951 ورقة بحثية
إن OmniCellAgent هو إطار عمل للذكاء الاصطناعي متعدد الوكلاء يقوم باستقلالية باسترجاع ودمج مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية المتنوعة مع المعرفة الطبية الحيوية المسبقة لتوليد فرضيات قائمة على الأدلة وتسريع الاكتشاف العلمي القائم على الأوميكس للباحثين غير المتخصصين في الحوسبة.
من خلال بناء أشجار تطورية من أكثر من 100,000 تسلسل لفيروس الإنفلونزا، تُقدّر هذه الدراسة معدلات الطفرات المحايدة النوعية للمواقع وآثار اللياقة عبر البروتين الفيروسي، كاشفةً عن تباين كبير بين أنواع الطفرات، وارتباطات قوية عابرة للفيروسات مع فيروس سارس-كوف-2 وفيروس نقص المناعة البشرية، وتوفير مورد شامل وتفاعلي لفهم كيفية تشكيل الطفرة والانتخاب لتطور الإنفلونزا في الطبيعة.
طوّر المؤلفون CharacTERT، وهو أداة للتعلم الآلي تدمج الميزات التسلسلية والهيكلية لتصنيف متغيرات hTERT من نوع missense بدقة والمرتبطة باضطرابات بيولوجيا التيلومير، متفوقةً بذلك على المتنبئات الحالية وموفرةً مشهداً طفرياً شاملاً عبر خادم ويب متاح مجاناً.
تقدم هذه الورقة البحثية منصة Shiny AMMOA، وهي منصة تفاعلية سهلة الاستخدام تعتمد على لغة R Shiny، تعمل على إضفاء الطابع الديمقراطي على التحليل المتكامل للبيانات متعددة الأوميات لشيخوخة الفئران من خلال تمكين الباحثين التجريبيين من استكشاف وتصور وتوليد الفرضيات من مجموعات بيانات موحدة للترانسكريبتوم والبروتيوم والميتابولوم دون الحاجة إلى مهارات حوسبة متقدمة.
يُعد ExplainBind إطار عمل مبتكرًا يعتمد على الذكاء الاصطناعي وغير مقيد بالبنية، حيث يتنبأ باحتمالية ارتباط البروتين باللجين، ويحدد بقايا الارتباط بدقة، ويفك شفرة أنماط التفاعل غير التساهمي لتقديم رؤى ميكانيكية لاكتشاف الأدوية، متفوقًا بذلك على النماذج الحالية التي تعمل كصندوق أسود عبر أهداف متنوعة، وناجحًا في تحديد كل من المثبطات والمنشطات ذات الآليات الوظيفية المتميزة.
تقدم هذه الدراسة أول تحليل جينومي وترانسكريبتومي متكامل لسلالات القمح القاسي التونسية، كاشفةً أن التكيف مع المناطق القاحلة مدفوع أساساً بإعادة صياغة الشبكة التنظيمية للجهد (trans-regulatory) بدلاً من بؤر الانتخاب، مع تحديد آليات جزيئية محددة وستة أهداف كروموسومية لبرامج التربية المستقبلية.
تُعد TransXplorer منصة ويب متاحة مجانًا ولا تتطلب تسجيل دخول، تعمل على تبسيط سير عمل تحليل تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) بالكامل — بدءًا من معالجة البيانات الخام والتصحيح الآلي للدفعات وصولاً إلى الإثراء الوظيفي، وتحليل الشبكات، والتكامل مع الاكتشافات السريرية والدوائية — في بيئة موحدة واحدة.
يُعد DistPCA أول إطار عمل بلغة ++C موزع وخارج الذاكرة (out-of-core) يستفيد من التوازي متعدد المستويات القائم على بروتوكول MPI للتغلب على اختناقات الذاكرة والإدخال/الإخراج، مما يتيح إجراء تحليل المكونات الرئيسية (PCA) عالي القابلية للتوسع والدقة لمجموعات البيانات الجينية ذات النطاق التراي (tera-scale) عبر الأنظمة أحادية ومتعددة العقد.
تقدم هذه الورقة Prostate-TriMod، وهو عبارة عن مجموعة بيانات نسيجية ثلاثية الأنماط ومبتكرة لسرطان البروستاتا تدمج المورفولوجيا متعددة المقاييس عالية الدقة، وخرائط الخلايا المناعية المكانية، والنتائج السريرية لتسهيل أبحاث الذكاء الاصطناً متعدد الأنماط والتحليل التنبؤي المتقدم.
تقيم هذه الدراسة بشكل منهجي 21,666 عينة من تسلسل الحمض النووي الريبوزي الحر في البلازما (cfRNA-Seq) عبر دراسات متعددة لتثبت أن العوامل التقنية، ولا سيما اختيار البروتوكول وتلوث الحمض النووي الجينومي، تهيمن بشكل ساحق على التباين النسخي فوق الأنماط الظاهرية البيولوجية، مما يضع أدلة إرشادية قائمة على الأدلة لتوحيد سير العمل وتحسين قابلية تكرار اكتشاف المؤشرات الحيوية.