1121 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية "Kompot"، وهو إطار إحصائي خالٍ من التجميع يتيح إجراء تحليل مقارن بدقة الخلية الواحدة للبيانات متعددة الظروف عبر نمذجة كثافة الخلايا والتعبير الجيني كدوال مستمرة للكشف عن كل من الوفرة التفاضلية والتغيرات النسخية الموضعية وغير المتجانسة دون الاعتماد على أنواع خلوية محددة مسبقاً.
تستخدم هذه الدراسة نهجًا للمعلوماتية الحيوية متعدد الطبقات لتوصيف البصمة النسخية القوية والخاصة بالجنس في العضلات الهيكلية البشرية استجابةً للارتجاف المتكرر، مما يكشف كيف تتضاءل هذه التكيفات الجزيئية مع التأقلم مع البرد ويقدم رؤى ميكانيكية جديدة لتحسين الصحة الأيضية.
تدمج هذه الدراسة بين التحليلات الفيزيائية الحيوية التجريبية والمحاكاة الحاسوبية لتوصيف الديناميكيات الهيكلية واللدونة التشكلية المعتمدة على الأس الهيدروجيني لبروتياز NS2B-NS3 الخاص بفيروس حمى الضنك، مما يوفر رؤى نقدية للتصميم العقلاني لمثبطات مضادة للفيروسات محددة بالأس الهيدروجيني.
يُعد CoTRA إطار عمل مفتوح المصدر وقائم على R/Shiny، وهو إطار عمل معياري يوحد سير العمل الشفاف والقابل للتكرار لكل من تحليل تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) للكتلة والخلية الواحدة، مما يوفر وظائف واسعة النطاق، وتوافقاً عبر المنصات، وأداءً مُثبتاً يضاهي أو يتجاوز الأدوات الحالية.
تقدم الورقة البحثية spatialMET، وهو إطار عمل مفتوح المصدر وقابل للتوسع يوفر سير عمل متكامل لتحليل الأيض المكاني — بما في ذلك المعالجة المسبقة، وكشف النطاق، والاختبار الإحصائي — مع التغلب على قيود الأدوات الحالية من خلال قدرات الحوسبة عالية الأداء ونشر Docker القابل لإعادة الإنتاج.
تقدم هذه الورقة معياراً مرجعيًا طبقيًا يضم 1,047 حالة من الأمراض النادرة، صُمم لقياس وتخفيف التكرار الدوري في تقييمات تحديد أولويات الجينات عبر رصد تداخلات التوصيف مع الأدبيات المصدرية، إلى جانب وصفة محددة الإصدار لبناء فهرس استرجاع هجين عبر 2.25 مليون مقال من مقالات PMC ذات الوصول المفتوح.
تقدم هذه الورقة البحثية خوارزمية أخذ عينات شبكة برافيه (BLS)، وهي خوارزمية ذات مرحلتين موجهة هندسياً تكتشف بكفاءة المناطق المتصلة عالية الكثافة في الفضاءات ثلاثية الأبعاد المتقطعة عبر استبدال عمليات المسح النقطي الشاملة بسبر شبكي متفرق وتوسع مستهدف، محققةً نسبة استدعاء تصل إلى 100% مع تكاليف حوسبة مماثلة أو أقل من الطرق الحالية.
تقدم هذه الورقة MiraProt، وهو منصة R Shiny نمطية ومدركة للبيانات الوصفية (metadata) للتحليل التفاعلي لبروتينات ما بعد الترجمة، وتستعرض فائدتها من خلال إعادة تحليل بروتومات خلايا مولر من الخيول المصابة بالتهاب العنبية المتكرر لدى الخيول للكشف عن بصمة بروتينية مستجيبة للإنترفيرون، ومرتبطة بدورة الخلية، ومرتبطة ببروتين معقد التوافق النسيجي الكبير من النوع الثاني (MHC class II).
طوّر المؤلفون Mural-VISTA، وهو سير عمل بلغة بايثون شبه مؤتمت للتحليل ثلاثي الأبعاد للتفاعلات بين الخلايا الجدارية والأوعية والمقاييس الطبوغرافية المورفولوجية متعددة المقاييس، والذي كشف عن تغيرات هيكلية خاصة بكل نوع من الخلايا في الخلايا الحولية (pericytes) وخلايا العضلات الملساء الوعائية مدفوعة بنشاط RhoA المتغير.
يُعد EXTRERNAS إطار عمل بلغة جافا (Java) يعتمد على تقنية دوكر (Docker) وقابلاً لإعادة الإنتاج، حيث يعمل على أتمتة استخراج التوصيفات الهيكلية للحمض النووي الريبي (RNA) باستخدام أدوات متعددة، ويعمل على توحيد مخرجاتها غير المتجانسة في صيغتي BPSEQ وBPSEQE الجديدتين لتسهيل المقارنة المتسقة بين التفاعلات القانونية وغير القانونية.