1124 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة edgePython، وهي نسخة بايثون من حزمة edgeR واسعة الاستخدام، والتي توسع قدراتها باستخدام نموذج مختلط من التوزيع الثنائي السالب-غاما والانكماش البايزي التجريبي لتسهيل تحليل التعبير التفاضلي لبيانات علم الجينوم أحادي الخلية ضمن بيئة بايثون.
تقدم الورقة البحثية NanoHIVSeq، وهو مسار معالجة معلوماتية حيوية لا يعتمد على الـ UMI ولا على المرجع، يستفيد من تقنية تسلسل Oxford Nanopore duplex لاستعادة متغيرات بروتين HIV-1 Env كاملة الطول بدقة تتجاوز 99.9% من أمبليكونات PCR الضخمة، مما يوفر بديلاً عالي الإنتاجية، وقابلاً للتكرار، ومبسطاً لطرق التسلسل التقليدية.
تُقَيِّم هذه الدراسة نماذج اللغات الكبيرة المختلفة للتنبؤ بفعالية قليلات النوكليوتيد المضادة لل sentido، حيث تُثبت أن التلقين بلقطات قليلة باستخدام تسلسلات الحمض النووي ومعلومات الجين المستهدف يتفوق على الضبط الدقيق القائم على التضمين الجزيئي، مع تحقيق نموذج GPT-3.5-Turbo أعلى دقة تنبؤية عبر مجموعات بيانات متعددة.
تُعد ModCRElib حزمة برمجية مستقلة تستفيد من المعلومات الهيكلية لنمذجة العناصر التنظيمية من نوع cis، مما يُمكّن المستخدمين من التنبؤ بأنماط ومواقع ارتباط عوامل النسخ، وإنشاء ملفات تعريف الألفة، ومحاكاة المعقدات التنظيمية ذات الرتب العليا من خلال مسار تحليل مرن وقابل للتخصيص.
تقدم الورقة البحثية RIMA، وهي طريقة حوسبة صارمة للمطابقة الكمية لأطالس النسخ المتماثل للخلية الواحدة عبر الأنواع، والتي نجحت في كشف المبادئ التنموية المحفوظة والتحولات الزمنية أثناء مرحلة استطالة الخلايا (gastrulation) في الفأر والأرنب والمكاك، مع تمكين التنبؤ بالتعبير الجيني عبر الأنواع وتطبيقات أوسع لمجموعات البيانات البيولوجية المتنوعة.
تقدم هذه الورقة مساراً للفحص الافتراضي الموجه بالنماذج (MGVS) يتغلب على قيود القابلية للتصنيع في نماذج تصميم الأدوية القائمة على البنية التوليدية، وذلك من خلال تحديد النظائر القابلة للتصنيع بكفاءة في قواعد البيانات الضخمة للغاية، محققاً بذلك تحسناً بمقدار 25 ضعفاً في كفاءة الفحص مقارنة بالفحص الافتراضي التقليدي للرابطات.
تقدم الورقة البحثية UnivAIRRse، وهو إطار عمل هرمي موحد ينظم محاكيات مستودع المستقبلات المناعية التكيفية عبر خمسة مستويات تشغيلية لتمكين المقارنة المنهجية، وتحديد القيود الحالية، وتوجيه تطوير أدوات محاكاة المناعة المستقبلية الجاهزة للتوأم الرقمي.
تقترح هذه الورقة إطار عمل جديداً قائماً على الرسوم البيانية يدمج التوزيعات الإحصائية المهيكلة في تمثيلات البيانات الأومية لتحقيق أداء تنبؤي تنافسي وقدرة معززة على التفسير البيولوجي لتحديد الوحدات التنظيمية عبر أنواع متعددة من السرطان.
تُظهر هذه الدراسة أن إعادة توظيف الأدوية، وتحديداً استخدام مثبط بروتياز فيروس نقص المناعة البشرية "إندينافير" لتثبيت وحجب الموقع النشط لبروتين nsP2 الخاص بفيروس شيكونغونيا عبر محاكاة الديناميكا الجزيئية، يقدم استراتيجية علاجية واعدة وفعالة من حيث التكلفة لعلاج عدوى فيروس شيكونغونيا.
يقدم BioGraphX إطار عمل تفسيريًا وخاليًا من البنية يتنبأ بالتوطين داخل الخلايا للبروتينات عبر ترميز 158 سمة قائمة على أسس بيوفيزيائية من المتواليات، محققًا أداءً هو الأفضل في فئته مع حد أدنى من عدد المعلمات، بينما يوفر رؤى عميقة حول المنطق البيوفيزيائي الذي يحكم استهداف البروتينات.