726 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية MetagenomicsBench، وهو معيار مرجعي قابل للتحقق يتكون من 100 تقييم عبر مجالات ميتاجينومية متنوعة لتقييم قدرات الوكلاء الاصطناعيين في تحليل بيانات الميكروبيوم الواقعية، كاشفةً أنه بينما تحقق أقوى التكوينات معدل نجاح بنسبة 60%، فإن الوكلاء يواجهون صعوبات متكررة في تفسير المشكلات، والاستدلال الإحصائي، والتفسير البيولوجي رغم كفاءتهم التقنية.
تُظهر هذه الدراسة أن مجتمعًا ميكروبيًا اصطناعيًا متعدد الممالك مستخلصًا من بذور الفجل، ولا سيما ذلك الذي يجمع بين البكتيريا والفطريات الخيطية والخمائر، يحمي الشتلات بفعالية ضد الفطر الممرض *Alternaria brassicicola* عن طريق تقليل حدوث المرض، واستعادة النمو، وتثبيط استعمار الممرض من خلال وظائف إيكولوجية متكاملة.
تؤكد هذه الدراسة متانة مخطط الترقيم القياسي "غاليني-غاراو" (BBL) لإنزيمات بيتا-لاكتاماز من الفئة B عبر 87 عائلة تم نمذجتها حديثاً باستخدام AlphaFold2، مما يؤكد قابليته للتطبيق العام مع تحديد مجموعة فرعية صغيرة من المتغيرات ذات التباينات الهيكلية التي تستوجب المتابعة التجريبية.
تستخدم هذه الدراسة تقنية RB-TnSeq لتوصيف الجينات الضرورية شرطياً عبر ستة أنواع من بكتيريا *Pectobacterium* أثناء إصابة درنات البطاطس، مما يكشف عن المتطلبات الأيضية المحفوظة ومحددات اللياقة النوعية التي تساهم في إمراضية العفن الطري.
تكشف هذه الدراسة أن أنواع مجموعة *Bacillus cereus* النادرة، والتي كانت تُعرف سابقاً فقط من خلال سلالات نمطية مفردة، هي أكثر انتشاراً من الناحية الجغرافية مما كان يُعتقد، وذلك من خلال تحديد وتجميع جينومات جديدة مجمعة من الميتاجينوم من قواعد البيانات العامة، مما يتيح لأول مرة تقييماً على مستوى السلالة لإمكاناتها الوظيفية وتطورها.
تُظهر هذه الدراسة أنه في حين أن التكاثر النشط للعاثيات (الفاجات) يقود التعاقب البكتيري أثناء تخمير الخضروات، فإن عملية التخمير الإجمالية وإنتاج المستقلبات يظلان مرنين ومستقرين رغم هذه التفاعلات الفيروسية البكتيرية.
تكشف هذه الدراسة أن مجتمعاً من بكتيريا *Nitrosopumilus* شديد التبسيط في بحر البلطيق يحافظ على قدرات جوهرية لتخليق الفيتامينات تحت ضغط انتخاب تنقيحي قوي، مما يشير إلى أن هذه المسارات المحتفظ بها محفوظة تطورياً وذات أهمية إيكولوجية لكل من المنتج والمجتمع الميكروبي الأوسع.
تحدد هذه الدراسة وتُوصّف عائلة متميزة من بروتينات نطاق "Cache" التي تطورت من خلال اكتساب هيم من النوع (c) مرتبط تساهمياً، مما يكشف عن آلية جديدة لتطور الأنظمة الحسية البكتيرية حيث تعمل هذه النطاقات كمستشعرات لأكسيد النيتريك أو كمنظمات للأكسدة والاختزال.
تقدم هذه الدراسة أول دليل قائم على المزارع المخبرية على أن الفيروسات الشبيهة بالبولينتون (PLVs) المعزولة من طحلب *Chrysochromulina parva* يمكنها استخدام فيروس من رتبة *Algavirales* كعامل مساعد للتضاعف، مما يثبت علاقة تطفل فائق جديدة تختلف عن الاعتماد المعروف سابقاً على رتبة *Imitervirales*.
تستخدم هذه الدراسة تقنية النسخ الوراثي أحادي الخلية لرسم خريطة لديناميكيات دورة الحياة ودورة تعبير جينات دورة الخلية لـ *الليشمانيا الكبرى* (*Leishmania major*) و*الليشمانيا المكسيكية* (*L. mexicana*) المستزرعة في المختبر، مما يكشف عن مسارات تطورية خاصة بكل نوع ويحدد الجينات المحفوظة والمنظمة لدورة الخلية التي تربط التحولات التطورية بمراحل محددة من دورة الخلية.