofamScan وInterProScan مع توفير تطبيقات سهلة الوصول عبر conda والويب.

Shur, G., Burstein, D.2026-03-10

💻 bioinformatics

Developing SCL2205 : A Protein Sequence-based Spatial Modelling Dataset for the Protein Language Model Frontier

تقدم هذه الورقة البحثية SCL2205، وهو عبارة عن مجموعة بيانات لتسلسلات البروتين عالية الجودة ومنقحة بدقة مستمدة من UniProtKB، والتي تعالج مشكلات تسرب البيانات والجودة في المعايير المرجعية الحالية، مما يظهر تحسينات ملحوظة في الأداء مقارنة بالنماذج الرائدة في التنبؤ بالموقع تحت الخلوي للبروتين مع كونه متاحاً بشكل مفتوح لتعزيز أبحاث التعلم العميق القابلة للتكرار.

Ouso, D., Pollastri, G.2026-03-10

💻 bioinformatics

Phosphorylation of a tumor-derived ASXL2 epitope remodels 1 peptide-HLA binding affinity and interaction dynamics

تُظهر هذه الدراسة أن فسفرة حاتمة (epitope) بروتين ASXL2 المشتق من الأورام تعزز من ألفة ارتباطها بجزيئات HLA من الفئة الأولى عن طريق إعادة تشكيل شبكات التفاعل غير المرتبطة وتغيير الديناميكيات التشكيلية للمُعقّد، مما يوفر أساساً بنيوياً لاستهداف مثل هذه الحواتم المعدلة بعد الترجمة في العلاج المناعي للسرطان.

Zhang, J., Lv, L., Chen, B., Yi, X.2026-03-10

💻 bioinformatics

STAR Suite: Integrating transcriptomics through AI software engineering in the NIH MorPhiC consortium

تقدم الورقة البحثية STAR Suite، وهو تحديث مدعوم بالذكاء الاصطناعي لمحاذي (aligner) STAR الذي يدمج الوظائف التي كانت خارجية سابقاً مباشرة في كود المصدر الخاص به بلغة ++C للقضاء على اختناقات الملفات الوسيطة، مما يتيح معالجة ترانسكريبتومية قابلة للتوسع وخالية من التبعيات لصالح كونسورتيوم NIH MorPhiC.

Hung, L.-H., Yeung, K. Y.2026-03-10

💻 bioinformatics

Ensemble-based genomic prediction for maize flowering-time improves prediction accuracy and reveals novel insights into trait genetic variation

تُظهر هذه الدراسة أن نهج التنبؤ الجينومي القائم على التجميع (EasiGP) يحسن بشكل كبير من دقة التنبؤ بصفات وقت الإزهار في الذرة من خلال الاستفادة من نقاط القوة المتكاملة والرؤى المتنوعة لنماذج فردية متعددة لتعويض أخطاء التنبؤ والتقاط التباين الوراثي الكامن بشكل أفضل.

Tomura, S., Powell, O. M., Wilkinson, M. J., Cooper, M.2026-03-09

→ السابق التالي ←