183 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية SIQReg، وهي طريقة قائمة على البيانات تعمل على تحسين مقاييس الأنماط الظاهرية في البنوك الحيوية واسعة النطاق للقضاء على الآثار الإحصائية الاصطناعية وتعزيز القوة والدقة لكل من التحليلات الجينية الجمعية وغير الجمعية بشكل كبير.
تؤسس هذه الدراسة أول منصة لفحص تعطيل الجينات باستخدام تقنية كريسبر-كاس9 (CRISPR-Cas9) على نطاق الجينوم بالكامل في ناقل مرض لايم، وهو القراد من نوع إيكسوديس سكابولاريس (Ixodes scapularis)، حيث نجحت في تحديد الجينات الضرورية للياقة الخلوية والمقاومة لضغوط محددة لتوفير أول دليل تجريبي واسع النطاق على وظيفة الجينات في هذا النوع من القراد.
تكشف هذه الدراسة عن تباين كبير بين المواقع الكمية للبروتينات (pQTLs) في البلازما والدماغ، مما يثبت أنه بينما تلتقط المواقع الكمية للبروتينات في الدورة الدموية المسارات الجهازية والمناعية بفعالية، فإن البيانات الخاصة بالأنسجة تعد أمراً حاسماً لتفسير الارتباطات البروتينية المتعلقة بالدماغ بدقة وتحديد الأولويات للأهداف العلاجية.
تقدم الورقة البحثية MCNV2، وهي حزمة برمجية بلغة R تستخدم أنماط الوراثة المندلية في ثلاثيات (الوالدين والابن) لحساب "الدقة المندلية" كمعيار موحد وقابل للتكرار لتقييم وتحسين جودة استدعاءات تباين عدد النسخ.
تقدم هذه الورقة "تعلم الآلة الشامل للمعرفة" (KIML)، وهو نموذج جديد يدمج البيانات التجريبية مع المعرفة المستمدة من الأدبيات والمعرفة البيوطبية المهيكلة لتحسين دقة وقابلية تفسير وتعميم تحديد أولويات جينات الأمراض بشكل كبير مقارنة بالطرق الحالية.
تُظهر هذه الدراسة أن دمج أخذ العينات الجينية متعدد السنوات وعالي الدقة أمر ضروري لتوصيف البنية السكانية المتغيرة زمنياً ليرقات سمك موسى الجنوبي بدقة، مما يكشف عن وجود مجموعات متميزة في خليج المكسيك والمحيط الأطلسي مع تسليط الضوء على التمايز الجيني غير المتسق داخل المناطق التي قد تغفل عنها المسوحات أحادية السنة أو واسعة النطاق.
من خلال تطبيق نماذج متعددة لدراسة الارتباط على نطاق كامل للكروموسوم X على بيانات المدخول الغذائي لما يصل إلى 445,773 مشاركاً من مشروع "UK Biobank"، حدد الباحثون 18 موقعاً جينياً جديداً، مما أثبت أن دمج الكروموسوم X مع مناهج تحليلية متنوعة يكشف عن تأثيرات جينية كبيرة على سلوكيات الأكل التي غالباً ما تغفلها الطرق التقليدية.
تقترح هذه الورقة نموذجاً جديداً يسمى إعادة الارتباط الكارثي داخل الكروموسوم (CICR) لتفسير كيف تؤدي شوكات التضاعف غير المحلولة في الحمض النووي الريبوزي لخميرة الشيخوخة إلى عدم استقرار كروموسومي هائل وسام يساهم في التباين في طول العمر.
تقدم هذه الدراسة إطار عمل معدلاً لمقايسة التقارير المتوازية هائلة التوازي (MPRA) يختبر متغيرات المعززات جنباً إلى جنب مع محفزاتها الأصلية لرسم الخرائط الوظيفية لـ 1,214 من متغيرات CYP3A4 التنظيمية بشكل شامل، مما يكشف عن مجموعة فرعية ذات تأثيرات كبيرة على الاستجابة للأدوية وشدة السرطان مع وضع استراتيجية قابلة للتعميم لدراسة التفاعلات بين المعزز والمحفز.
من خلال استخدام نموذج عين ذبابة الفاكهة (Drosophila) لفحص المركبات المعتمدة من قبل هيئة الغذاء والدواء الأمريكية (FDA) ووكالة الأدوية الأوروبية (EMA)، حدد الباحثون أن تعديل مسارات إشارات الدوبامين ومسارات سيكلوأكسيجيناز يمكن أن يستعيد النمط الظاهري للعين الصغيرة ويخفف من الأعراض العصبية في مرض PIGA-CDG، مما يقدم مرشحات علاجية واعدة لإعادة الاستخدام لهذا الاضطراب الذي لا يوجد له علاج حالياً.