💻 Category

bioinformatics

1121 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

Inverse FoldDir: Structure-conditioned Protein Sequence Design by Dirichlet Flow Matching

تقدم الورقة البحثية Inverse FoldDir، وهي طريقة طي عكسي قابلة للتحكم تعتمد على مطابقة تدفق ديريكليه (Dirichlet flow matching)، والتي تولد تسلسلات بروتينية متنوعة ومثبتة تجريبياً مع قيود محددة من قبل المستخدم عبر إجراء عملية إزالة ضجيج تكرارية على متشعب احتمالات الأحماض الأمينية، محققةً بذلك أداءً فائقاً في مقاييس استعادة البنية ونجاحاً في إعادة التصميم الوظيفي لجسيم نانوي مضاد لبروتين GFP.

TARTICI, A., Stojkovic, M., Tian, A., Jewett, M. C., Altman, R. B., Wittmann, B. J.2026-09-11✓ Author reviewed ⓘ
💻 المعلوماتية الحيوية

Perturbation-Aware Neural ODE (pNODE) Learns Microbiome Dynamics from Clinical Data and Predicts Gut-Borne Bloodstream Infections in Patients Receiving Cancer Treatment

تقدم هذه الدراسة إطار عمل المعادلات التفاضلية العادية العصبية المدركة للاضطراب (pNODE)، والذي يتفوق على النماذج التقليدية من خلال التنبؤ بدقة بديناميكيات الميكروبيوم المعوي والتنبؤ بعدوى مجرى الدم المنقولة من الأمعاء لدى مرضى السرطان الذين يخضعون لزراعة الخلايا الجذعية المكونة للدم من متبرع، وذلك عبر دمج الوفرة الميكروبية والاضطرابات الحيوية للمضادات الحيوية المحددة زمنياً.

Stamper, I. C., Aeria, B., Xavier, J.2026-09-10
💻 المعلوماتية الحيوية

Systematic benchmarking of small variant calling pipelines for long-read RNA sequencing data

تقوم هذه الدراسة بقياس أداء خطوط معالجة تحديد المتغيرات الصغيرة وتحديد الأنماط الفردية (haplotype phasing) بشكل منهجي لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) طويل القراءة عبر مجموعات بيانات وتقنيات متنوعة، كاشفةً أن جودة التسلسل هي المحدد الرئيسي للأداء مع تحديد Clair3-RNA وDeepVariant وlongcallR كأفضل أدوات تحديد المتغيرات، وWhatsHap أو HapCUT2 كأدوات مثالية لتحديد الأنماط الفردية اعتماداً على السياق المحدد.

Wang, J., Robinson, M. D.2026-09-10
💻 المعلوماتية الحيوية

Classical baselines outperform released deep-learning ITS classifiers, which collapse on ITS2 where predictions follow the flanking regions

تُظهر هذه الدراسة أنه بينما تحقق المصنفات القائمة على التعلم العميق لتسلسلات ITS الفطرية دقة عالية على المراجع كاملة الطول، فإنها تفشل بشكل ذريع في منطقة ITS2 الفرعية الشائعة الاستخدام من خلال الاعتماد على المناطق المتاخمة بدلاً من الباركود نفسه، مما يتسبب في تفوق الطرق المرجعية الكلاسيكية عليها بشكل كبير في سيناريوهات الميتاباركودينج البيئية الواقعية.

O'Brien, A., Gardette, A., Marin, C., Parada, P.2026-09-10
💻 المعلوماتية الحيوية

Reference-guided pseudotime inference across species and biological contexts

يقدم البحث Cavebear، وهو إطار عمل للتعلم الآلي يستفيد من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNA-seq) ذات السلاسل الزمنية المرجعية من نوع أو حالة معينة لاستنتاج الزمن الزائف بدقة ورسم خرائط للشيخوخة البيولوجية أو تطور المرض في سياقات الاستعلام التي تفتقر إلى تسميات زمنية موثوقة.

Rittenhouse, N., Dannenfelser, R., Filippova, G. N., Yao, V., Deng, X., Disteche, C. M., Zhang, R.2026-09-10
💻 المعلوماتية الحيوية

Scaling Quantum Optimisation Beyond Hardware Limits for Real-World Scientific Workloads: Genome Assembly on Current Quantum Hardware

تُثبت هذه الدراسة البحثية أن إطار تحسين التفكيك الذاتي للهاميلتوني (HADOF) يمكنه التغلب على قيود أجهزة الحوسبة الكمومية ذات الحجم المتوسط والمشوبة بالضجيج (NISQ) الحالية لتجميع جينوم بكتيريا الزائفة الزنجارية (*Pseudomonas aeruginosa*) المكون من 7.1 مليون زوج قاعدي بنجاح على أجهزة كمومية حقيقية، محققاً نسبة 99.348% من الجينوم، مما يثبت جدوى التحسين الكمومي القابل للتوسع لأعباء العمل العلمية واسعة النطاق.

G Sankar, N., Miliotis, G., Caton, S.2026-09-09
💻 المعلوماتية الحيوية

Predicted and experimental protein-ligand coordinates with distance labels and evaluation splits

تقدم هذه الورقة PLI-Parallax، وهو عبارة عن مجموعة بيانات شاملة تدمج بين هياكل البروتين واللجين المتوقعة والتجريبية مع تسميات دقة مُعايرة وتقسيمات تقييم صارمة، مما يتيح تقدير موثوقية التنبؤ من خلال توافق الطرق حتى في غياب الحقيقة التجريبية الأرضية.

Klamt, T.2026-09-09
💻 المعلوماتية الحيوية

Atlas-scale single-cell analysis beyond in-memory paradigm with scAtlasPy

تُعد scAtlasPy إطار عمل حوسبي مبتكر يعتمد على التخزين في الأقراص، يتغلب على قيود الذاكرة في محطات العمل القياسية، مما يتيح إجراء تحليل كامل الدقة لأطالس الخلايا المفردة الضخمة (على سبيل المثال، 100 مليون خلية) باستخدام ذاكرة أقل بكثير وسرعات معالجة أعلى مقارنة بالمنصات الحالية المتطورة.

Xu, H., Ye, Y., Zhang, S., Xie, R., Li, J., Lin, J., Hu, Y., Gao, L.2026-09-08
💻 المعلوماتية الحيوية

A shared functional organisation underlies vascular disease remodelling

تحدد هذه الدراسة "تنظيماً وظيفياً" أعلى رتبة وقابلاً للتكرار في أمراض الأوعية الدموية، يتجاوز الاختلافات الفردية في الجينات أو المسارات، مما يكشف أن إعادة التشكيل القلبي الوعائي عبر مختلف الحالات وأنواع الخلايا مدفوع بإعادة توازن منسقة وديناميكية لست وظائف بيولوجية محفوظة.

Bradford, A., Bidula, S., Fabian, L., Warren, D.2026-09-08
💻 المعلوماتية الحيوية

AnnoAudit: a marker-based protocol for auditing single-cell atlas annotations reveals systematic, state-dependent annotation failure in a widely used traumatic brain injury resource

تقدم هذه الورقة البحثية AnnoAudit، وهو بروتوكول قائم على العلامات يكشف عن أخطاء التوسيم المنهجية في أطلس الخلايا أحادية الخلية واسع الاستخدام، مثل مورد CEREBRI لإصابات الدماغ الرضحية، حيث تبين أن غالبية الخلايا المصنفة كخلايا عصبية جلوتاميتية هي في الواقع خلايا غير عصبية، مما يؤدي إلى عيوب بيولوجية كبيرة يتم تصحيحها عند إعادة التوسيم.

Zhang L, Yan Q, Rao H, Li M, Qian X, Zhang Y, Gao R2026-09-08✓ Author reviewed ⓘ