💻 Category

bioinformatics

1123 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

Open-source, Hardware-Independent GPU Acceleration for Scalable Nanopore Basecalling with Slorado and Openfish

تقدم هذه الورقة Openfish، وهي مكتبة فك تشفير مفتوحة المصدر ومعززة بوحدات معالجة الرسومات، وSlorado، وهو إطار عمل لفك ترميز القواعد (basecalling) مفتوح المصدر بالكامل، لتوفير بديل مستقل عن الأجهزة، وقابل للتوسع، ودقيق لبرنامج Dorado المملوك لشركة Oxford Nanopore Technologies، مما يؤدي بذلك إلى القضاء على الارتباط بالأجهزة وتعزيز إمكانية الوصول لتقنية تسلسل النانو بور (nanopore sequencing).

Wong, B., Singh, G., Javaid, H., Denolf, K., Liyanage, K., Samarakoon, H., Deveson, I. W., Gamaarachchi, H.2026-03-28
💻 المعلوماتية الحيوية

scMagnifier: resolving fine-grained cell subtypes via GRN-informed perturbations and consensus clustering

يُعد scMagnifier إطار عمل للتجميع القائم على التوافق، يستفيد من الاضطرابات الحاسوبية المستنيرة بالشبكات التنظيمية للجينات وطريقة تصور مبتكرة لتضخيم الاختلافات النسخية الدقيقة، مما يتيح التحديد عالي الدقة والخرائط المكانية للأنواع الفرعية الخلوية دقيقة التفاصيل في كل من بيانات النسخ أحادية الخلية والنسخ المكانية.

He, Z., Kangning, D.2026-03-28
💻 المعلوماتية الحيوية

Strain-specific structural variant landscapes shape mutation retention following mutagenesis in Caenorhabditis elegans

تكشف هذه الدراسة أنه في دودة *Caenorhabditis elegans*، تؤثر بنيات المتغيرات الهيكلية الخاصة بسلالات معينة بشكل كبير على ديناميكيات الاحتفاظ بالطفرات عقب عملية الطفرات، حيث تؤدي معدلات التزاوج الخارجي الأعلى، على نحو متناقض، إلى زيادة أعباء المتغيرات الهيكلية وانخفاض تطهير الطفرات الضارة.

Kapila, R., Saber, S., Verma, R. K., Blanco, G., Eggers, V. K., Fierst, J.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

The Tiling Algorithm - A general method for structural characterization of accurate long DNA sequence reads: application to AAV genome sequences.

تقدم هذه الورقة "خوارزمية التبليط" (Tiling Algorithm)، وهي طريقة غير معتمدة على مرجع لتوصيف التنوع الهيكلي والأنواع الثانوية لجينومات الفيروسات المرتبطة بالغدة (AAV) باستخدام بيانات تسلسل القراءة الطويلة الدقيقة، مما يتغلب على قيود النهج المعتمد على المحاذاة في التعامل مع تحديات خاصة بفيروسات (AAV) مثل النهايات الطرفية المقلوبة وآثار التضاعف.

Bruccoleri, R. E., Rouleau, D., Slater, C., Lata, D., Phillion, C., Adjei, S., Adhikari, K., Dollive, S.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

RNApdbee 3.0: A unified web server for comprehensive RNA secondary structure annotation from 3D coordinates

يُعد RNApdbee 3.0 خادماً موحداً عبر الويب يوفر تعليقاً توضيحياً شاملاً للبنية الثانوية للحمض النووي الريبوزي (RNA) من خلال دمج البيانات ثنائية الأبعاد وثلاثية الأبعاد لتصنيف التفاعلات المتنوعة بين النيوكليوتيدات، ومعالجة التناقضات الهيكلية، وتوليد مخرجات وتصورات معيارية من الإحداثيات ثلاثية الأبعاد.

Pielesiak, J., Niznik, K., Snioszek, P., Wachowski, G., Zurawski, M., Antczak, M., Szachniuk, M., Zok, T.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

KyDab - a comprehensive database of antibody discovery selection campaigns.

تعد Kydab قاعدة بيانات شاملة ومتاحة للجمهور، تقوم بتنسيق أكثر من 120,000 تسلسل للأجسام المضادة المزدوجة وبيانات اختيار كاملة المسار من دراسات تحصين Kymouse المعيارية لدعم تطوير وتقييم نماذج الذكاء الاصطناعي لاكتشاف الأجسام المضادة.

Zhou, Q., Chomicz, D., Melvin, D., Griffiths, M., Yahiya, S., Reece, S., Le Pannerer, M.-M., Krawczyk, K.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Teaching Diffusion Models Physics: Reinforcement Learning for Physically Valid Diffusion-Based Docking

تقدم هذه الورقة إطار عمل للتعلم التعزيزي لضبط نماذج الإرساء الجزيئي القائمة على الانتشار، مما يعزز بشكل كبير قدرتها على توليد وضعيات صالحة فيزيائياً ومحافظة على التفاعلات دون المساس بالدقة الهيكلية أو زيادة الحوسبة أثناء وقت الاستدلال.

Broster, J. H., Popovic, B., Kondinskaia, D., Deane, C. M., Imrie, F.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Horse, not zebra: accounting for lineage abundance in maximum likelihood phylogenetics

تقدم هذه الورقة طريقتين لتقدير الاحتمال الأقصى تدمجان أولويات وفرة السلالات —من خلال تفسير التفرعات المتعددة كإشارات غير مكتملة لشرائح مشتركة أو نمذجة معدلات التسلسل بما يتناسب مع الانتشار— لتحسين دقة الاستدلال الفيلوجيني (نشوء السلالات) بشكل كبير لمسببات الأمراض سريعة التطور مثل SARS-CoV-2، وذلك عبر إعطاء الأولوية لوضع المتواليات ضمن السلالات الشائعة ("الخيول") بدلاً من السلالات النادرة ("الحمر الوحشية").

De Maio, N.2026-03-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads

تقدم الورقة البحثية Amaranth، وهو مجمع نسخ جينية جديد للخلية الواحدة يحسن دقة إعادة بناء النسخ كاملة الطول بشكل كبير من خلال توظيف النمذجة التمييزية لمعالجة التحيزات البيولوجية والإحصائية المتميزة بين القراءات المرتبطة بـ UMI والقراءات الداخلية في بروتوكولات Smart-seq.

Zang, X. C., Zahin, T., Khan, I. M., Shi, Q., Xing, Y., Shao, M.2026-03-26
💻 المعلوماتية الحيوية

Predicting Unseen Gene Perturbation Response Using Graph Neural Networks with Biological Priors

تقدم الورقة البحثية PerturbGraph، وهو إطار عمل للشبكات العصبية الرسومية يدمج الأولويات البيولوجية مثل شبكات التفاعل بين البروتينات والتعليقات الوظيفية للتنبؤ بدقة بالاستجابات النسخية لاضطرابات الجينات غير المرئية، متفوقاً بشكل كبير على النماذج المرجعية الحالية لتعلم الآلة والتعلم العميق.

Dip, S. A., Zhang, L.2026-03-26