1121 ورقة بحثية
تُعد bioq واجهة سطر أوامر مفتوحة المصدر وخفيفة الوزن توحد الوصول إلى أسطول يضم أكثر من 38 أداة حاوية لاكتشاف الأدوية بالذكاء الاصطناعي عبر بوابة خادمة (serverless gateway)، مما يمكّن الباحثين والوكلاء الآليين من تنفيذ سير عمل معقد من خلال جهاز كمبيوتر محمول دون الحاجة لإدارة أجهزة محلية أو تبعات برمجية متضاربة.
تقدم هذه الورقة "تيترا" (Titra)، وهو سير عمل للتعلم العميق متكامل من البداية إلى النهاية يعمل على أتمتة عملية معايرة الفيروس بأكملها — بدءًا من اكتشاف الآبار وتجزئة اللويحات وصولاً إلى تقدير عدد الوحدات المكونة للبلاك لكل مل (PFU/mL) — مُظهراً توافقاً قوياً مع التوصيفات اليدوية عبر أنواع فيروسية وتنسيقات أطباق متنوعة.
تُحلل هذه الورقة نموذج الطي المشترك Boltz-1 لتكشف أن المعلومات الهيكلية منظمة عبر ثلاثة مسارات متميزة — تمثيلات أحادية، وداخل السلسلة، وبين السلاسل — تتبع مسار (خلط-ضغط-تنقيح)، حيث يتم تهيئة الهندسة داخل السلسلة بشكل كبير مسبقاً بينما يتم بناء وتوفيق الترتيبات بين السلاسل تدريجياً بواسطة وحدة الانتشار.
تستخدم هذه الدراسة تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-Seq) للكتلة من أنسجة الجدرة (الكيولويد) وأنسجة الجلد الطبيعية المطابقة لإثبات أن مراعاة التباين في أنواع الخلايا يكشف عن اختلافات متميزة في إثراء الخلايا الليفية والخلايا المناعية، وتفاعلاتهما المحددة، وبصمات التعبير الجيني الرئيسية الكامنة وراء مرض الجدرة.
تعد labapi مكتبة بلغة بايثون تعمل كجسر يربط بين سير العمل الحسابي ودفتر المختبر الإلكتروني LabArchives من خلال ترجمة واجهة برمجة التطبيقات المسطحة الخاصة به إلى نموذج كائني بديهي، مما يؤدي بالتالي إلى أتمتة القراءة والكتابة السلسة للبيانات التجريبية للقضاء على عمليات الرفع اليدوي.
تُعد PharmCast شبكة عصبية أمامية (feedforward) تتنبأ بسرعة ودقة ببصمات الفارماكوفور ثلاثية الأبعاد مباشرة من سلاسل SMILES ثنائية الأبعاد دون الحاجة لتوليد المتشكلات (conformers)، مما يتيح فحصاً افتراضياً فعالاً وقفزاً في الهياكل الأساسية (scaffold hopping) بجزء ضئيل من التكلفة الحسابية للطرق التقليدية.
تحدد هذه الورقة مشكلة التحيز التنبؤي المنهجي في الساعات البيولوجية القائمة على التعلم الآلي، والتي يمكن أن تشوه تحليلات الارتباط اللاحقة، وتعالجها من خلال اقتراح إطار تحسين مقيد لضمان دقة تقدير العمر البيولوجي والاستدلال، وذلك عبر معالجة هذه القضية الحرجة.
يُعدّ RevPert نموذجاً عكسياً للاضطراب أصيلاً في المعرض، يعطي الأولوية للمحركات الجينية المرشحة لتحولات الحالة النسخية من خلال الجمع بين ارتباط بيرسون الموقّع وبواقي مُتعلم، مما يُظهر أداءً فائقاً في استعادة التدخلات المحجوبة وتحديد الركائز ذات الصلة بالمرض مقارنة بالنماذج المرجعية القائمة.
تُثبت هذه الورقة أن مسار معالجة بسيط يعتمد على التسلسل فقط، يجمع بين 330 واصفاً قابلاً للتفسير ونموذج التأسيس TabPFN، يتفوق على النهج العميقة المعقدة المشروطة بالبنية في تحديد خصائص الببتيدات المضادة للميكروبات متعددة التصنيفات على معيار ESCAPE، محققاً أعلى دقة (state-of-the-art) دون الحاجة إلى تدريب قائم على التدرج أو بيانات هيكلية.
تُظهر هذه الدراسة أن عدم استقرار التغاير هو سمة سائدة وذات أهمية بيولوجية في علم النسخ المكاني، مما ينتهك افتراضات العمليات الغاوسية الشائعة، وبالتالي يستلزم إعادة تقييم كيفية توصيف وتصنيف الجينات المتغيرة مكانيًا.