1123 ورقة بحثية
تُعد SCOMV (SpatialCompassV) أداة حوسبية مبتكرة تتيح التصنيف الابتكاري للأنماط المكانية للخلايا والجينات وتحديد الجينات المتباينة مكانياً من خلال قياس العلاقات المتجهية بين مواقع النسخ ومناطق الاهتمام دون الاعتماد على توصيفات بيولوجية مسبقة.
تُظهر هذه الدراسة أن التحسينات الأخيرة في دقة تسلسل تقنية "أوكسفورد نانوبور" (ONT) تُمكّن الآن من التوليد المباشر لمتغيرات تسلسل الأمبليكون (ASVs) الخالية من الأخطاء من القراءات الخام عبر نطاق واسع من أطوال الأمبليكون، مما يسمح بتوصيف عالي الدقة للمجتمعات الميكروبية دون الاعتماد على قواعد البيانات المرجعية، رغم أن تحقيق الدقة الكاملة للأمبليكونات الطويلة جداً في العينات المعقدة يتطلب حالياً عمق تسلسل أعلى بكثير مقارً بـ "باك بيو" (PacBio).
تستخدم هذه الدراسة نهج بيولوجيا الأنظمة الحاسوبية (in silico) لتحديد المؤشرات الحيوية الجزيئية المشتركة، والشبكات التنظيمية، والأهداف العلاجية التي تتضمن مسارات الالتهاب المناعي الذاتي والأمراض المعدية عبر اضطراب ما بعد الصدمة، والفصام، والاضطراب ثنائي القطب.
تقدم هذه الورقة إطار عمل شامل للمقارنة المرجعية يقيم الأدوات الحسابية لتحليل العناصر القافزة محددة الموضع في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq)، كاشفةً أنه بينما يمكن قياس الإدراجات القديمة بدقة، لا تزال العناصر القافزة الشابة صعبة التحديد بسبب غموض التعيين، وتوصي باستراتيجيات التعيين الفريد أو تجميع العائلات الفرعية كأفضل الممارسات.
تخلص هذه الدراسة حول استعادة مرجان الأكروبورا (Acropora) في منطقة الكاريبي، باستخدام عمليات المحاكاة القائمة على الوكلاء، إلى أنه في حين يشكل التهجين خطراً منخفضاً من حيث الغمر الجيني، فإنه يقدم إمكانات محدودة للتدفق الجيني التكيفي المفيد، مما يشير إلى أن التبادل الجيني بوساطة الهجن من غير المرجح أن يساعد بشكل كبير في تعافي المرجان ضمن الجداول الزمنية ذات الصلة بالإدارة.
تقدم الورقة البحثية DeepAllele، وهو إطار عمل جديد للتعلم العميق يستفيد من مدخلات الأليل المحددة والمزدوجة من مجموعات البيانات المحددة الطور بشكل لا لبس فيه للتنبؤ بالتغيرات التنظيمية الدقيقة والكشف عن الزخارف التنظيمية من النوع cis ذات الصلة وظيفياً بدقة أكبر من الطرق الإحصائية الحالية.
تُعد EGGS أداة برمجية قائمة على لغة C صُممت لتعميم بيانات الأنماط الجينية التجريبية ذات المواقع المفقودة عبر المكررات، مع تقديم وظائف متنوعة مثل تحويل التنسيقات، وإزالة الطور، ومحاكاة أخطاء التسلسل وإزالة الأمين.
يُعد CycleGRN إطار عمل مبتكر يستنتج شبكات التنظيم الجيني من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq) عبر نمذجة العمليات البيولوجية الدورية كمعادلات تفاضلية عشوائية واستخدام رسوم بيانية موجهة محاذية للتدفق لاستعادة التفاعلات الجينية التذبذبية والاتجاهية بدقة دون الحاجة إلى التقسيم الزمني أو ديناميكيات الربط (splicing).
إنَّ MOSAIC هو إطار عمل طيفي يدمج بيانات الأوميكس المتعددة على مستوى الخلية الواحدة بمقياس سكاني في تضمين مشترك عالي الدقة للميزات مقابل العينات، وذلك لتمكين التوصيف المظهري على مستوى الأنظمة من خلال تحليل الاتصال التفاضلي، والكشف غير الموجه عن المجموعات الفرعية، وتحسين التنبؤ بالنتائج السريرية.
تقدم الورقة البحثية إطار عمل MAP، وهو إطار عمل قائم على المعرفة يدمج رسماً بيانياً للمعرفة البيولوجية واسع النطاق مع التعلم التبايني لتوليد تضمينات مدركة للآليات، مما يتيح تنبؤاً دقيقاً بصفر من الأمثلة لاستجابات الخلايا المفردة للأدوية غير الموصوفة وتحسين التعميم مقارنة بالنماذج المرجعية الحالية.