951 ورقة بحثية
تقترح هذه الورقة إطار عمل غير خاضع للإشراف يستفيد من النماذج اللغوية الكبيرة والتعلم التبايني لتوصيف تسلسلات بروتين سبايك لفيروس سارس-كوف-2، مما يظهر أداءً محسناً في التجميع عند التنبؤ بالمتغيرات الناشئة مقارنة بالنهج السابقة.
تقدم الورقة البحثية cryoPANDA، وهي مجموعة بيانات ضخمة تضم أكثر من 37 مليون جسيم مجهري إلكتروني مبرد (cryo-EM) مُعلق من 252 تجربة متنوعة، والمصممة للتغلب على قيود البيانات الحالية وتسريع تطوير الأساليب القائمة على البيانات في البيولوجيا الهيكلية.
تقدم هذه الورقة إطار عمل للتصنيف من فئة واحدة في الفضاء الجزئي يعتمد كلياً على البيانات، والذي يعمل على نمذجة ملامح البروتينات في البلازما السليمة للكشف بقوة عن أمراض متنوعة دون الحاجة إلى عينات تدريبية مصابة، مما يتغلب على تحديات عدم توازن الفئات في البيانات السريرية عالية الأبعاد.
تقدم هذه الورقة دراسة حالة لـ CASP16 من قبل LCBio توضح أنه في حين يمكن لسير العمل الموجه من قبل الخبراء تحقيق تصنيفات تنافسية في تنبؤ متعدد الوحدات للحمض النووي الريبوزي (RNA multimer)، فإن الطرق الحالية تظهر تراجعاً هرمياً في الدقة حيث تفشل الميزات المحلية الموثوقة في التحول إلى بنيات عالمية دقيقة بسبب التحديات المستمرة في نمذجة الوصلات متعددة اللوالب والتفاعلات غير التقليدية.
تقدم هذه الورقة البحثية linearPOA، وهو إطار عمل متوازٍ وفعال من حيث استهلاك الذاكرة يستخدم استراتيجية "فرق تسد" لتحقيق تعقيد مساحة خطي لمحاذاة الترتيب الجزئي، مما يقلل بشكل كبير من استهلاك الذاكرة مقارنة بالخوارزميات التربيعية الحالية عند التعامل مع قراءات التسلسل فائقة الطول وعرضة للخطأ.
تقدم هذه الدراسة نموذج PanBART، وهو نموذج محول (transformer) خاص بالأنواع تم تدريبه على محتوى الجينات وترتيبها لبكتيريا الإشريكية القولونية (Escherichia coli) والمكورات الرئوية (Streptococcus pneumoniae)، مما يظهر قدرته الفائقة على التعلم غير الخاضع للإشراف للهياكل السكانية، وتحديد السلالات الناشئة، والتنبؤ باستيعاب جينات مقاومة المضادات الحيوية، وتحليل التآزر الجيني في مهام المراقبة الجينومية الحرجة.
تقدم هذه الورقة مسارًا لمشفر تلقائي تبايني شرطي يدمج الضبط الدقيق الموجه بالنماذج البديلة الموجهة بعلاقة البنية والنشاط الكمي (QSAR) وتحسين الإنتروبيا المتقاطعة للتغلب على تحديات ندرة البيانات والتبعية الدائرية، مما نجح في توليد ببتيدات مضادة للميكروبات مستهدفة ذات فعالية متوقعة عالية وخصائص هيكلية مواتية.
تستخدم هذه الدراسة نهجاً تكاملياً لعلم الصيدلة النظمي لتوصيف التباين الجزيئي لمتلازمة مضادات الفوسفوليبيد، وتحديد إشارات الإنترفيرون من النوع الأول وإعادة برمجة الخلايا البائية الشبيهة بالخلايا النخاعية كمحاور رئيسية قابلة للاستهداف الدوائي تتيح تصنيف المرضى وإعادة توظيف العلاجات الموجودة من أجل الطب الدقيق.
يقدم البحث BioChirp، وهو إطار عمل مفتوح المصدر يجمع بين تفسير الاستعلامات القائم على النماذج اللغوية الكبيرة والاسترجاع القائم على الرسوم البيانية الحتمية لاستعادة المزيد من الارتباطات الطبية الحيوية بدقة تكرار أعلى من الأنظمة التقليدية القائمة على النماذج اللغوية الكبيرة.
تقدم الورقة البحثية "مُعزز النماذج الأولية القابل للتفسير" (EP-Booster)، وهو أسلوب يدمج المعرفة البيولوجية المسبقة في النماذج التأسيسية لتنقيح التمثيلات الكامنة من أجل التنبؤ الدقيق والقابل للتفسير بالتعبير الجيني من الصور النسيجية، وبذلك يتغلب على قيود التكلفة والوقت المرتبطة بالترانسكريبتوميات المكانية.