347 ورقة بحثية
تقدم هذه الدراسة تجميعاً جينومياً عالي الجودة، بمقياس يقارب مستوى الكروموسوم، لفطر *Trichoderma gamsii* سلالة T035 الزراعي النافع، مما يوفر مورداً حيوياً لتوضيح آليات المكافحة الحيوية لديه والنهوض باستراتيجيات حماية النبات المستدامة.
يُعد CHIANet إطار عمل للتعلم العميق متعدد الوسائط يتنبأ بدقة بالبنى ثلاثية الأبعاد للكروماتين بوساطة البروتين من خلال ملفات تعريف الارتباط وحدها، مما يكشف أن طي الجينوم يتشكل ديناميكيًا بفعل السياق الوظيفي والأهداف التنظيمية عبر حالات خلوية وسرطانية متنوعة.
تقدم هذه الورقة أدوات برمجية عملية وقابلة للتوسع لتوصيف مواقع قبول القائد الموصول (spliced leader acceptor sites)، ومواقع تعدد الأدينين (polyadenylation sites)، والمناطق غير المترجمة في طفيليات التريبانوسوما باستخدام بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) ذات القراءات القصيرة، والتي طُبقت بعد ذلك لتوصيف المناطق غير المترجمة (UTRs) بشكل شامل عبر جميع الجينومات المتاحة لهذه الكائنات.
تقدم الورقة البحثية Lorax، وهي منصة تعتمد على الويب ومعززة بوحدة معالجة الرسومات (GPU)، تتيح التصور التفاعلي واللحظي والاستكشاف لرسوم بيانية لإعادة التشكيل السلفي بمقياس البنك الحيوي من خلال دمج الموقع الجينومي، ووقت الالتحام، والنسب المحلي، والبيانات الوصفية.
استخدمت هذه الدراسة تسلسل الجينوم الكامل لخطوط الخلايا القططية CRFK وPG-4 لاستنتاج أنماط الفراء والقزحية للقطط المانحة الأصلية، مما يوضح خلفياتها الجينية غير المعروفة سابقاً ويوفر أساساً لتفسير أكثر دقة لبيانات الخلايا القططية وأبحاث تحرير الجينوم المستقبلية.
تقدم هذه الورقة سير عمل قابل للتوسع يدمج البيانات التجريبية واسعة النطاق والنماذج التنبؤية لإعادة تصنيف غالبية المتغيرات الحالية ذات الأهمية غير المؤكدة (VUS) والتصنيف المسبق للمتغيرات المستقبلية غير المرصودة لـ 40 جينًا مرتبطًا بالأمراض، مما يعزز بشكل كبير التطبيق السريري للطب الجينومي.
تقدم هذه الدراسة مساراً قابلاً للتكرار والتفسير يجمع بين اختيار مواقع CpG الموجه بـ SHAP ومجموعة متراكمة من نماذج التعلم العميق والنماذج القائمة على الأشجار لتحقيق تنبؤ عالي الدقة للعمر فوق الجيني عبر الأنسجة، مدعوماً بتوصيفات بيولوجية قوية.
تقدم هذه الدراسة تجميعين مرجعيين عاليي الجودة وممثلين إقليمياً للجينوم الخاص بعشب الكيلب العملاق الأسترالي (*Macrocystis pyrifera*)، مما يكشف عن تباين وظيفي وجيني كبير عن مجموعات نصف الكرة الشمالي، ويوفر موارد أساسية لحماية وترميم غابات نصف الكرة الجنوبي المتبقية.
تحدد هذه الدراسة نسخة نسخية واحدة من Nepl15 في سلالة Oregon-R من ذبابة دروفلا ميليغانوس (Drosophila melanogaster) تحتوي على اختلافات طفيفة في التسلسل المشفر مقارنة بالمرجع المرجعي لـ FlyBase، مما يشير إلى الحاجة لمزيد من البحث في التأثير الفسيولوجي لهذه الاختلافات.
من خلال مقارنة تجمعات الجينوم عبر سبعة سلالات من الكلاب، تُقدّر هذه الدراسة أن عمليات إدراج العناصر الارتدادية الجديدة من نوع LINE-1 وSINEC تحدث بمعدلات تبلغ 1/184 و1/22 ولادة على التوالي، مما يكشف أن المستويات العالية من العناصر الارتدادية ثنائية الشكل في الكلاب تعكس في المقام الأول تباينًا جينيًا طويل الأمد بدلاً من التحرك السريع الحديث.