15 Arbeiten
Dieser zweite Teil der Arbeit untersucht netzwerkweite Mechanismen und stochastische sowie deterministische Modelle, die erklären, wie die Arrhenius-Abhängigkeit einzelner biochemischer Reaktionen auf Systemebene zu nicht-Arrhenius-Verhalten, thermischen Grenzen und Temperaturkompensation führt.
Die Arbeit untersucht die Dualität zwischen Erhaltungsgrößen und inneren Zyklen in Massenwirkungsnetzwerken und stellt Vermutungen über duale Beziehungen zwischen Präclustern, maximal invariante polyedrischen Trägern und Siphons auf.
Die Autoren stellen einen Python-basierten Algorithmus vor, der die automatisierte Identifizierung und Klassifizierung von Homöostase-Mechanismen in komplexen Eingabe-Ausgabe-Netzwerken allein anhand ihrer Topologie ermöglicht und damit die zuvor intractable kombinatorische Enumeration sowie die theoretischen Hürden für biologische Anwendungen überwindet.
Dieses Papier untersucht stochastische Reaktionsnetzwerke in interagierenden Kompartimenten mit inhaltsabhängiger Fragmentierung, widerlegt frühere Explosivitätsannahmen und leitet unter der Annahme einer linearen Lyapunov-Funktion neue hinreichende Bedingungen für die Nicht-Explosivität und positive Rekurrenz ab.
Diese Arbeit verbindet die Theorie chemischer Reaktionsnetzwerke mit mathematischer Epidemiologie, indem sie das Next-Generation-Matrix-Theorem verallgemeinert und einen symbolisch-numerischen Ansatz zur Stabilitätsanalyse positiver ODEs mittels der „Epid-CRN"-Software präsentiert.
Diese Studie zeigt, dass der intrazelluläre energetische Zustand, insbesondere die ATP-Konzentration und die Phosphorylierungsfreie Energie, nicht nur die Geschwindigkeit und die kritische Nukleusgröße von Triggerwellen in biochemischen Systemen steuert, sondern auch deren Ausbreitungsrichtung und Existenzbedingungen maßgeblich beeinflusst.
Das Paper stellt drGT vor, ein auf Graph-Deep-Learning basierendes Modell, das mithilfe eines heterogenen Netzwerks aus Wirkstoffen, Genen und Zelllinien nicht nur die Arzneimittelansprechraten mit hoher Genauigkeit vorhersagt, sondern auch durch Aufmerksamkeitskoeffizienten interpretierbare Biomarker und biologische Prozesse identifiziert.
Diese Arbeit stellt einen skalierbaren DNA-Ternärvolladdierer vor, der durch einen innovativen kompetitiven Blockierungs-Schaltkreis und eine dynamische Konzentrationsanpassung die Grenzen binärer Systeme überwindet und experimentell Additionen bis zu 17 Bit ermöglicht.
Die Studie stellt eine neue Methode zur Parameterschätzung in stochastischen Quasi-Reaktionssystemen vor, die durch eine nichtlineare lokale Mittelwertnäherung und eine analytische Lösung der Hazard-Rate eine effizientere und robustere Schätzung kinetischer Raten ermöglicht, insbesondere bei großen Messintervallen und steifen biologischen Systemen.
Die Studie stellt HIDDENdb vor, eine umfassende Datenbank, die genetische und Protein-Ko-Abhängigkeiten aus großen Störungsscreens und Multi-Omics-Daten integriert, um interaktive Netzwerke zu visualisieren und funktionelle Beziehungen, die auf strukturellen Protein-Protein-Interaktionen basieren könnten, aufzudecken.
Diese Arbeit nutzt den symbolischen CRNT-Paket EpidCRN, um die Dynamik von Mehrstamm-Verleumdungsmodellen in sozialen Netzwerken zu analysieren und zeigt, dass Stabilitätsübergänge als „Relais" auftreten, bei denen eine einzelne Invasionsungleichung den Verlust der transversalen Stabilität eines Gleichgewichts und die Existenz eines Nachfolgegleichgewichts auf einer benachbarten invarianten Fläche gleichzeitig steuert.
Dieser Artikel stellt einen statistisch-mechanischen Ansatz vor, der sich auf endogene Signalfaktoren wie Effektor-Konzentrationen konzentriert und detaillierte thermodynamische Modelle anstelle vereinfachter Hill-Funktionen verwendet, um die Dynamik induzierbarer genetischer Schaltkreise in lebenden Zellen realistischer zu erfassen.
Diese Arbeit führt für Boolesche Netzwerke den Begriff dominanter Knoten ein, um durch eine asymptotisch konjugierte Reduktion auf einem induzierten Graphen die Attraktorenstruktur zu erhalten und gleichzeitig Schranken für deren Anzahl, Perioden sowie für die Größe der Einzugsgebiete und Transientenlängen zu etablieren.
Diese Studie präsentiert einen systematischen Diagnoserahmen zur Quantifizierung der Instabilität von Method-Rankings bei der Bewertung von Genregulationsnetzwerken, der zeigt, dass Reversal-Raten zwar unter Zufallserwartungen liegen, aber maßgeblich durch Änderungen der Diskriminationsfähigkeit der Methoden und nicht durch Basisraten-Effekte getrieben werden.
Die Studie stellt ein eindimensionales Ising-Modell vor, das die Kooperationsmechanismen bei der Aktivierung der dünnen Filamente in der Muskelkontraktion durch zwei Parameter (Calciumkonzentration und Myosin-Kraft) beschreibt und dabei sowohl experimentelle Daten als auch den hemmenden Effekt des Wirkstoffs Omecamtiv Mecarbil erfolgreich erklärt.