170 ورقة بحثية
تقترح هذه الورقة نموذجاً متسقاً ديناميكياً حرارياً يوضح أن المعقدات البروتينية المدفوعة وغير المتوازنة في حالة الاتزان يمكنها أن تعمل كآلات أوتوماتية جزيئية عشوائية، مما يوفر إطاراً لهندسة الذاكرة المقاومة للأخطاء، وساعات التوقف الجزيئية، والآلات ذات الحالات المحدودة داخل الخلايا الحية.
إنَّ PI-Mamba هو نموذج توليدي يعمل بزمن خطي، يجمع بين بنية فضاء الحالة القائمة على Mamba ومطابقة التدفق والقيود المستندة إلى الفيزياء لإنتاج هياكل بروتينية صالحة هندسياً وقابلة للتصميم لتسلسلات تتجاوز 2,000 بقايا دون الحاجة إلى تحسين تكراري.
يُعد STAR-GO إطار عمل قائم على تقنية المحولات (Transformer) يدمج التعريفات النصية والبنى الرسومية الهرمية لمصطلحات الوجود الجيني (Gene Ontology) لتحقيق تنبؤ رائد وحالة فنية متقدمة (state-of-the-art) لوظائف البروتين في ظروف الصفر المعرفي (zero-shot)، وذلك عبر تعلم تمثيلات دلالية موحدة تتكيف مع الأنطولوجيات المتطورة.
يُعد ZeroFold نموذجاً قائماً على تقنية المحولات (transformer) يستفيد من التضمينات ما قبل الهيكلية المستمدة من النموذج التأسيسي Boltz-2 للتنبؤ بدقة بآلفة الارتباط بين البروتين والحمض النووي الريبي (RNA) مباشرة من التسلسل، متجاوزاً بذلك بفعالية تحدي المرونة الهيكلية للحمض النووي الريبي دون الحاجة إلى هياكل ثلاثية الأبعاد صريحة.
تقدم الورقة البحثية PepMorph، وهو مسار نمذجة توليدية شرطية مقنعة نجح في تصميم ببتيدات مبتكرة ذات مورفولوجيا تجميع ذاتي ليفية أو كروية مستهدفة، محققاً معدل نجاح تحقق بنسبة 83% من خلال محاكاة الديناميكا الجزيئية خشنة الحبيبات.
تقترح هذه الورقة بنية شبكة خصومة توليدية كمومية قائمة على "واسرشتاين" والنمط الكامن، والتي تدمج المشفرات التلقائية التباينية، وتشفير الضجيج، وعقوبات التدرج للتغلب على تحديات تدريب شبكات الخصومة التوليدية الكلاسيكية مثل انهيار النمط، مُظهرةً فعاليتها في تصميم الأدوية من خلال اختبارات معيارية على كل من المحاكيات الكمومية وأجهزة IBM Heron الحقيقية.
تقدم هذه الورقة PoseBench، وهو أول معيار شامل مصمم لتقييم طرق التعلم العميق لرسو البروتين والربيطة بشكل منهجي في ظل ظروف العالم الحقيقي الصعبة، بما في ذلك استخدام هياكل "apo" المتوقعة، والارتباط المتزامن لعدة ربيطات، وجيوب الارتباط غير المعروفة، مما يكشف أنه بينما تتفوق طرق "الطي المشترك" عمومًا على النماذج المرجعية، إلا أنها لا تزال تواجه صعوبة في التعامل مع الوضعيات الجديدة والموازنة بين الدقة الهيكلية والخصوصية الكيميائية.
تقدم هذه الورقة MolLangBench، وهو معيار شامل لتقييم التعرف على البنية الجزيئية وتحريرها وتوليدها عبر الأوامر اللغوية، والذي يكشف أن حتى النماذج المتطورة مثل GPT-5 تعاني بشكل كبير في هذه المهام الكيميائية الأساسية رغم بساطتها البديهية بالنسبة للبشر.
تحلل هذه الدراسة سبعة أنظمة إنزيمية متميزة وتكشف عن اتجاه عام حيث يتم نقل كل من الإنتروبيا والمعلومات من المناطق المحيطية نحو المواقع التحفيزية.
تقدم هذه الورقة طريقة خالية من التدريب تستخدم انحيازاً قياسياً واحداً لتوجيه توليد البروتينات القائم على الانتباه العشوائي نحو مجموعات فرعية وظيفية محددة بناءً على تسلسلات يقدمها المستخدم، مع تحديد وقياس "فجوة معايرة" ناتجة عن تقليل الأبعاد تحد من الحفاظ على التباينات الوظيفية على مستوى الثمالة.