q-bio.BM ورقة بحثية

Monroe: A Molecular Foundation Model for In-Context Probabilistic Inference

تقدم هذه الورقة البحثية "مونرو" (Monroe)، وهو نموذج تأسيسي جزيئي قابل للتوسع تم تدريبه على 81 مليون جزيء مع تمثيلات كيميائية فراغية محسنة وأهداف تدريب مبتكرة، والذي يحقق أداءً هو الأفضل في فئته في التنبؤ بنشاط الاختبار الحيوي من خلال الاستفادة من نموذج ملائم للبيانات المسبقة (TabPFN) للاستدلال الاحتمالي في السياق، ويُظهر أن استراتيجية التكيف اللاحقة هذه تعمل أيضاً على تحسين النماذج الحالية بشكل كبير مثل "ميني مول" (MiniMol) و"كيميليون" (CheMeleon).

Blazej Banaszewski, Andrew W. Fitzgibbon2026-08-20

🧬 biology

EquiPocket: an E(3)-Equivariant Geometric Graph Neural Network for Ligand Binding Site Prediction

تقدم الورقة البحثية EquiPocket، وهو شبكة عصبية رسومية هندسية متساوية التكافؤ مع E(3)، يتغلب على قيود طرق الشبكات العصبية الالتفافية القائمة على الفوكسل (voxel) من خلال النمذجة الفعالة لهياكل البروتين غير المنتظمة، وثبات الدوران، وهندسة السطح لتحقيق تنبؤ فائق بمواقع ارتباط اللجين.

Yang Zhang, Zhewei Wei, Ye Yuan, Chongxuan Li, Wenbing Huang2026-08-18

🧬 biology

Task- and dataset-specific information in protein language models

تكشف هذه الدراسة أن التضمينات الأكثر إفادة لمهام النماذج اللغوية للبروتينات اللاحقة توجد غالباً في الطبقات المتوسطة بدلاً من الطبقة النهائية، حيث تعتمد الطبقة المثلى على ما إذا كانت المهمة تتعلق ببقايا فردية، أو بروتينات كاملة، أو تسلسلات اصطناعية.

Roman Joeres, Ilya Senatorov, Olga V. Kalinina2026-08-13

🧬 biology

Is Retrieval All You Need? Assessment and Emergence of Novelty in Protein Structure Generation

تتحدى هذه الورقة الافتراض بأن انخفاض تشابه السلسلة الكاملة يضمن وجود طيات بروتينية جديدة من خلال تقديم معدل استرجاع النطاق (DRR) للكشف عن أن معظم الهياكل الأساسية المولدة تحتوي على نطاقات هيكلية معروفة، وتقترح نموذجاً مرجعياً قائماً على الاسترجاع بدون تدريب يُسمى RetFold لإثبات إمكانية تحقيق مثل هذه النتائج دون نماذج توليدية معقدة.

Tongyue Xu, Yijie Zhang, Mutian He, Lingdong Shen, Zhihong Liu, Tianlei Ying, Cheng Tan2026-08-12

🧬 biology

Interpreting GFlowNets for Drug Discovery: What probes can and cannot show

تُظهر هذه الدراسة أن درجات القابلية العالية للتفسير في نماذج اكتشاف الأدوية القائمة على شبكات تدفق المولدات (GFlowNet) غالبًا ما تعكس تحيزات متأصلة في البنية الهيكلية والتمثيل الميزاتي بدلاً من المعرفة الكيميائية المكتسبة، مما يضع بروتوكول ضبط صارم للتمييز بين الرؤى الحقيقية المدفوعة بالسياسة وبين النواتج الاصطناعية.

Amirtha Varshini A S, Duminda S. Ranasinghe, Hok Hei Tam2026-08-06

🧬 biology

Expanding Protein Structure Prediction into Conformational State Space

تجادل هذه الورقة بأن التنبؤ ببنية البروتين يجب أن يتطور من مجرد تحديد هيئة مهيمنة واحدة إلى مسألة استدلال شاملة لفضاء الحالة تستعيد المجموعة الكاملة من الحالات المتاحة، وعلاقاتها الطاقية والحركية، واستجاباتها للاضطرابات.

Devlina Chakravarty, Justin J. Miller, Da Teng, Yousuf O. Ramahi, Patrick Bryant, Camila Neira-Mahuzier, César A. Ramíre (…)2026-08-05

🧬 biology

Funnel-like protein energy landscapes emerge from functional evolution under thermal fluctuations

تُظهر هذه الدراسة أن تضاريس طاقة البروتين الشبيهة بالقمع، والضرورية لقابلية الطي، يمكن أن تنبثق تلقائياً كنتيجة ثرموديناميكية للاختيار التطوري للنشاط الوظيفي تحت درجات حرارة بيئية محددة، دون الحاجة إلى اختيار مباشر للاستقرار البنيوي.

Norifumi Maruyama, Macoto Kikuchi2026-08-04

🧬 biology

Persistent Manifold Learning of Protein Properties

تقدم هذه الورقة البحثية "تعلم المتشعب المستمر" (PML)، وهو إطار حوسبي مبتكر يجمع بين الثوابت الطوبولوجية المستمدة من "لابلاسيان الرسم البياني المستحث بالحدود" مع تمثيلات نماذج لغة البروتين، ليتفوق بشكل كبير على الأساليب الرائدة في التنبؤ بآثار الارتباط الجزيئي الحيوي عبر فئات التفاعل المتنوعة.

Xingjian Xu, Zhe Su, Guo-Wei Wei, Chunmei Wang2026-07-29

🧬 biology

Homeostatic Noise Buffering in Biomolecular Condensates Hinges on Phase Multiplicity Modulated by Interfacial and Droplet Size Effects

تُظهر هذه الدراسة أن قدرة التكاثفات الجزيئية الحيوية على تخفيف تقلبات التركيز تعتمد على ما إذا كانت تخضع لانفصال طوري سائل-سائل ثنائي أو ثلاثي، وهو تميز مدفوع بأنماط تسلسل البروتين غير المنظم جوهرياً ومعدل بشكل كبير بواسطة التوتر السطحي وتأثيرات الحجم المحدود.

Jonas Wessén, Tanmoy Pal, Suman Das, Hue Sun Chan2026-07-28

🧬 biology

FLOWR: Flow Matching for Structure-Aware De Novo, Interaction- and Fragment-Based Ligand Generation

تقدم الورقة البحثية FLOWR، وهو إطار عمل جديد قائم على البنية يجمع بين مطابقة التدفق والنقل الأمثل المتكافئ ومجموعة بيانات SPINDR منسقة لتوليد وتحسين الربيطات ثلاثية الأبعاد بفاعلية ودقة متفوقتين، وبسرعة استنتاج تزيد بمقدار 70 ضعفًا عن الطرق الحالية، مع توفير أيضًا نسخة متعددة الأغراض ومتنوعة للتصميم القائم على الشظايا دون الحاجة لإعادة التدريب.

Julian Cremer, Ross Irwin, Alessandro Tibo, Jon Paul Janet, Simon Olsson, Djork-Arné Clevert2026-06-01

→ السابق التالي ←