301 ورقة بحثية
تحدد هذه الدراسة وتُوصّف مثبطات جديدة لمعقد NQR في بكتيريا الزوائف الزنجارية (*Pseudomonas aeruginosa*)، مُثبتةً من خلال بنيات المجهر الإلكتروني المبرد (cryoEM) عالية الدقة والمقايسات الوظيفية أن حجب هذا الإنزيم القاذف للبروتونات يعطل انتقال الإلكترونات ويضعف بشكل كبير عوامل الضراوة البكتيرية مثل الحركة وتكوين الغشاء الحيوي (biofilm).
تستخدم هذه الدراسة نمذجة "ألفافولد" (AlphaFold) والتحليل الطفري لاقتراح بنية معدلة لمنصة فرز نظام الإفراز من النوع الثالث (T3SS) في بكتيريا "الشيغيلة" (Shigella)، مما يشير إلى أن نسختين أو أربع نسخ محتملة من بروتين SctQ (Spa33) ترتبط بالبروتين التكيفي MxiK وثنائيات الوحدات المتجانسة SPOA2 لتلائم الكثافة الإلكترونية التجريبية بشكل أفضل وتفسر المتطلبات الوظيفية.
تستخدم هذه الدراسة علم البروتينات المختزل العميق لتحديد مفتاح أكسدة واختزال قابل للاستهداف دوائياً عند الموقع Cys102 في المنظم المناعي SHP1، مما يتيح تطوير منشط تساهمي انتقائي ينشط SHP1 لتثبيط الالتهاب في الخلايا البلعمية.
تُفصّل هذه الورقة انتقال مختبر ناجح من علم بلورات الأشعة السينية إلى المجهر الإلكتروني المبرد لدراسة بروتين ATAD2B، مع توضيح الاستراتيجيات العملية للتغلب على التحديات البيوكيميائية والتقنية، وتقديم دليل سير عمل شامل لعلماء الأحياء البنيوية الذين يتبنون هذه التقنية التحويلية.
تتقصى هذه الورقة كيف يؤدي الجمع بين متحكمين تكامليين متضادين عند متغير مشترك إلى خلق أنماط تنظيمية متميزة —متمثلة في التحكم المفوض، والمعزول، والمستقر حركياً— مما يتيح سلوكيات استتبابية وريوستاتية، مع تطبيقات تفسر تغيرات الوزن المرتبطة بالفترة الضوئية في الهامستر السيبيري والديناميكيات المعقدة لاستتباب غلوكوز الدم.
تستخدم هذه الدراسة محاكاة الديناميكيات الجزيئية لجميع الذرات للكشف عن أنه بينما يقوم رباعي إيثيل الأمونيوم بسد قنوات Kv2.1 من خلال الارتباط على المحور بالقرب من مرشح الانتقائية، فإن المثبط النوعي RY785 يرتبط خارج المحور بجدران القناة، مما يعمل على استقرار حالة بوابة شبه مفتوحة تعيق تدفق الأيونات وتؤثر على مستشعرات الجهد البعيدة.
تُثبت هذه الدراسة صحة مقايسة "إليزا" (ELISA) عالية الإنتاجية التي تُظهر أن عقار لوماكافتورور يثبط بشكل انتقائي ارتباط عامل فون ويلبراند في ظل ظروف التهابية وتأكسدية، مما يقدم استراتيجية واعدة لتطوير علاجات مضادة للتخثر تقلل من مخاطر النزيف.
تُظهر هذه الدراسة أن إعادة الارتباط بواسطة إنزيم Xer عند موقع psi في البلازميد pSC101 تسير مع تغير دقيق في عدد الروابط الطوبولوجية بمقدار +4، مما يحول أربع لفات فائقة سالبة إلى عقد تشابكية عبر محاذاة متوازية متضادة ووسيط من جسر هوليدي لضمان توريث مستقر للبلازميد.
تحدد هذه الدراسة البنى البلورية لنظير بروتين ASBT ونسخة بشرية منه لتكشف أنه، على عكس NTCP، تفتقر هذه الناقلات من عائلة SLC10 إلى مسام عبر غشائي بسبب لولب TM6 مرن، كما توضح محاكاة الديناميكيات الجزيئية كيف تسهل الدهون الغشائية نقل الأحماض الصفراوية ذات المجموعات الكارهة للماء الكبيرة.
تقدم الورقة البحثية بروتوكول RIPUP، وهو سير عمل سريع متعدد البروتيازات يجمع بين هضم Arg-C Ultra وr-Chymotrypsin مع وسم TMT وتحليل HiP-Frag لتقليل وقت تحضير عينات تعديلات الهيستون ما بعد الترجمة من أيام إلى ساعات مع توسيع التغطية بشكل كبير للكشف عن عمليات الأستلة (acylations) والتعديلات النوعية المتغيرة التي كان يصعب اكتشافها سابقاً.