bioinformatics ورقة بحثية

CatIF-RL: Activity-Oriented Enzyme Sequence Design by Steered Inverse Protein Folding

يُعد CatIF-RL إطار عمل مبتكر يعزز النشاط التحفيزي للإنزيمات من خلال توجيه نموذج طي عكسي قائم على الانتشار لإزالة الضجيج عبر الرسوم البيانية نحو قيم kcat متوقعة أعلى، وذلك عبر إشارات تفضيل موجهة نحو النشاط وتحسين السياسة النسبي للمجموعات، مع الحفاظ على الدقة الهيكلية والتوافق التسلسلي.

Li, Y., Xiong, J., Zhang, Y., Cai, T., Fu, C., Li, S., Xu, W., Lyu, R., Chen, Z., Guo, Z., Gong, X., Wang, F.2026-05-18

💻 bioinformatics

BiomniBench: Process-level Evaluation of LLM Agents for Real-world Biomedical Research

تقدم الورقة البحثية BiomniBench، وهو إطار تقييم جديد على مستوى العمليات يقيم وكلاء النماذج اللغوية الكبيرة (LLMs) في مهام بحثية طبية حيوية من واقع العالم الحقيقي باستخدام معايير صممها خبراء للتغلب على قيود الاختبارات المرجعية التي تقتصر على النتائج فقط والكشف عن الإخفاقات الحرجة في الاستنتاج واختيار المنهجية.

Qu, Y., Lu, Y., Tu, X., Zhang, S., She, T., Shaw, A. G., Shih, J.-H., Zhao, B., Shen, M., Yang, H., Yan, J., Zhang, R. (…)2026-05-18

💻 bioinformatics

Evaluating open LLMs for agentic analysis orchestration in a typical biomedical lab

تثبت هذه الورقة أن نموذج لغوي كبير مفتوح الأوزان، يمكن تشغيله محلياً وبتكلفة منخفضة (وتحديداً qwen3.6:27b)، يمكنه تحقيق دقة بمستوى النماذج الرائدة في تنسيق مهام تحليل البيانات الطبية الحيوية الروتينية، مما يوفر بديلاً قابلاً للتوسع للنماذج المملوكة باهظة الثمن.

Nekrutenko, A.2026-05-18

💻 bioinformatics

Elab2ARC: A Browser-Based Workspace for Converting Free-Text Protocols into rich FAIR digital objects

تُعد elab2ARC مساحة عمل قائمة على المتصفح وتعمل من جهة العميل، تقوم بأتمتة عملية تحويل سجلات دفتر المختبر الإلكتروني eLabFTW ذات النصوص الحرة إلى سياقات بحثية مشروحة (ARCs) متوافقة مع معايير FAIR وخاضعة للتحكم في الإصدارات، وذلك لضمان المشاركة والأرشفة السلسة دون تعطيل سير العمل اليومي للمختبر.

Zander, S., Zhou, X.-R., Kranz, A., Dumschott, K., Rocca-Serra, P., Weil, H. L., Tschoepke, M., Muehlhaus, T., Von Sucho (…)2026-05-18

💻 bioinformatics

Metabarcode and transcriptome datasets of Pinus sylvestris to assess fungal phyllosphere and disease dynamics.

تقدم هذه الورقة مجموعة بيانات شاملة من ملفات التنميط الجيني لـ ITS2 وتتابعات RNA-seq من 200 و48 من أنماط جينية لشجر الصنوبر البري (*Pinus sylvestris*)، على التوالي، للتحقيق في كيفية تأثير النمط الجيني للمضيف على المجتمعات الفطرية الورقية والقابلية للإصابة بالأمراض في سياق لفحة إبر الصنوبر الناتجة عن فطر دوتيستروما (Dothistroma).

Moore, B., Perry, A., Kaur, S., Crampton, B., Gurung, A., Beaton, J., Smith, V. A., Morris, J., Hedley, P. E., Nemeth, K (…)2026-05-18

💻 bioinformatics

The Paipu framework enables creation of a large-scale mammalian cancer transcriptomics atlas

يتغلب إطار عمل "بايبو" (Paipu) على الحواجز الجينومية وحواجز التوصيف لتمكين إنشاء أطلس متناغم واسع النطاق للنسخ المتماثلة للسرطان عبر الثدييات، وذلك من خلال تبسيط عمليات استرداد ومعالجة بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) من قاعدة بيانات (NCBI SRA) عبر أنواع مختلفة.

Smith, B. S., Smith, L. A., Lee, J.-H., Cahill, J. A., Graim, K.2026-05-18

💻 bioinformatics

Mantis-Delta: Mass-Action Network Theory and Steady-State Characterization for Chemical Reaction Networks

تقدم الورقة البحثية mantis-delta، وهي مكتبة بايثون مفتوحة المصدر تدمج التحليل الهيكلي لنظرية شبكة التفاعلات الكيميائية (CRNT) مع التوليد الرمزي للمعادلات التفاضلية العادية والمحللات العددية الهجينة لتوصيف حالات الاستقرار، والاستقرار، والتفرعات في أنظمة قانون الفعل الكتلي بدقة دون الاعتماد فقط على المحاكاة.

Venegas Hernandez, E. A.2026-05-18

💻 bioinformatics

Combining amino acid frequency and 1D convolutional neural network embeddings for the identification of protein-protein interactions using a random forest classifier

تقترح هذه الدراسة إطار عمل ثنائي المراحل يجمع بين سمات تكرار الأحماض الأمينية والتمثيلات الكامنة التي تعلمها مشفر تلقائي لشبكة عصبية تلافيفية أحادية الأبعاد، مما يثبت أن مصنف الغابة العشوائية المدرب على مجموعة السمات الهجينة هذه يحسن بشكل كبير من دقة التنبؤ بالتفاعلات بين البروتينات مقارنة باستخدام سمات التكرار وحدها.

Sindhi, N. A., Pawar, N., Dixson, J., Garcia, D.2026-05-18

💻 bioinformatics

Genome-wide computational prediction of miRNAs encoded by influenza A virus (H3N2) predicts target genes involved in pulmonary and antiviral innate immunity

تستخدم هذه الدراسة مساراً حوسبياً على مستوى الجينوم للتنبؤ بالحمض النووي الريبوزي الميكروي (miRNAs) المشفرة من قبل فيروس الإنفلونزا أ (H3N2) وجيناتها المستهدفة، مما يكشف عن شبكة من الجينات المضيفة المشاركة في المناعة الرئوية والمناعة الفطرية المضادة للفيروسات التي قد توضح الإمراض الفيروسي وتقترح أهدافاً علاجية.

Siddiqi, M. A., Kumar, H., Mazumder, M.2026-05-18

💻 bioinformatics

KaryoScope: rapid, alignment-free sequence annotation for the pangenome era

تُعد KaryoScope أداة سريعة لا تعتمد على المحاذاة، تتيح التوصيف الدقيق للميزات الجينومية المتنوعة بدقة مستوى القاعدة عبر مجموعات التجميع البانجينومية الكاملة في غضون دقائق، مما يساهم بفعالية في توصيف المناطق المتغيرة التي كان يتعذر الوصول إليها سابقاً مثل السنتروميرات والسبتيلوميرات لدعم التحليل المقارن والسريري.

Ranallo-Benavidez, T. R., Chen, Y.-A., Potapova, T. A., Alanko, J. N., Loucks, H., Lucas, J., Human Pangenome Reference (…)2026-05-17

→ السابق التالي ←