bioinformatics ورقة بحثية

Antigen-aware TCR embeddings reveal conserved immune patterns for personalized immune monitoring

تقدم الورقة البحثية TCRmeta، وهو إطار عمل مدرك للمستضدات يعمل على إنشاء مساحة تحليلية مشتركة لمجموعات مستقبلات الخلايا التائية للتغلب على التباين الفردي والتقني، مما يتيح تحديد الأنماط المناعية المحفوظة وتطوير مقاييس قوية مثل "إزاحة الطاقة" (Energy Shift) للمراقبة المناعية الكمية عبر الأفراد وعبر الفترات الزمنية الطويلة.

Pan, M., Hu, J., Wang, Y. T., Tan, Y., Hu, H., Yang, Z., Fleming, J., Pang, Y., Li, B.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

Scale-resolved correlation functions unify spatial omics across platforms and resolutions

تقدم الورقة البحثية SCOTE، وهو إطار عمل حوسبي قابل للتوسع يوحد تحليل الأوميكس المكانية عبر منصات ودقات وضوح متنوعة من خلال قياس الارتباطات المكانية عند جميع المقاييس الطولية، مما يميز الإشارات البيولوجية عن العيوب الناتجة عن المنصات ويسمح بمعالجة فعالة وعالية الإنتاجية لمجموعات البيانات الضخمة.

Ilin, M., Singh, Y., Mages, S. W.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

Capturing domain-level detail of molecular interactions in the IMEx Consortium binding domain data set

تقدم هذه الورقة مجموعة بيانات نطاقات الارتباط IMEx، وهي مجموعة ضخمة من مناطق التفاعل البروتيني المستمدة تجريبياً والمصنفة يدوياً والمُسقطة على تسلسلات UniProtKB، والتي تعمل كمعيار ذهبي لتقييم طرق التنبؤ بالواجهات وتوضيح الأساس الميكانيكي للطفرات المرتبطة بالأمراض.

Pinto, A., Lo Surdo, P., Medina Reyes, J. J., Bergogne, L., Padilla Franzotti, C., Iannuccelli, M., Panni, S., Panneerse (…)2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

HighFold-Lasso: Topology-Guided Prediction of Lasso Peptide Structures Using AlphaFold3

يُعد HighFold-Lasso إطاراً حوسبياً مبتكراً يدمج بين الاتصال التساهمي المخصص والتهيئة التكيفية الموجهة بالركيزة لتحقيق نجاح بنسبة 100% في التنبؤ بالبنى المتشابكة ميكانيكياً المعقدة لجميع فئات ببتيدات اللاسو الأربعة، متفوقاً بشكل كبير على النماذج العامة في الدقة والموثوقية.

Sen, C., Zhang, C., Yang, H., Ge, Y., Hou, H., Zhu, N., Li, C., Mo, J., Wu, Y., Guo, J., GUO, J., Duan, H.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

BGC Atlas v2: biosynthetic gene clusters with taxonomic and environmental context at scale

تقدم هذه الورقة BGC Atlas v2، وهو مورد موسع بشكل هائل يحتوي على أكثر من 16 مليون عنقود جيني حيوي متوقع مع بيانات وصفية تصنيفية وبيئية وجغرافية متكاملة لتسهيل اكتشاف المنتجات الطبيعية على نطاق واسع ودراسة التنوع الحيوي الحيوي بدائيات النوى.

Bagci, C., Talamas-Tanner, A., Ziemert, N.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

Biopsy-aware phylogenetic reconstruction from longitudinal single-cell copy number profiles

تقدم هذه الورقة إطار عمل "خريطة شجرة السرطان" (CTBF)، وهو منهج لإعادة بناء الأنساب السرطانية من ملفات تعريف عدد النسخ للخلية الواحدة الطولية، والذي يأخذ في الاعتبار صراحةً ترتيب أخذ العينات الزمني ويميز بين الملفات التعريفية المرصودة وحالاتها السلفية، مما يثبت دقة فائقة وإمكانية تنفيذ على نطاق الجينوم مقارنة بالأساليب الحالية المعتمدة على التجميع أو الطوبولوجيا فقط.

Paszek, J., Mykowiecka, A., Gogolewski, K.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

Efficient and precise discovery of LTR-retrotransposon families using HiRepEat

تقدم هذه الورقة HiRepEat، وهو إطار عمل حوسبي سريع وفعال من حيث استهلاك الذاكرة يجمع بين ضاغط التكرار TACO ونظام رسم الإحداثيات SALSA مع خوارزمية محاذاة الموجة الأمامية المعدلة لتحديد وتجميع وتحليل عائلات العناصر الارتدادية من نوع LTR بدقة عبر مختلف جينومات الفقاريات وذبابة الفاكهة (Drosophila).

Maheshwari, A., Myers, E., Sierra, P., Vertebrate Genomes Project Consortium Phase I,, Lawniczak, M., Durbin, R.2026-10-16

💻 المعلوماتية الحيوية

Pre-binning correction of chimeric contigs reduces reference-discordant gene annotations in near-complete metagenome-assembled genomes

تقدم هذه الدراسة DeepMM، وهي أداة تعتمد على التعلم العميق تكتشف وتصحح القطع المتصلة (contigs) الهجينة بين الأنواع في الجينومات المجمعة من الميتاجينوم قبل عملية التجميع (binning)، مما يقلل بشكل كبير من التوصيفات الجينية والجينات المسببة للأمراض غير المتوافقة مع المراجع والتي غالباً ما تغفل عنها ضوابط الجودة القياسية القائمة على العلامات.

Ding, Y., Xiao, J., Zou, B., Yang, C., Wu, Z., Lyu, A., Zhang, L.2026-10-15

💻 المعلوماتية الحيوية

DIPLER: rapid k-mer-based locus identification

تقدم الورقة البحثية Dipler، وهو أسلوب سريع ومستقل عن المرجع يتكون من خطوتين يجمع بين تحديد الـ k-mer الخاص بالمجموعات وبين التجميع اللاحلي (de novo) المستهدف لتقنية PacBio، وذلك لحل وتجميع الأليلات المتباينة والمعقدة بنيوياً في الجينومات حقيقية النواة بنجاح عند مستويات تغطية تسلسل منخفضة.

Kivirüüt, K. R., Kaplinski, L., Salumets, A., Puurand, T.2026-10-15

💻 المعلوماتية الحيوية

A Benchmark of Unsupervised Circadian Phase Inference Methods for Bulk Transcriptomic Data

تقوم هذه الدراسة بالمقارنة المرجعية المنهجية لعشر طرق غير خاضعة للإشراف لاستنتاج الطور اليوماوي عبر 25 مجموعة بيانات، حيث حددت CHIRAL كأفضل أداء بأقل متوسط خطأ، مع إثبات أن دقة الطرق تتباين باختلاف خصائص مجموعة البيانات وأن أفضل الطرق تستعيد بفعالية أنماط الجينات الإيقاعية حتى عندما تكون أوقات جمع العينات غير معروفة.

Purohit, S., Grant, G. R., Brooks, T. G.2026-10-15