1123 ورقة بحثية
تُعد منصة AQuA2-Cloud منصة ويب سحابية الأصل تتغلب على القيود الحسابية والترخيصية لبرنامج AQuA2 الأصلي من خلال تمكين تحليل التصوير الحيوي الفلوري الزماني المكاني متعدد المستخدمين وعالي الدقة عبر متصفحات الويب القياسية دون الحاجة إلى برنامج MATLAB.
تقدم هذه الورقة OpticalFlow3D، وهي أداة متاحة بلغتي Python وMATLAB تطبق التدفق البصري على صور المجهر الفلوري ثلاثية الأبعاد لتحليل الحركة البيولوجية المعقدة وغير المنتظمة كمياً دون الحاجة إلى تجزئة الأجسام، مما يسهل استخلاص رؤى بيولوجية جديدة عبر مختلف المقاييس.
تقدم هذه الورقة "متتبع التشابك البديهي" (TTT)، وهو خوارزمية مؤتمتة تعمل على حل تشابكات مخططات التجميع المعقدة في تسلسل الجينوم من خلال الجمع بين عمق التغطية وبيانات محاذاة القراءات لتوليد مسارات تسلسل محسنة ومبنية على الأدلة، مما يلغي الحاجة إلى التنقيح اليدوي الشاق.
تقدم هذه الدراسة أول تحليل في الحاسوب (in silico) لنطاقات الغلوبولين المناعي، ونوع فيبرونيكتين الثالث، وبروتين كيناز في بروتين التيتين البشري، كاشفةً عن استقرارها التفاضلي ومقترحةً إياها كعلامات حيوية محتملة متعددة النطاقات لتقدير الفاصل الزمني لما بعد الوفاة.
لمعالجة صعوبة استجواب مخرجات PARQUET المضغوطة لبرنامج DIA-NN دون امتلاك مهارات برمجية، طور المؤلفون DIA-NN EasyFilter (DEF)، وهو سير عمل قائم على KNIME يتميز بالسرعة وسهولة الاستخدام، يتيح تصفية البروتينات الشاملة، وتقييم الجودة، والتصور التفاعلي لغير المبرمجين.
تُعد NanoVI مسار عمل مفتوح المصدر يعتمد على Nextflow، ويستخدم الاستدلال التبايني البايزي لإجراء تصنيف دقيق للأنواع على مستوى النوع لـقراءات 16S rRNA كاملة الطول من تقنية نانو بور (Nanopore) مع تحديد كمي لعدم اليقين، مما يوفر تنفيذًا أسرع وعددًا أقل من الإيجابيات الكاذبة مقارنة بالأدوات الحالية القائمة على خوارزمية توقع التوقع الأقصى (EM).
يعد PhosSight إطار عمل موحد للتعلم العميق يعزز تحديد الفوسفوروتيم (phosphoproteome) ويسرع كفاءة البحث في كل من أوضاع الاستحواذ المعتمدة على البيانات (Data-Dependent Acquisition) والاستحواذ غير المعتمد على البيانات (Data-Independent Acquisition) من خلال الاستفادة من الميزات الخاصة بالفوسفات، مما يتيح في النهاية اكتشاف أهداف كيناز جديدة مرتبطة بالإنذار الطبي في مجال طب الأورام الدقيق.
يُعد FAMUS إطار عمل جديداً وتعددي الوحدات للتعلم التبايني، يعمل على تحسين التوصيف الوظيفي للبروتينات على نطاق واسع من خلال الاستفادة من درجات التشابه مقابل قواعد بيانات الملفات التعريفية الكاملة بدلاً من أفضل النتائج الفردية فقط، متفوقاً بذلك على الأدوات الحالية مثل KofamScan وInterProScan مع توفير تطبيقات سهلة الوصول عبر conda والويب.
تقدم هذه الورقة البحثية SCL2205، وهو عبارة عن مجموعة بيانات لتسلسلات البروتين عالية الجودة ومنقحة بدقة مستمدة من UniProtKB، والتي تعالج مشكلات تسرب البيانات والجودة في المعايير المرجعية الحالية، مما يظهر تحسينات ملحوظة في الأداء مقارنة بالنماذج الرائدة في التنبؤ بالموقع تحت الخلوي للبروتين مع كونه متاحاً بشكل مفتوح لتعزيز أبحاث التعلم العميق القابلة للتكرار.
تُظهر هذه الدراسة أن فسفرة حاتمة (epitope) بروتين ASXL2 المشتق من الأورام تعزز من ألفة ارتباطها بجزيئات HLA من الفئة الأولى عن طريق إعادة تشكيل شبكات التفاعل غير المرتبطة وتغيير الديناميكيات التشكيلية للمُعقّد، مما يوفر أساساً بنيوياً لاستهداف مثل هذه الحواتم المعدلة بعد الترجمة في العلاج المناعي للسرطان.