bioinformatics ورقة بحثية

Integrated Multi-Omics Analysis for the Identification of Disease-Associated Variations and Prognostic Biomarkers in Triple-Negative Breast Cancer

تدمج هذه الدراسة بيانات الأوميكس المتعددة لتطوير والتحقق من صحة توقيع إنذاري مبسط مكون من 15 جيناً ونموذج اسمي جينومي سريري يتنبأ بدقة بنتائج البقاء على قيد الحياة لدى مريضات سرطان الثدي ثلاثي السلبية.

MANNEKUNTA, N., NATRAJAN, E.2026-05-23

💻 bioinformatics

Asymmetric Contrastive Objectives for Efficient Phenotypic Screening

تقدم هذه الورقة أهداف تباين غير متماثلة، بما في ذلك متغير SPC مستوحى هندسياً يدمج البيانات الوصفية التجريبية كمتجهات فئات متعلمة، لاستخراج تمثيلات صورية للفحص المظهري بكفاءة تتفوق على الطرق السابقة عبر مجموعات بيانات ومقاييس متعددة مع البقاء فعالة بموارد بيانات وحوسبة محدودة.

Nightingale, L., Tuersley, J., Warchal, S., Cairoli, A., Howes, J., Shand, C., Powell, A., Green, D., Strange, A., Howel (…)2026-05-22

💻 bioinformatics

Rewriting protein alphabets with language models

تقدم هذه الورقة البحثية TEA، وهي أبجدية بروتينية جديدة مكونة من 20 حرفاً مشتقة من تضمينات النماذج اللغوية عبر التعلم التبايني، مما يتيح كشفاً سريعاً وحساساً للتماثل عن بُعد يضاهي الطرق القائمة على البنية مع الاستفادة من خوارق البحث عن التسلسل الموجودة.

Pantolini, L., Studer, G., Engist, L., Pudziuvelyte, I., Pommerening, F., Waterhouse, A. M., Bienert, S., Tauriello, G. (…)2026-05-22

💻 bioinformatics

Widespread use of invalid statistical tests in biomedical machine learning

تكشف هذه الورقة أن الاستخدام الواسع للاختبارات الإحصائية غير الصالحة التي تتجاهل اعتماد طيات التحقق المتقاطع في تعلم الآلة الطبي الحيوي يؤدي إلى تضخم معدلات الإيجابيات الكاذبة، مما يدفع المؤلفين إلى اقتراح اختبار SHARP كحل قوي وتقديم إرشادات إبلاغ جديدة لمقارنة النماذج بشكل صالح.

Zeng, T., Li, H., Zhang, S., Tan, Y. Q., Tian, F., Orban, C., An, L., Che, W., Cheng, J., Chong, J. S. X., Dehestani, N. (…)2026-05-22

💻 bioinformatics

Unique molecular identifiers don't need to be unique: a collision-aware estimator for RNA-seq quantification

تقترح هذه الورقة طريقة تقدير بطريقة العزوم (method-of-moments) تراعي التصادم، مما يتيح قياساً دقيقاً لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq) باستخدام وحدات معرفة فريدة (UMIs) أقصر وغير فريدة، وبالتالي تقليل تكاليف التسلسل والتركيب دون المساس بالرؤى البيولوجية.

Agyemang, D., Irizarry, R. A., Baharav, T. Z.2026-05-21

💻 bioinformatics

GlyComboCLI enables command line-based FAIR workflows for glycan composition assignment in mass spectrometry data

تعد GlyComboCLI أداة مرنة مفتوحة المصدر تعمل عبر واجهة سطر الأوامر، حيث تقوم بأتمتة تعيين تركيبات الغليكان لبيانات مطياف الكتلة، مما يتيح سير عمل معلوماتي حيوي متوافق مع مبادئ FAIR وقابل للتوسع، ويقلل بشكل كبير من التفسير اليدوي مع ضمان النتائج القابلة للتكرار.

Kelly, M. I., Thang, W. C. M., Pang, C. N. I., Gustafsson, O. J. R., Ashwood, C.2026-05-21

💻 bioinformatics

geneML: Gene annotation across diverse fungal species using deep learning

تقدم الورقة البحثية geneML، وهي أداة تعلم عميق مفتوحة المصدر وسريعة تعمل على تحسين دقة وحساسية والاكتمال البيولوجي للتنبؤ بالجينات والنسخ البديلة عبر جينومات فطرية متنوعة بشكل كبير مقارنة بالطرق الحالية مثل BRAKER3 وAUGUSTUS.

Vader, L., Harvey, C. J., Weber, T., Hon, L. S.2026-05-21

💻 bioinformatics

A unified framework for batch correction and missing data handling in large-scale and single-cell mass spectrometry proteomics

تقدم الورقة البحثية NMFBatch، وهو إطار إحصائي موحد يعمل في آن واحد على تصحيح تأثيرات الدفعات المنفصلة وانزياح الإشارة المستمر مع التعامل مباشرة مع القيم المفقودة في قياس الطيف الكتلي للبروتينات واسع النطاق وقياس البروتينات أحادي الخلية، مما يحافظ على البنية البيولوجية ويقلل من فقدان المعلومات مقارنة بالطرق الحالية.

Anwar, A. M., Bayoumi, S., Lahti, L., Coffey, E.2026-05-21

💻 bioinformatics

ParaDISM: Precise mapping of short reads to genes with highly homologous regions

إن ParaDISM هو مسار معالجة مفتوح المصدر يعزز دقة محاذاة القراءات القصيرة واستدعاء المتغيرات في المناطق الجينومية شديدة التماثل من خلال استخدام محاذات المتسلسلات المتعددة لتحديد المواضع التي تزيل اللبس وتكرير التسلسلات المرجعية بشكل تكراري، مما يقلل بشكل كبير من عيوب سوء المحاذاة والنداءات الخاطئة للمتغيرات مقارنة بالمحاذيات القياسية.

Tzimotoudis, D., Farrugia, R., Zammit, J., Masini, M. C., Balestrucci, A., Carbott, F. B., Wettinger, S. B., Alexiou, P. (…)2026-05-21

💻 bioinformatics

zFISHer: Automated 3D Registration, Detection, and Colocalization with Interactive Curation for Sequential Multiplexed FISH

إن zFISher هو تطبيق مفتوح المصدر يعتمد على napari، يقوم بأتمتة عمليات التسجيل ثلاثي الأبعاد، والكشف، وتحليل التوضع المشترك لبيانات التهجين الموضعي الفلوري (FISH) المتسلسلة والمتعددة، مع توفير أدوات تنقيح تفاعلية للتغلب على عقبات التحليل اليدوي التي تتطلب جهداً مكثفاً.

Staller, S. A., Valentine, V., Burden, S.2026-05-21

→ السابق التالي ←