Integrating Mechanistic Modeling and Machine Learning to Study CD4+/CD8+ CAR-T Cell Dynamics with Tumor Antigen Regulation

Diese Arbeit stellt einen erweiterten mathematischen Rahmen vor, der mechanistische Modellierung und maschinelles Lernen kombiniert, um die Dynamik von CD4+/CD8+ CAR-T-Zellen unter Tumorantigen-Regulation zu untersuchen und zeigt, wie neuronale Netze die Vorhersagekraft bei Parameterunsicherheit verbessern können.

Saranya Varakunan, Melissa Stadt, Mohammad KohandelWed, 11 Ma🧬 q-bio

Parameter Identifiability Under Limited Experimental Data in Age-Structured Models of the Cell Cycle

Diese Arbeit untersucht, wie die Verfügbarkeit unterschiedlicher experimenteller Daten (wie FACS- und FUCCI-Messungen) die Identifizierbarkeit der Parameter eines altersstrukturierten PDE-Modells des Zellzyklus beeinflusst, und leitet analytische Ausdrücke sowie identifizierbare Parametergruppen ab, um den minimalen Datenbedarf für eine erfolgreiche Modellierung zu bestimmen.

Ruby E. Nixson, Helen M. Byrne, Joe M. Pitt-Francis, Philip K. MainiTue, 10 Ma🔢 math

Discovery of a Hematopoietic Manifold in scGPT Yields a Method for Extracting Performant Algorithms from Biological Foundation Model Internals

Die Studie präsentiert eine dreistufige Methode zur Extraktion eines kompakten, hochleistungsfähigen hämatopoetischen Algorithmus aus dem Foundation-Modell scGPT mittels mechanischer Interpretierbarkeit, der ohne erneutes Training des Ziel-Datensatzes die Leistung bestehender Methoden übertrifft und biologisch interpretierbare Genprogramme offenbart.

Ihor KendiukhovThu, 12 Ma🧬 q-bio

Theory of Cell Body Lensing and Phototaxis Sign Reversal in "Eyeless" Mutants of ChlamydomonasChlamydomonas

Diese Arbeit stellt eine quantitative Theorie vor, die erklärt, wie die Linsenwirkung des Zellkörpers bei augenlosen *Chlamydomonas*-Mutanten durch die Dominanz des schnellen, zeitlich stark veränderlichen Signals der fokussierten Lichtkaustiken gegenüber dem direkten Licht die Vorzeichenumkehr der Phototaxis bewirkt.

Sumit Kumar Birwa, Ming Yang, Adriana I. Pesci, Raymond E. GoldsteinThu, 12 Ma🧬 q-bio

Causal Circuit Tracing Reveals Distinct Computational Architectures in Single-Cell Foundation Models: Inhibitory Dominance, Biological Coherence, and Cross-Model Convergence

Diese Studie nutzt eine neuartige Methode zur kausalen Verfolgung von Schaltkreisen in Single-Cell-Grundmodellen, um herauszufinden, dass beide untersuchten Modelle trotz unterschiedlicher Architekturen eine dominante inhibitorische Dynamik und hohe biologische Kohärenz aufweisen, wobei konsensbasierte Domänen signifikant mit Krankheitsassoziationen verknüpft sind.

Ihor Kendiukhov2026-03-05🤖 cs.LG