bioinformatics ورقة بحثية

A General Framework for Injecting BiophysicalPriors into Protein Embeddings

تقدم هذه الورقة ProtBFF، وهو إطار عمل غير مرتبط بمشفر محدد يعزز التنبؤ بـ $\Delta\Delta$ G للبروتين من خلال دمج الأولويات الفيزيائية الحيوية القابلة للتفسير في تمثيلات التعلم العميق عبر انتباه التضمين المتقاطع، مما يمكن النماذج العامة من التفوق على النهج المتخصصة ذات الحالة الراهنة.

Feldman, J., Maechler, A., Wang, D., Shakhnovich, E.2026-02-23

💻 المعلوماتية الحيوية

Comprehensive top-down mass spectral repository enables pan-dataset analysis and top-down spectral prediction

تقدم هذه الورقة TopRepo، وهو المستودع الشامل الأول الذي يضم أكثر من 18 مليون طيف كتلة من النوع "من الأعلى إلى الأسفل" (top-down) من أنواع وأجهزة متنوعة، مما يتيح تحليل الأشكال البروتينية (proteoforms) على نطاق واسع ويعزز بشكل كبير كلاً من تحديد الأشكال البروتينية والتنبؤ الطيفي القائم على التعلم العميق.

Li, K., Liu, K., Fulcher, J. M., Tang, H., Liu, X.2026-02-23

💻 المعلوماتية الحيوية

CellAwareGNN: Single-Cell Enhanced Knowledge Graph Foundation Model for Drug Indication Prediction

يُعد CellAwareGNN نموذجاً تأسيسياً جديداً للرسوم البيانية يدمج علم الجينوم للخلية الواحدة في رسم بياني موسع للمعرفة الطبية الحيوية (scPrimeKG) ليتفوق بشكل كبير على النماذج المرجعية الحالية في التنبؤ بدواعي الاستعمال الدوائي، لا سيما بالنسبة لأمراض المناعة الذاتية، وذلك من خلال التقاط آليات المرض الخاصة بنوع الخلية وتعزيز التفسير البيولوجي.

Zhang, X., Jeong, E., Yan, C., Feng, Y., Lyu, L., Guo, X., Chen, Y.2026-02-23

💻 المعلوماتية الحيوية

MetaTracer: A nucleotide alignment-based framework for high-resolution taxonomic and transcript assignment in metatranscriptomic data

يُعد MetaTracer إطار عمل مفتوح المصدر يعتمد على محاذاة النيوكليوتيدات، حيث يقوم بتعيين قراءات الميتاترانسكريبتوم بدقة لكل من المجموعات التصنيفية والجينات المُعبر عنها في تمريرة واحدة، مما يتيح تحليلاً عالي الدقة على مستوى الأنواع للمجتمعات الميكروبية كما تم إثباته في دراسات لويحة الأسنان.

Furstenau, T., Shaffer, I., Hsu, K.-L. C., Pearson, T., Ernst, R. K., Fofanov, V.2026-02-23

💻 المعلوماتية الحيوية

Interpretable transcriptome-to-phenotype modeling of cell-painting nuclear morphology features from RNA-seq under low-dose radiation exposure

تقدم هذه الدراسة إطار عمل للنمذجة العكسية الشفافة والمقسمة زمنياً يربط استجابات النسخ الوراثي (RNA-seq) بالتغيرات الطولية في مورفولوجيا النواة الناجمة عن الإشعاع منخفض الجرعة، وذلك باستخدام نهج انحدار صارم ثنائي المراحل لتحديد ارتباطات مستقرة وقابلة للتفسير بين الجينات والمراحل الزمنية مع التحكم في اتجاهات الجرعة والارتباك الزمني.

Jantre, S., Chopra, K., Zhao, G., Cucinell, C., Weinberg, R., Forrester, S., Brettin, T., Urban, N. M., Qian, X., Yoon (…)2026-02-23

💻 المعلوماتية الحيوية

Cellects, a software to quantify cell expansion and motion

تُعد Cellects أداة برمجية مفتوحة المصدر وسهلة الاستخدام تتيح التكميم الآلي للنمو البيولوجي، والحركة، والشكل المورفولوجي من بيانات الصور ثنائية الأبعاد ذات الفاصل الزمني عبر واجهة رسومية تفاعلية وواجهة برمجة تطبيقات Python قابلة للتخصيص.

Boussard, A., Petit, M., Arrufat, P., Dussutour, A., Perez-Escudero, A.2026-02-22

💻 المعلوماتية الحيوية

Bacterial protein function prediction via multimodal deep learning

يقدم البحث إطار عمل DeepEST، وهو إطار تعلم عميق متعدد الوسائط يدمج التعبير الجيني، والموقع الجينومي، وبنية البروتين للتنبؤ بدقة بمصطلحات الوجودية الجينية (Gene Ontology) للبروتينات البكتيرية، متفوقاً بذلك على الأساليب الحالية وممكناً من التوصيف الوظيفي للبروتينات الافتراضية غير المصنفة عبر المسببات المرضية البشرية.

Muzio, G., Adamer, M., Fernandez, L., Miklautz, L., Borgwardt, K., Avican, K.2026-02-22

💻 المعلوماتية الحيوية

Bias in genome-wide association test statistics due to omitted interactions

تُبين هذه الورقة أن إغفال التفاعلات الوراثية (epistatic interactions) في دراسات الارتباط الجينومي الكامل الخطية القياسية يمكن أن يؤدي إلى إحصاءات اختبار منحازة ونتائج معنوية زائفة، لا سيما في الأنظمة غير التحفظية، مما يستوجب توخي الحذر عند تفسير النتائج المستمدة من النماذج التي تفترض وجود تأثيرات جينية تراكمية بحتة.

Yelmen, B., Güler, M. N., Estonian Biobank Research Team,, Kollo, T., Möls, M., Charpiat, G., Jay, F.2026-02-22

💻 المعلوماتية الحيوية

STELAR-X: Scaling Coalescent-Based Species Tree Inference to 100,000 Species and Beyond

يُعد STELAR-X خوارزمية جديدة قائمة على الثلاثيات ومتسقة إحصائياً، تحقق قدرة غير مسبوقة على التوسع في استنتاج شجرة الأنواع من خلال استخدام هياكل بيانات محسنة وتوازي وحدات معالجة الرسومات لمعالجة مجموعات بيانات تصل إلى 100,000 نوع و100,000 جين مع تقليل متطلبات الوقت والذاكرة بشكل كبير مقارنة بالطرق الحالية.

Saha, A., Bayzid, M. S.2026-02-22

💻 المعلوماتية الحيوية

Protenix-v1: Toward High-Accuracy Open-Source Biomolecular Structure Prediction

يُعد Protenix-v1 أول نموذج مفتوح المصدر بالكامل للتنبؤ ببنية الجزيئات الحيوية يتفوق على AlphaFold3 في الدقة مع مطابقة قيوده، حيث يتميز بالتوسع عند وقت الاستدلال، وقدرات موسعة للقوالب والحمض النووي الريبي (RNA)، ونسخة أكبر مدربة لعام 2025 إلى جانب أدوات قياس أداء محسنة.

Zhang, Y., Gong, C., Zhang, H., Ma, W., Liu, Z., Chen, X., Guan, J., Wang, L., Yang, Y., Xia, Y., Xiao, W.2026-02-22

→ السابق التالي ←