301 ورقة بحثية
يقدم المؤلفون Enzyme-toolkit (Enzyme-tk)، وهو مسار موحد يدمج 23 أداة مفتوحة المصدر وطريقتين مبتكرتين (Func-e وOligopoolio) لاكتشاف إنزيمات غير معروفة سابقاً لتفاعلات محددة، حيث نجح في تحديد مرشحين مستقرين حرارياً قادرين على تفكيك الملوثات من صنع الإنسان مثل DEHP وTPP.
تكشف هذه الدراسة أن تنشيط الكوندنسين II أثناء الانقسام الفتيلي يعمل عبر آلية ثنائية حيث يقوم بروتين M18BP1 بكل من تخفيف التثبيط الذاتي بواسطة ذيل NCAPD3 وتعزيز تثبيت الحمض النووي (DNA) مباشرةً من خلال حلقة موجبة الشحنة، مما يتيح تنظيماً مستقراً للكروموسومات.
توضح هذه الدراسة الآليات الجزيئية لبروتين متلازمة جوبيرت INPP5E من خلال تحديد شبكة تفاعلاته المعتمدة على فسفرة التيروزين مع منظمات إشارات عوامل النمو، وإثبات تعديله التفاضلي لمسارات PDGF وTGFβ في الأهداب الأولية.
تقدم هذه الورقة استراتيجية لربط البروتين مصممة حاسوبياً تستهدف واجهة التنظيم الذاتي بين قلب هليكاز DHX9 ونطاق dsRBD2 الخاص به لتثبيط نشاط DHX9 بشكل محدد لأغراض علاج السرطان، مما يوفر بديلاً فعالاً لطرق الفحص التقليدية القائمة على المكتبات.
تحل هذه الورقة الجدل المحيط بتعريفات التعاونية في جزيئات PROTAC واللاصقات الجزيئية من خلال إثبات أن التعاونية السلبية الظاهرية الملحوظة في نماذج "الانغماس الجزئي" هي في الواقع عقوبة إنتروبية ناتجة عن تقييد الكتلة المكشوفة للربيطات الكبيرة، مما يكشف عن وجود تعاونية حقيقية في التفاعل بين البروتينات (PPI) بمجرد طرح تكلفة إنتروبيا الربيطة هذه.
تقدم هذه الورقة تقنية تفاعل البوليمراز المتسلسل الكمي (quPCR)، وهي طريقة جديدة خالية من المعايرة تحدد أعداد نسخ الأحماض النووية المطلقة على مستوى الجزيء الواحد من خلال اشتقاق وحدة كمية ذاتية من الخصائص الديناميكية الحرارية والحركية للنظام.
تستخدم هذه الدراسة تحليلات بروتيومية وغليكومية شاملة للكشف عن أن عدوى فيروس الإنفلونزا أ تعيد تشكيل البروتين السكري للمضيف بشكل كبير عبر تحفيز نزع السياليل على نطاق واسع بواسطة النيورامينيداز الفيروسي وتعطيل تدفق البروتينات السكرية في جهاز جولجي، مع إحداث استجابة استطالة للبروتين غير المطوي في الوقت ذاته تزيد من غليكوزيل الأوليغومانوز.
تستخدم هذه الدراسة تقنيات البروتيوميات السكرية، والمجهر الإلكتروني فائق التبريد، ورنين البلازمون السطحي لتوضيح أن دروع الغليكان المرتبطة بالروابط N وO لبروتينات gB في فيروسات ألفا هيربس، ولا سيما محتواها من حمض السياليك، تعدل بشكل متفاوت الارتباط بالمستقبلات المشتركة المضيفة MAG وPILR وNMHC-IIA، مما يفسر أنماط التوجه والعدوى المتميزة بين فيروسات HSV-1 وHSV-2 وVZV.
تحدد هذه الدراسة واجهة إرساء فريدة تتوسطها لولب A2 بين بروتين السيكلين D وبروتين Rb والتي تحفز انقسام الخلايا، مما يوفر هدفاً جديداً للعلاجات السرطانية رغم إشغال عوامل التجميع للبقعة الكارهة للماء في السيكلين D.