1124 ورقة بحثية
تقدم هذه الدراسة StackCBEmbed، وهو نموذج تعلم آلي تجميعي مبتكر يجمع بين سمات التسلسل التقليدية وتضمينات نماذج لغة البروتين سابقة التدريب للتنبؤ بدقة بمواقع ارتباط البروتين بالكربوهيدرات على مستوى الثمالة مباشرة من التسلسلات الأولية.
تقدم الورقة البحثية spammR، وهي حزمة برمجية بلغة R مصممة لتسهيل التحليل المتكامل والشامل لمجموعات البيانات المكانية متعددة الأوميات المتنوعة، مع تركيز خاص على القياسات المستمدة من مطيافية الكتلة ضمن عينة نسيجية واحدة.
تُظهر هذه الدراسة أن نهج إعادة توظيف الأدوية متعدد الأهداف لمنصة CANDO نجح في تحديد والتحقق من صحة مرشحات علاجية جديدة لمرض الفصام من خلال تحليل تواقيع التفاعل بين المركبات والبروتيوم، مما كشف عن آليات مثبتة وأخرى محتملة جديدة تشمل أنظمة الناقلات العصبية ومسارات إشارات الكالسيوم.
تُظهر هذه الورقة أن درجة "مجموع الأزواج" المستخدمة على نطاق واسع غالباً ما تخفق في تحديد أدق محاذات المتواليات المتعددة، وتقترح إطار عمل للتقييم يعتمد على التعلم العميق، وتحديداً "النموذج 2"، الذي يعمل بفعالية على ترتيب المحاذات البديلة لتحسين إعادة بناء العلاقات التطورية اللاحقة.
يُعد LongPolyASE إطار عمل شاملاً ومتكاملاً صُمم لتمكين تحليل الجينات والنماذج النسخية النوعية للأليلات في الكائنات متعددة الصيغ الصبغية باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي ذات القراءة الطويلة، وذلك لمعالجة النقص الحالي في الأدوات المتخصصة لهذه الكائنات من خلال مكوناته المتكاملة لتحديد الجينات المتماثلة بنيوياً، وتقدير كمية النسخ، وتحليل التعبير التفاضلي.
تُظهر هذه الدراسة أن بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) المثرية بـ poly(A) غير مناسبة للكشف الموثوق عن الحمض النووي الريبوزي الدائري (circRNA) بسبب ارتفاع معدلات الإيجابية الكاذبة وعدم توافق الأدوات، مما يثبت أن تسلسل الحمض النووي الريبوزي الكلي مع الاستنزاف الفعال للحمض النووي الريبوزي الريبوزومي هو المعيار الضروري للتوصيف الدقيق لـ circRNA.
تُعد RareCapsNet إطار عمل لشبكة الكبسولات (capsule network) قابلاً للتفسير، حيث تحدد بدقة وبقوة المجموعات الخلوية النادرة وتوقيعاتها النسخية في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (single-cell RNA-seq) واسعة النطاق، متفوقةً بذلك على الأساليب الرائدة مع تمكين نقل المعرفة عبر الدفعات التجريبية المختلفة.
تقدم الورقة البحثية GCP-VQVAE، وهو مُجزئ (tokenizer) هندسي كامل لـ SE(3) متماثل، يقوم بتحويل الهياكل الأساسية للبروتينات إلى مفردات منفصلة مكونة من 4,096 رمزًا مع الحفاظ على التماثل المرآتي (chirality) والتوجه، محققًا دقة إعادة بناء هي الأفضل في فئتها، وتعميمًا قويًا دون تدريب مسبق (zero-shot generalization)، وسرعات استدلال أسرع بكثير مقارنة بالطرق السابقة.
تكشف هذه الدراسة أنه بينما يتنبأ نموذج AlphaGenome بفعالية بتباين إمكانية الوصول إلى الكروماتين من خلال التقاط القواعد التنظيمية المحلية، فإنه يقصر بشكل كبير في التنبؤ بتباين التعبير الجيني بسبب تحدي نمذجة التكامل التنظيمي بعيد المدى المطلوب للاختلافات بين الأفراد.
يُعد HERMES نموذجاً عصبياً سريعاً قائماً على البنية، يتنبأ بالتأثيرات الطفرية على استقرار البروتين وألفة الارتباط من خلال الاستفضاء بالبيئات الذرية ثلاثية الأبعاد المحلية واستراتيجية الضبط الدقيق الموزع لتجاوز الانحيازات القائمة على الحجم، مما يتيح تصميماً فعالاً من الناحية الحسابية للقاحات.