💻 Category

bioinformatics

1123 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

T cell-Macrophage Interactions Potentially Influence Chemotherapeutic Response in Ovarian Cancer Patients.

من خلال تحليل الثنائيات (doublets) التي تحدث بشكل طبيعي في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (single-cell RNA sequencing)، تكشف هذه الدراسة أن التفاعلات الفيزيائية بين الخلايا التائية والخلايا البلعمية في سرطان المبيض تدفع نحو مقاومة العلاج من خلال استنزاف الخلايا التائية الناجم عن الخلايا البلعمية المستقطبة من النوع M2، بينما تدعم تفاعلات النوع M1 في المرضى المستجيبين العلاج تقديم المستضدات بفعالية دون حدوث استنزاف.

Hameed, S. A., kolch, W., Zhernovkov, V.2026-03-04
💻 المعلوماتية الحيوية

Formalized scientific methodology enables rigorous AI-conducted research across domains

تقترح هذه الورقة وتتحقق من صحة بروتوكول علمي رسمي متعدد المراحل ومحكوم ببوابات للنماذج اللغوية، يقوم بتفكيك البحث إلى طبقات إجرائية، ونزاهة، وحوكمة، مبرهنةً من خلال ستة مشاريع متكاملة من البداية إلى النهاية أن مثل هذه القيود تمكّن وكلاء الذكاء الاصطناعي من إنتاج مخرجات علمية دقيقة، ومدعومة بالأدلة، وقابلة للتدقيق عبر مجالات متنوعة، مع التخفيف من مخاطر النزاهة مقارنة بالنهج غير المقيد.

Zhang, Y., Zhao, J.2026-03-04
💻 المعلوماتية الحيوية

PopGenAgent: Tool-Aware, Reproducible, Report-Oriented Workflows for Population Genomics

يُعد PopGenAgent نظاماً جاهزاً للتشغيل وموجهاً نحو التقارير، يدمج سلاسل أدوات علم جينوم العشائر المنسقة مع قوالب تنفيذ مُتحقق منها وتقارير مدركة للمصدر لتقليل عبء البرمجة النصية اليدوية بشكل كبير مع ضمان قابلية التكرار والقدرة على فحص كل خطوة عبر التحليلات المتنوعة.

su, h., Long, W., Feng, J., Hou, Y., Zhang, Y.2026-03-04
💻 المعلوماتية الحيوية

MiGenPro: A linked data workflow for phenotype-genotype prediction of microbial traits using machine learning.

تُعد MiGenPro سير عمل للبيانات المترابطة، متوافق مع مبادئ FAIR وقابل للتشغيل البيني، يدمج المعلومات المظهرية والجينية لتدريب والتحقق من صحة نماذج تعلم آلي قوية للتنبؤ بالسمات الميكروبية المتنوعة من الجينومات المشروحة.

Loomans, M., Suarez-Diez, M., Schaap, P. J., Saccenti, E., Koehorst, J. J.2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

MetaTree: an interactive web platform for hierarchical data visualization and multi-group comparison

تعد MetaTree منصة ويب مفتوحة المصدر ولا تتطلب تثبيلاً، صُممت لتسهيل التصور التفاعلي والمقارنة الإحصائية للبيانات الكمية الهرمية، مثل ملفات الميكروبيوم، من خلال ربط عينات ومجموعات متعددة بهيكل مرجعي مشترك لتمكين تحليل متسق طوبولوجياًًا وجاهز للنشر.

Wu, Q., Zhang, A., Ning, Z., Figeys, D.2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

STCS: A Platform-Agnostic Framework for Cell-Level Reconstruction in Sequencing-Based Spatial Transcriptomics

يُعد STCS إطار عمل غير مرتبط بمنصة محددة وخالٍ من المراجع، يقوم بإعادة بناء النسخ المتجانسة للخلية الواحدة من بيانات التسلسل المكاني عالية الكثافة عبر دمج تجزئة النوى مع نموذج مسافة مشترك بين النسخ والمسافة المكانية، متجاوزاً بذلك العقبة الجوهرية في التحليل على مستوى الخلية في تقنيات مثل Visium HD وStereo-seq.

Chen Wu, L., Hu, X., Zhan, F., Sun, C., Gonzales, J., Ofer, R., Tran, T., Verzi, M. P., Liu, L., Yang, J.2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

snputils: A High-Performance Python Library for Genetic Variation and Population Structure

تُعد snputils مكتبة برمجية مفتوحة المصدر وعالية الأداء بلغة بايثون، صُممت لتوحيد عمليات الإدخال والإخراج الفعالة، والتحويل، والتحليل الإحصائي للبيانات الجينومية وبيانات الوراثة السكانية ضمن إطار عمل واحد قابل لإعادة الإنتاج يعالج أوجه القصور في الأدوات المجزأة الحالية.

Bonet, D., Comajoan Cara, M., Barrabes, M., Smeriglio, R., Agrawal, D., Aounallah, K., Geleta, M., Dominguez Mantes, A. (…)2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

A comprehensive assessment of tandem repeat genotyping methods for Nanopore long-read genomes

تقوم هذه الدراسة بقياس أداء سبع أدوات نشطة ومستمرة لنمط التكرارات الترادفية للقراءات الطويلة بتقنية "نانوبور" (Nanopore) بشكل منهجي عبر معايير الدقة، وسهولة الاستخدام، والسياقات الجينومية المتنوعة، مما يكشف عن عدم وجود أداة واحدة متفوقة عالمياً، وأن التقييم على مستوى التسلسل يعد أمراً ضرورياً لاختيار الطريقة المناسبة للدراسات السكانية والتشخيصات السريرية.

Aliyev, E., Avvaru, A., De Coster, W., Arner, G. M., Nyaga, D. M., Gibson, S. B., Weisburd, B., Gu, B., Gonzaga-Jauregui (…)2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

scUnify: A Unified Framework for Zero-shot Inference of Single-Cell Foundation Models

تقدم الورقة البحثية scUnify، وهو إطار عمل موحد بلغة بايثون يعمل على تبسيط عملية الاستدلال صفري القدرة (zero-shot inference) لنماذج التأسيس أحادية الخلية من خلال أتمتة إدارة البيئة والمعالجة المسبقة مع تمكين التنفيذ الموزع القابل للتوسع عبر وحدات معالجة الرسومات المتعددة والتقييم المعياري.

KIM, D., Jeong, K., KIM, K.2026-03-03
💻 المعلوماتية الحيوية

Evaluating Few-Shot Meta-Learning using STUNT for Microbiome-Based Disease Classification

تقيم هذه الدراسة إطار عمل التعلم التلوي STUNT لتصنيف الأمراض القائم على الميكروبيوم، وتجد أنه بينما توفر تمثيلاته ذاتية الإشراف فوائد هامشية في حالات الندرة الشديدة للبيانات، إلا أنها تعيق الأداء في نهاية المط المطاف مع زيادة العينات من خلال خلق عنق زجاجة معلوماتي يحد من الوصول إلى الإشارات الخاصة بالمهمة، مما يشير إلى أن قوة الإشارة البيولوجية الجوهرية هي المحرك الأساسي لنجاح التصنيف.

Peng, C., Abeel, T.2026-03-03