15 篇论文
本文作为系列第二部分，在回顾前作的基础上，重点探讨了通过确定性动力学与随机框架等网络级机制，如何将单个反应的阿伦尼乌斯温度依赖性转化为系统层面的非阿伦尼乌斯标度、热极限及温度补偿等涌现动态，从而为理解生物系统的鲁棒性、扰动响应及进化约束提供了从经验曲线到分子组织的机制性桥梁。
该论文探讨了质量作用网络中守恒量与内部循环的对偶性，引入了最大不变多面体支撑的概念，并提出了预簇与最大不变多面体支撑、以及预簇与陷区（siphons）之间存在对偶关系的猜想。
本文提出了一种基于 Python 的自动化算法，通过扩展理论框架至多输入节点网络，能够直接从网络拓扑结构出发，高效识别并枚举复杂生物系统中的稳态子网络及其机制，从而克服了传统组合枚举方法在处理大规模网络时的计算瓶颈。
本文研究了内容依赖型碎裂速率下的随机反应网络模型，证明了既有非爆炸性判据在此场景下失效，并在线性 Lyapunov 函数假设下建立了新的非爆炸性与正常返性充分条件，从而扩展了内容介导的区室动力学理论框架。
本文通过融合化学反应网络理论与数学流行病学工具，不仅推广了流行病学中核心的下一代矩阵定理，还利用符号 - 数值方法结合 Mathematica 软件包，为研究正常微分方程的稳定性问题提供了新的理论框架与应用实例。
该研究建立了一个热力学一致的反应 - 扩散框架，揭示了 ATP 浓度和磷酸化自由能等细胞能量状态不仅调节触发波的传播速度和临界核大小，甚至能逆转波的传播方向，从而将代谢条件与细胞内的空间波动力学及决策过程联系起来。
drGT 是一种基于药物 - 细胞 - 基因异质网络的图深度学习模型，它利用注意力系数不仅在高精度下预测药物反应，还能有效识别已知及文献支持的生物标志物并解析受影响的生物学过程，从而显著提升了药物敏感性预测的可解释性。
该论文提出了一种基于竞争性阻断电路和动态浓度调整策略的可扩展 DNA 三进制全加器架构，通过双协同优化显著提升了单比特计算能力，成功实现了 10 位并有望扩展至 17 位的分子加法运算，为大规模 DNA 数字计算提供了新的方法基础。
该论文提出了一种基于反应速率一阶泰勒展开的非线性局部平均场近似方法，通过构建具有显式解的常微分方程系统，有效解决了准反应系统在观测时间间隔较大时的动力学推断与动力学参数估计难题，并在计算效率、抗刚性及参数估计精度上优于现有的随机微分方程和常微分方程方法。
本文介绍了 HIDDENdb 数据库，该资源通过整合大规模扰动筛选、多组学数据及 curated 交互库，系统性地构建了遗传与蛋白质共依赖关系图谱，揭示了基因模块间的共享依赖模式及其与蛋白质结构相互作用的潜在联系，并提供交互式网络探索功能。
本文利用化学反应网络理论（CRNT）及 EpidCRN 符号包，通过分析最小禁闭集（siphons）生成的不变面格，揭示了多菌株谣言传播模型中边界动力学稳定性转变的“接力”机制，阐明了单一入侵不等式如何同时控制居民平衡态的横截稳定性丧失与相邻面上后继平衡态的存在性。
本文通过采用统计力学模型和详细的热力学描述，将研究视角从传统的人为调节电路参数转向细胞内源性的效应物浓度，从而揭示了活细胞中可诱导遗传回路稳定性的调控机制，并指出了其与使用希尔函数及手动调参所得结论的显著差异。
本文针对布尔网络引入了支配顶点概念，通过构建诱导动力学系统证明了其与原系统在吸引子层面的渐近等价性，从而实现了系统降维并提供了吸引子数量、周期及瞬态行为的理论界限，同时结合数值模拟深入探讨了单支配顶点网络（如三叶草网络）的吸引盆结构。
该研究提出了一套系统诊断框架，通过量化不同评估协议轴（如候选集限制、组织背景等）下的排名反转率，揭示了基因调控网络基准测试中排名不稳定性主要源于方法间相对判别能力的变化而非基础率膨胀，从而挑战了现有基准评估中的常见假设并提出了稳定性感知的报告实践。
该研究引入一维伊辛模型，仅通过钙离子浓度和肌球蛋白马达产生的力两个参数，成功阐释了肌球蛋白结合力对肌动蛋白激活的协同作用机制，并验证了药物 Omecamtiv Mecarbil 通过反协同机制抑制细丝激活的实验现象。