1120 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية SCOTE، وهو إطار عمل حوسبي قابل للتوسع يوحد تحليل الأوميكس المكانية عبر منصات ودقات وضوح متنوعة من خلال قياس الارتباطات المكانية عند جميع المقاييس الطولية، مما يميز الإشارات البيولوجية عن العيوب الناتجة عن المنصات ويسمح بمعالجة فعالة وعالية الإنتاجية لمجموعات البيانات الضخمة.
تقدم هذه الورقة مجموعة بيانات نطاقات الارتباط IMEx، وهي مجموعة ضخمة من مناطق التفاعل البروتيني المستمدة تجريبياً والمصنفة يدوياً والمُسقطة على تسلسلات UniProtKB، والتي تعمل كمعيار ذهبي لتقييم طرق التنبؤ بالواجهات وتوضيح الأساس الميكانيكي للطفرات المرتبطة بالأمراض.
يُعد HighFold-Lasso إطاراً حوسبياً مبتكراً يدمج بين الاتصال التساهمي المخصص والتهيئة التكيفية الموجهة بالركيزة لتحقيق نجاح بنسبة 100% في التنبؤ بالبنى المتشابكة ميكانيكياً المعقدة لجميع فئات ببتيدات اللاسو الأربعة، متفوقاً بشكل كبير على النماذج العامة في الدقة والموثوقية.
تقدم هذه الورقة BGC Atlas v2، وهو مورد موسع بشكل هائل يحتوي على أكثر من 16 مليون عنقود جيني حيوي متوقع مع بيانات وصفية تصنيفية وبيئية وجغرافية متكاملة لتسهيل اكتشاف المنتجات الطبيعية على نطاق واسع ودراسة التنوع الحيوي الحيوي بدائيات النوى.
تقدم هذه الورقة إطار عمل "خريطة شجرة السرطان" (CTBF)، وهو منهج لإعادة بناء الأنساب السرطانية من ملفات تعريف عدد النسخ للخلية الواحدة الطولية، والذي يأخذ في الاعتبار صراحةً ترتيب أخذ العينات الزمني ويميز بين الملفات التعريفية المرصودة وحالاتها السلفية، مما يثبت دقة فائقة وإمكانية تنفيذ على نطاق الجينوم مقارنة بالأساليب الحالية المعتمدة على التجميع أو الطوبولوجيا فقط.
تقدم هذه الورقة HiRepEat، وهو إطار عمل حوسبي سريع وفعال من حيث استهلاك الذاكرة يجمع بين ضاغط التكرار TACO ونظام رسم الإحداثيات SALSA مع خوارزمية محاذاة الموجة الأمامية المعدلة لتحديد وتجميع وتحليل عائلات العناصر الارتدادية من نوع LTR بدقة عبر مختلف جينومات الفقاريات وذبابة الفاكهة (Drosophila).
تقدم هذه الدراسة DeepMM، وهي أداة تعتمد على التعلم العميق تكتشف وتصحح القطع المتصلة (contigs) الهجينة بين الأنواع في الجينومات المجمعة من الميتاجينوم قبل عملية التجميع (binning)، مما يقلل بشكل كبير من التوصيفات الجينية والجينات المسببة للأمراض غير المتوافقة مع المراجع والتي غالباً ما تغفل عنها ضوابط الجودة القياسية القائمة على العلامات.
تقدم الورقة البحثية Dipler، وهو أسلوب سريع ومستقل عن المرجع يتكون من خطوتين يجمع بين تحديد الـ k-mer الخاص بالمجموعات وبين التجميع اللاحلي (de novo) المستهدف لتقنية PacBio، وذلك لحل وتجميع الأليلات المتباينة والمعقدة بنيوياً في الجينومات حقيقية النواة بنجاح عند مستويات تغطية تسلسل منخفضة.
تقوم هذه الدراسة بالمقارنة المرجعية المنهجية لعشر طرق غير خاضعة للإشراف لاستنتاج الطور اليوماوي عبر 25 مجموعة بيانات، حيث حددت CHIRAL كأفضل أداء بأقل متوسط خطأ، مع إثبات أن دقة الطرق تتباين باختلاف خصائص مجموعة البيانات وأن أفضل الطرق تستعيد بفعالية أنماط الجينات الإيقاعية حتى عندما تكون أوقات جمع العينات غير معروفة.
تقدم الورقة البحثية NoiTox، وهي استراتيجية تعلم آلي متعددة النماذج تدمج الواصفات الفيزيائية الكيميائية، وتضمينات نماذج لغة البروتين، والشبكات العصبية الرسومية للتنبؤ بسمية الببتيد بأداء يضاهي أحدث التقنيات مع الكشف عن ضجيج التسمية في مجموعات البيانات المرجعية وتحليلها.