435 ورقة بحثية
تستخدم هذه الورقة البحثية الاكتشاف الآلي للنماذج على أكثر من مائة اختبار ضغط للكشف عن أن الميكانيكا غير الخطية للتوفو تحكمها علاقة عالمية وعالية غير الخطية بين محتوى الماء وشبكات الميزات، مما يجعله معياراً كمياً للمواد الصلبة الرخوة المميّهة ويثبت قوة التعلم الآلي المستند إلى الفيزياء في كشف القوانين التأسيسية.
تقدم هذه الورقة نموذجاً ديناميكياً متعدد الاستقرار بطيء-سريع يربط بين الإيقاعات اليوماوية والاضطرابات العشوائية لتفسير كيفية انتقال تقلبات المزاج الفسيولوجية إلى نوبات ثنائية القطب مرضية، مظهرةً أن ضعف الدفع اليوماوي والانحيازات الهندسية يزيدان من احتمالية حدوث حالات اكتئابية أو هوسية مطولة.
تقدم هذه الدراسة بروتوكول إعادة تشكيل لبروتيني GRASP65 وGRASP55 البشريين الميريستويليين في أغشية نموذجية دهنية، مما يكشف أن هذه البروتينات المثبتة دهنيًا تؤثر على ديناميكيات الغشاء، وهو ما قد يتم بوساطة نطاقات SPR غير المنظمة الخاصة بها.
ينظم بروتين CTCF نفاذية حدود الكروماتين من خلال استخدام مجموعة ديناميكية من هيئات الارتباط بالحمض النووي (DNA)، والتي يتم ضبطها بواسطة عوامل فوق جينية وهيكلية متنوعة لتحديد ما إذا كان بروتين الكوهيسين سيتوقف أو يتجاوز الحد بشكل احتمالي.
لقد طبقت خط أشعة تشتت الأشعة السينية لعلوم الحياة (LiX) في NSLS-II تطورات منهجية جديدة عالية الإنتاجية وشبه مؤتمتة لدعم تجارب تشتت الأشعة السينية ذات الزاوية الصغيرة السريعة على مختلف الأنسجة العضلية لدراسة بروتينات الساركومير واعتلالات العضلات.
إنّ DynMoCo هو إطار عمل للتعلم العميق مبتكر يستخدم الشبكات التلافيفية الرسومية والشبكات المتكررة لإجراء كشف ديناميكي للمجتمعات في محاكاة الديناميات الجزيئية، مما يحول بيانات حركة البروتين عالية الأبعاد إلى بنيات فرعية نمطية قابلة للتفسير ومتطورة زمنياً.
تقدم هذه الورقة إطار عمل يعتمد على نموذج حالة ماركوف لتوصيف تفاعلات الجزيئات الصغيرة مع البروتينات غير المنظمة من خلال "مسارات ارتباط" ديناميكية بدلاً من الجيوب الساكنة، مما يساهم في تفسير آليات التعرف وتحديد المناطق القابلة للاستهداف الدوائي لتسهيل اكتشاف الأدوية للأهداف التي كان يتعذر استهدافها سابقاً.
تقدم الورقة البحثية ST-Analyzer، وهو أداة مفتوحة المصدر ومجانية ومتعددة المنصات تعمل على الربط بين واجهات سطر الأوامر والواجهات الرسومية لتبسيط التحليل القابل للتكرار لمسارات محاكاة الحوسبة عالية الأداء لكل من الخبراء وغير الخبراء.
تقدم هذه الورقة بروتوكول CTMD، وهو بروتوكول ميتا-ديناميكا (metadynamics) سريع وقائم على الفيزياء ومفتوح المصدر، يستخدم مُقدِّر العمل العكوس c(t) لتحقيق إثراء مبكر قوي في الفحص الافتراضي، مما يسد الفجوة بفعالية بين طرق الإرساء التقريبية/الذكاء الاصطناعي وحسابات الطاقة الحرة المكلفة، مع تجنب عيوب الذاكرة وتحيزات مجموعة بيانات التدريب الملحوظة في أساليب الطي المشترك بالذكاء الاصطناي الحديثة.
تقدم الورقة البحثية "Unbend"، وهي ميزة جديدة في برنامج cisTEM تستخدم نموذج شريحة تكعيبية ثلاثية الأبعاد لتصحيح حركة العينة الموضعية الناتجة عن الحزمة في صور المجهر الإلكتروني المبرد (cryo-EM)، مما يحسن بشكل كبير معدلات اكتشاف الجسيمات ونسب الإشارة إلى الضجيج عبر أنواع مختلفة من العينات مع إدخال حد أدنى من التشوه الإضافي.