💻 Category

bioinformatics

1121 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

2,234 attempts to harmonize a multi-platform B-cell lymphoma bulk transcriptomic dataset: ComBat is superior by cross-batch prediction quality

من خلال تقييم 2,234 نهجاً للتوفيق بين البيانات عبر 87 مقياساً متعامداً على مجموعة بيانات ليمفوما الخلايا البائية متعددة المنصات، تُظهر هذه الدراسة أن الطريقة المثلى تعتمد بشكل كبير على فئة المقياس المختار، حيث برزت طريقة ComBat كطريقة متفوقة تحديداً فيما يتعلق بجودة التنبؤ عبر الدفعات، بينما فشلت الطرق الأخرى في الحفاظ على السلامة البيولوجية.

Nikitin, D., Arakelyan, A.2026-10-15
💻 المعلوماتية الحيوية

Multimodal phenotyping reveals plant-food-related dietary information in serum Raman spectra of community-dwelling Japanese adults

تُظهر هذه الدراسة أنه لدى البالغين اليابانيين المقيمين في المجتمع، لا يتم استيعاب المعلومات الغذائية المعتادة المتعلقة بالأطعمة النباتية من خلال حالة بيولوجية واحدة، بل تُمثَّل كأبعاد قابلة للتتبع موزعة عبر طبقات نمط ظاهري متكاملة، حيث توفر أطياف رامان المصلية رؤى تنبؤية فريدة لمتغيرات غذائية محددة مثل بيتا كاروتين تكمل البيانات السريرية والأيضية.

Hiraga, K., Miyamoto, T., Nishino, T., Yoon, J., Shibuya, K., Ye, X., Shi, T., Liu, W., Suzuki, H., Isoda, H., Sakurai (…)2026-10-15
💻 المعلوماتية الحيوية

PatientPheX: A Full-Text Biomedical Corpus for Patient-Specific Phenotype Information Extraction

تقدم هذه الورقة PatientPheX، وهو متن بيولوجي طبي جديد للنصوص الكاملة يضم 200 تقرير حالة مع تعليقات توضيحية مفصلة لكيانات الأنماط الظاهرية الخاصة بالمرضى وارتباطاتها، صُمم لتعزيز أبحاث الأمراض النادرة ودعم تطوير طرق استخراج المعلومات المتمحورة حول المريض.

Zhu, X., Luo, L., Wang, Z., Huang, C., Li, Y., Zhong, Y., Lv, T., Li, J., Liu, C., Tian, F., Sun, Y., Wang, J., Lin, H.2026-10-15
💻 المعلوماتية الحيوية

Toxicity by Consortium Revisited: Structural Neighbors and Cross-Family Reach

تعيد هذه الدراسة مراجعة طريقة التنبؤ بالسمية القائمة على الجار الأقرب لعام 2003 باستخدام بيانات عامة محدثة للتحقق من دقتها بالنسبة للجرعة المميتة الوسطية (LD50) عن طريق الفم للجرذان و28 معياراً آخر، مع إثبات أن نهج الفحص العكسي الذي يقيس المدى الهيكلي للمركب عبر عائلات البروتين يحسن التنبؤ بالسمية بشكل كبير من خلال رصد القدرة على الارتباط المتعدد بما يتجاوز الخصائص الفيزيائية والكيميائية القياسية.

Muskal, S. M., Jha, S. K., Kishore, P., Tyagi, P.2026-10-14
💻 المعلوماتية الحيوية

DNA-LLM2Vec: Architecture-Aware Task-Conditioned Adaptation of Decoder DNA Foundation Models

يقدم DNA-LLM2Vec إطار عمل مرحليًا يحول نماذج أسس الحمض النووي القائمة على فك التشفير أحادي الاتجاه إلى مشفرات ثنائية الاتجاه، مما يثبت أن استراتيجية التكيف المثلى للمهام الجينومية اللاحقة تعتمد على كل من بنية المهمة المحددة وبنية النموذج الأساسي.

Liang, Y., Zhai, K., Gan, Y., Li, S., Shao, J., Watson, G. H., Poesio, M.2026-10-14
💻 المعلوماتية الحيوية

NCI-Profiler: automated protein-ligand interaction detection and visualization

يقدم المؤلفون NCI-Profiler، وهو أداة مؤتمتة مجانية تكتشف وتصور تسعة أنواع من التفاعلات غير التساهمية بين البروتين والربيطة مباشرة من الإحداثيات الهيكلية بدقة وسرعة أعلى من الأدوات الحالية مثل PLIP، مع توفير تغطية معززة للحالات المعقدة مثل التنسيق المعدني والربيطات الحلقية الكبيرة.

Sharma, R., Lee, E. Y.2026-10-14
💻 المعلوماتية الحيوية

E3 Ligase Ligandalyzer: A Structure-First, Ligand-Centric Platform for E3 Ligase Recruiter Selection

تقدم الورقة البحثية E3 Ligase Ligandalyzer، وهي منصة ويب مجانية ومتاحة للجميع تعتمد على البنية الهيكلية، تتيح التحليل المقارن لمعقدات إنزيمات E3 ligase-recruiter المحلولة تجريبياً من خلال سير عمل هيكلي ومعلوماتي كيميائي متكامل لتسهيل تصميم المواد المسببة للتحلل (degraders) في المراحل اللاحقة.

Schulz, J. M., Bardhan, M., Reynolds, R., Leroy, G., Reinberg, D., Schurer, S. C. M.2026-10-14
💻 المعلوماتية الحيوية

Joint Variable Selection for Omic Biomarkers in Time-to-Event Data

تقدم الورقة البحثية vampW، وهي طريقة بايزية بارامترية كاملة جديدة تعتمد على تمرير الرسائل التقريبي المتجهي ونموذج "ويبول"، والتي تتفوق على الاختبار الهامشي التقليدي والنماذج المشتركة الأخرى من خلال تقليل الاكتشافات الزائفة بشكل كبير وتحسين التنبؤ ببدء المرض عبر النمذجة المشتركة الفعالة للمؤشرات الحيوية متعددة الأوميكس المترابطة وبيانات الوقت حتى الحدث.

Bajzik, J., Depope, A., Zolfimoselo, Y., Sharipov, A., Lesayova, A., Klein, H., Richmond, A., Vernardis, S., Grauslys, A (…)2026-10-14
💻 المعلوماتية الحيوية

VirtualSkin integrates skin-cell identity with intervention-response prediction

يُعد VirtualSkin نموذجاً لغوياً خلوياً يدمج بنجاح بين هوية خلايا الجلد والتنبؤ بالاستجابة للتدخل، مما أظهر دقة محسنة في توصيف حالات التهاب الجلد والتنبؤ بالاستجابات الخلوية عبر مختلف الأمراض، والمواقع التشريحية، والاضطرابات.

Velland, M., Norwick, E., Ardene, S., Marwick, T., Corven, L., Solmere, A., Calder, N., Quillon, R., Renn, I., Elian, M.2026-10-13
💻 المعلوماتية الحيوية

Deep-learning-driven tumor microenvironment profiling improves immunotherapy response prediction

تقدم هذه الدراسة EcoNet، وهو إطار عمل للتعلم العميق يعمل على نمذجة النظم البيئية للبيئة الدقيقة للورم والشبكات الإشارية المنظمة، ليتفوق بشكل كبير على الأساليب الحالية في التنبؤ بالاستجابة للعلاج المناعي، كما تم التحقق من ذلك من خلال قدرته على تحديد البرامج الجينية ذات الصلة بيولوجياً وتصنيف النتائج السريرية في سرطان الخلايا الكلوية الصافية.

Wang, R. H., Benard, B. A., Ilerten, I., Zdravkovic, S., Al-Humadi, R., Nasr, S., Howitt, B., Gentles, A. J.2026-10-13