15 편의 논문
이 논문은 개별 반응의 아레니우스 식 온도 의존성이 어떻게 네트워크 수준의 메커니즘을 통해 비아레니우스적 스케일링, 열적 한계 및 온도 보상과 같은 집단적 역학으로 전환되는지 결정론적 및 확률론적 모델을 통해 설명함으로써, 경험적 온도 반응 곡선과 분자 조직 간의 기작적 연결을 제공합니다.
이 논문은 질량작용 네트워크에서 보존량이 내부 순환과 이중적이며, 최대 불변 다면체 지지, 프리클러스터, 그리고 시폰 사이의 이중성 관계를 제안하고 있습니다.
이 논문은 복잡한 생물학적 네트워크에서 항상성 메커니즘을 식별하고 분류하는 데 필요한 계산적 난제를 해결하기 위해, 네트워크 토폴로지만으로 항상성 하위 네트워크와 조건을 자동으로 도출하는 확장 가능한 파이썬 기반 알고리즘을 개발하고 그 유효성을 다양한 생물학적 사례를 통해 입증했습니다.
이 논문은 내부 물질의 양에 따라 분열 속도가 결정되는 상호작용하는 구획 내의 확률적 반응 네트워크를 분석하여, 기존 연구의 폭발성 특성이 성립하지 않음을 보이고 선형 리아푸노프 함수를 가정할 때의 비폭발성과 양수 재귀성에 대한 새로운 충분 조건을 제시합니다.
이 논문은 화학 반응 네트워크 이론과 수리 역학 도구를 결합하여 양의 ODE 안정성 문제를 해결하기 위해 차세대 행렬 정리의 일반화를 제시하고, 분기 문제를 다루기 위한 심볼릭 - 수치적 접근법 및 Epid-CRN 도구를 활용한 두 가지 응용 사례를 검토합니다.
이 논문은 ATP 농도와 인산화 자유 에너지와 같은 비평형 에너지 구동력이 세포 내 트리거 파동의 전파 속도와 임계 핵 크기를 조절하여 대사 상태가 공간적 역학 및 세포 결정 과정에 영향을 미친다는 것을 규명했습니다.
drGT 는 약물, 유전자, 세포주 간의 이종 네트워크와 어텐션 메커니즘을 활용하여 약물 반응의 민감도를 예측하고 기존 지식을 기반으로 한 생물학적 해석 가능성을 제공하는 그래프 딥러닝 모델입니다.
이 논문은 경쟁적 차단 회로와 동적 농도 조절 전략을 도입하여 기존 이진 DNA 연산의 한계를 극복하고 17 비트까지 확장 가능한 3 진 DNA 풀 어더 아키텍처를 제안하고 실험적으로 검증했습니다.
이 논문은 큰 시간 간격으로 관측된 준반응 시스템의 동역학을 분석하기 위해 비선형 국소 평균장 근사를 기반으로 한 새로운 매개변수 추정 알고리즘을 제안하며, 기존 방법보다 계산 효율성과 강성 (stiffness) 에 대한 강건성을 갖춘 것으로 입증되었습니다.
이 논문은 대규모 변이 스크리닝 및 다양한 오믹스 데이터를 통합하여 유전적 및 단백질 공의존성 관계를 체계적으로 매핑하고, 이를 통해 세포 기능과 구조적 상호작용을 규명하는 새로운 데이터베이스 'HIDDENdb'를 소개합니다.
이 논문은 EpidCRN 패키지를 활용하여 화학 반응 네트워크 이론을 다균주 소문자 모델에 적용함으로써, 최소 시폰 (siphon) 격자에 기반한 '릴레이' 메커니즘을 통해 경계 역학을 체계화하고 전이 역치 및 안정성 전환을 규명했습니다.
이 논문은 기존의 전사율이나 분해율과 같은 매개변수 중심의 동역학적 접근을 넘어, 통계역학적 모델과 열역학적 분석을 통해 생체 내 신호 분자 농도라는 내인성 조절 인자에 초점을 맞춰 유전자 회로의 안정성과 동역학을 재조명합니다.
이 논문은 부울 네트워크에서 전체 동역학을 결정하는 '우세 정점'의 개념을 정의하고, 이를 기반으로 원본 시스템과 점근적으로 동등한 축소 모델을 구축하여 어트랙터의 구조를 분석하고 그 수 및 주기에 대한 상한을 설정하는 방법을 제시합니다.
이 논문은 유전자 조절 네트워크 추론 방법 평가에서 프로토콜 선택에 따른 순위 불안정성을 체계적으로 진단하고, 순위 반전이 방법의 상대적 판별력 변화에 기인함을 규명하여 안정성 인식 평가 관행을 제안합니다.
이 논문은 칼슘 농도와 미오신 모터가 가하는 힘이라는 두 가지 매개변수를 기반으로 1 차원 이징 모델을 도입하여 근수축의 협동 기전을 규명하고, 이를 실험 데이터와 오메캄트비 메카빌 (OM) 약물의 효과를 통해 검증하여 OM 이 반협동 기전을 유발함을 밝혔습니다.