370 ورقة بحثية
تكشف هذه الدراسة، باستخدام مطيافية الرنين المغناطيسي النووي في المحلول، أن المتغير A14V لبروتين TSST البشري المرتبط بأمراض القلب يقلل من التغاير التشكيلي في اللولب عبر الغشائي الطرفي-N الديناميكي، مما يؤدي إلى تثبيت بنية البروتين محلياً بالقرب من واجهة التفاعل مع VDAC مع الحفاظ على طيه العام.
تُظهر هذه الدراسة أن خصوصية الركيزة المانحة لإنزيم GT70 المرن (GumK) تحكمها علاقة تفاعلية بين الحالات التشكيلية المحلية وكيمياء الركيزة، وهي آلية تم توضيحها من خلال الإرساء المعزز بالذكاء الاصطناًعي الذي يكشف عن تفاعلات ارتباط متميزة في تكوينات الجيب المفتوحة مقابل المغلقة.
تستخدم هذه الدراسة شظايا FragLite الكيميائية لرسم خريطة مشهد تفاعل السيكلين T2، حيث نجحت في تحديد مواقع الارتباط المعروفة لـ CDK9 وAFF4 وHIV-1 Tat، مع اكتشاف وتوصيف واجهة تجنيد جديدة لـ BRD4 من خلال تحليلات بيوفيزيائية وحسابية متكاملة.
تُثبت هذه الورقة أن الجمع بين الأولويات الهيكلية عالية الدقة والمطابقة القالبية ثنائية الأبعاد يحسن بشكل كبير من إعادة بناء المجمعات الجزيئية الكبيرة الصغيرة باستخدام المجهر الإلكتروني برد التجميد (cryo-EM)، حيث نجحت في حل بنية بروتين كينيز بكتلة تقارب 43 كيلو دالتون كان يُستعصى حله سابقاً، وتتنبأ بقدرة هذه الطريقة على توسيع نطاق المجهر الإلكتروني برد التجميد للجسيمات الفردية ليشمل أهدافاً تقل بكثير عن 50 كيلو دالتون.
تقدم الورقة البحثية RNASCAPE، وهو إطار عمل للتعلم العميق يقيس بدقة كفاءة هروب الحمض الريبي النووي المرسال (mRNA) من السيتوبلازم من الجسيمات النانوية الدهنية باستخدام الحد الأدنى من بيانات التعبير ومعلمات الصياغة، متجاوزاً بذلك الاختناقات الحالية في تحسين عملية توصيل العلاجات بشكل قابل للتوسع وموثوق.
تقدم هذه الدراسة إطاراً حوسبياً يدمج محاكاة الديناميات الجزيئية مع مصنفات التعلم الآلي للتنبؤ بدقة بمقاومة الأدوية الناجمة عن طفرات KRAS من خلال تحديد التغيرات الرئيسية في التشكيل والتعرض للمذيبات التي تقودها بقايا أحماض أمينية محددة.
تقدم هذه الدراسة أول حقل قوة خشن الحبيبات متوافق مع MARTINI 3 لـ 19 من بقايا الببتويد الشائعة، والمستمد من محاكاة مرجعية ذات ذرات كاملة والمدمج في أداة martinize2، لتمكين النمذجة الميزوسكوبية الفعالة والدقيقة لهياكل الببتويد، وتجميعها الذاتي، وتفاعلاتها.
من خلال دمج الملاقط الضوئية أحادية الجزيء، والمقايسات البيوكيميائية، والمجهر الإلكتروني فائق التبريد، تكشف هذه الدراسة أن الموصل المركزي في ClpX يسهل التواصل بين الوحدات الفرعية عبر وضع بقايا رئيسية لتحفيز تحلل ATP في الوحدات الفرعية المجاورة، مما يؤدي بذلك إلى ربط الطاقة الكيميائية بتوليد قوة سريعة لفك طي البروتين بكفاءة.
تستخدم هذه الدراسة المجهر الإلكتروني برد المبرد (cryo-electron microscopy) عالي الدقة والبروتيوميات للكشف عن البنية الهيكلية التفصيلية للعاقية (bacteriophage) phi24B المحولة لسم شيكا، وتوصيف قفيصتها ذات التماثل العشريني من النوع T=9، وتجمع ذيلها المعقد، وميزاتها المحيطية الفريدة التي تميزها عن الفيروسات الهدبية (podoviruses) ذات الصلة.
تقدم الورقة البحثية KinConfBench، وهو معيار مُنسق يكشف أنه بينما تستطيع نماذج الالتفاف المشترك (cofolding) المتطورة تصنيف هيئات الكيناز بدقة متوسطة، إلا أنها تفشل في استيعاب التنوع الهيكلي المستحث بالربيطة وتعاني من "انحراف الحالة الحرة" (apo-drift) الشديد، مما يسلط الضرضوء على الحاجة إلى مقاييس تقييم ديناميكية جديدة تتجاوز مجرد ملاءمة الوضع الهندسي.