1121 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية arteMIS، وهو إطار عمل منهجي يعمل على تحسين معايير الشبكات الجزيئية من خلال التقييم متعدد المقاييس واستخدام أخذ عينات مكعب لاتيني (Latin Hypercube Sampling) للتغلب على قيود الإعدادات الافتراضية، مما يؤدي إلى إنتاج شبكات أكثر قوة وذات دلالة كيميائية واستقرار عبر مجموعات البيانات وطرق التسجيل المتنوعة.
تقدم هذه الورقة إضافة جديدة لبرنامج PyMOL تدمج منهجيات طوبولوجيا الدوائر المتنوعة مع واجهة سهلة الاستخدام وبيئة قابلة للتكرار لتحليل طوبولوجيا البروتينات المهيكلة وغير المهيكلة على حد سواء.
تقدم هذه الورقة SPIRAL، وهو إطار عمل للمشفّر التلقائي المتناثر الذي ينجح في فك تشفير الحالات الخفية لنموذج لغة RNA المسمى BiRNA-BERT إلى سمات قابلة للتفسير ومحاذية للنيوكليوتيدات تمثل البنية الثانوية وأنواع عائلات الـ RNA، مما يعزز أداء التنبؤ في المهام اللاحقة رغم تحديات ترميز زوج البايت (byte-pair tokenization).
تقدم هذه الورقة scDblFinderPy، وهي تنفيذ بلغة بايثون لأداة كشف التضاعف scDblFinder القائمة على لغة R، والتي تكرر أداءها العالي مع إضافة دعم اختياري لوحدة معالجة الرسومات لتسريع المعالجة لبيانات تسلسل الخلية الواحدة واسعة النطاق.
تُعد SPARKLE طريقة حوسبية سريعة وخالية من المراجع تعمل على تصحيح التسرب الموضعي للرنا (RNA) في النسخ الوراثي المكاني عالي الدقة عبر الاستفادة من الأدلة داخل العينة خارج نطاق القناع لتقدير وإزالة الإشارات المنتبذة، مما يؤدي إلى تحسين تحديد المواقع لأنواع الخلايا وموثوقية التحليلات اللاحقة.
تقدم هذه الدراسة نموذجاً تجميعياً مبتكراً لشبكة تلافيفية رسومية علاقية (RGCN) تعتمد على الدمج المتأخر، تدمج بيانات الحمض النووي الريبوزي المتنافس (ceRNA) وتغير عدد النسخ (CNV) لتحديد خمسة مؤشرات حيوية للتنبؤ بالإنذار، بما في ذلك hsa-miR-196a وhsa-miR-224، لتحسين التنبؤ بالبقاء على قيد الحياة والاستهداف العلاجي في الورم الأرومي الدبقي.
يُعد GlycoMeSH مورداً شاملاً يسد الفجوة بين هياكل الغليكان والسياق الطبي الحيوي من خلال ربطها بـ "رؤوس الموضوعات الطبية" (MeSH) عبر نموذج استنتاجي وقاعدة بيانات قابلة للتتبع، مما يتيح إجراء تحليل إثراء منهجي عبر مجموعات بيانات علوم السكريات.
تُعد PandaDock منصة مفتوحة المصدر للرسو الجزيئي تدمج البحث عن التشكيلات المرنة للرابط مع التدرجات التحليلية، ووحدات متخصصة لسيناريوهات الارتباط المعقدة، ودالة تسجيل نقاط تعتمد على شبكة عصبية متكافئة مع مجموعة SE(3) قابلة للتوسع، وذلك لتحقيق أداء تنافسي في استعادة الوضعية وتوقع الألفة عبر مختلف أهداف البروتين والروابط.
تقدم الورقة البحثية Mantpy، وهو إطار عمل للبروتينات المكانية يمثل المصفوفة خارج الخلوية وواجهتها مع الخلايا كرسوم بيانية مكانية لتمكين التحليل المشترك، والتصور، والتعلم الآلي بما يتجاوز النهج التقليدي المرتكز على الخلايا.
يُعد PerturbLDM إطار عمل انتشار كامن شرطي تم تدريبه مسبقاً على مجموعة بيانات Tahoe-100M، وهو يتفوق على الأساليب الحالية في التنبؤ الدقيق وتوليد الاستجابات النسخية للخلية الواحدة لمجموعات غير مرئية من العقاقير والجرعات والخطوط الخلوية عبر سياقات بيولوجية متنوعة.