170 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة البحثية Q-SFD، وهي طريقة للتحسين الثنائي غير المقيد التربيعي تقوم بربط شظيتين جزيئيتين في آن واحد مع قيد مسافة صريح لزيادة استعادة أزواج الوضعيات القابلة للربط هندسياً بشكل كبير دون المساس بدقة مستوى الشظية.
تُظهر هذه الورقة قدرة الذكاء الاصطناعي الوكيل على تنسيق منصتين متخصصتين بشكل مستقل: إحداهما تبني نماذج تعلم آلي تنبؤية عالية الدقة للتفاعلات بين البشر والبشر وبين الفيروسات والبشر في البروتينات، والأخرى تستحث قواعد قابلة للتفسير ومقروءة بشرياً تتوافق مع نتائج تلك النماذج.
يُعدُّ VARIANT خادماً ويب متاحاً بحرية ومصمماً لتحليل طفرات الفيروسات الـ RNA بشكل شامل على مستويي الجينوم والبروتين، حيث يقدم تعليقاً توضيحياً آلياً للمتغيرات القياسية، والكشف عن الأنماط الفريدة مثل الطفرات "الصفية" (row) و"الساخنة" (hot)، وتحليلاً مزدوجاً لطوبولوجيا الرسم البياني للبنى الثانوية لـ RNA عبر عائلات فيروسية متنوعة.
تقترح هذه الورقة "GROUNDING.md"، وهو مستند تدار حوكمته مجتمعياً ويقوم بترميز القيود والاتفاقيات العلمية غير القابلة للتفاوض لضمان أن ينتج البرمجة بمساعدة الذكاء الاصطناعي الوكيل برمجيات صالحة وتتبع أفضل الممارسات حتى عند استخدامها من قبل غير الخبراء في المجال.
تقدم هذه الورقة LAFA، وهو إطار عمل مستمر قائم على الخوادم يتيح إجراء تقييم معياري مستمر وقابل للتكرار وديناميكي لنماذج التنبؤ بوظائف البروتين من خلال تقييم الأساليب المعبأة في حاويات مقابل الحقيقة الأرضية المتطورة، مما يعالج نقص منصات التقييم المستمرة خارج تحديات CAFA الدورية.
تقدم الورقة البحثية DynaProt، وهو إطار عمل خفيف الوزن وثابت بالنسبة لـ SE(3)، يتنبأ بكفاءة بديناميكيات البروتين على مستوى الثمالة ويعيد بناء مصفوفات التباين الكاملة لتوليد المجموعات مباشرة من البنى الساكنة، مما يوفر بديلاً قابلاً للتوسع لمحاكاة الديناميكيات الجزيئية المكلفة حاسوبياً.
تقدم ConforNets تحويلاً تآلفياً (affine transformation) قابلاً لإعادة الاستخدام على مستوى القنوات لمتأخرات (latents) أزواج Pairformer في OpenFold3، مما يتيح تحكماً فعالاً وفائق المستوى في التباين التشكلي للبروتين، ويسمح بكل من التوليد غير الخاضع للإشراف للحالات البديلة والنقل الخاضع للإشراف للتغيرات التشكلية عبر عائلات البروتينات.
تطور هذه الورقة نظرية حركية تُظهر أن عملية استخراج الحلقات المدفوعة بالـ "كوهيسين" في الكروماتين غير المنظم تتبع قوانين إحصائية عالمية، حيث يعمل شكل التوزيع (سواء كان ذروي الشكل أو أسيّاً) كمميز مباشر لعملية الاستخراج ثنائية الجانب مقابل أحادية الجانب، مما يدعم نموذجاً تعمل فيه كلتا ذراعي الكوهيسين بنشاط في الخلايا الحية.
تُظهر هذه الدراسة أن الأمونيا تعمل كحارس كيميائي حاسم في فوهة "سيلك" على قمر تايتان، حيث يتيح وجودها (≥1%) التكوين الديناميكي الحراري لجزيئات متنوعة سابقة للحياة مثل القواعد النووية، والريبوز، والأحماض الدهنية، مما يوفر تنبؤات قابلة للاختبار لمهمة "دراغون فلاي" للتمييز بين الكيمياء اللاأحيائية وإعادة بناء البيئة المائية الماضية للقمر.
يُعد PUFFIN إطار عمل قائم على البيانات يستخدم الشبكات العصبية الرسومية مع التجميع المدرك للبنية والإشراف الوظيفي لاكتشاف وحدات بروتينية متعددة البقايا قابلة للتفسير، تعمل بفعالية على سد الفجوة بين الترتيبات الهيكلية والوظيفة البيولوجية.