bioinformatics ورقة بحثية

TB-Bench: A Systematic Benchmark of Machine Learning and Deep Learning Methods for Second-Line TB Drug Resistance Prediction

تقدم هذه الدراسة TB-Bench، وهو معيار تقييمي منهجي يختبر 20 نموذجاً من نماذج تعلم الآلة والتعلم العميق عبر 14 نوعاً من أدوية السل من الخط الثاني على مجموعة بيانات ضخمة من منظمة الصحة العالمية، كاشفةً أن طرق تعلم الآلة التقليدية غالباً ما تتفوق على التعلم العمي في الاختبارات الداخلية، بينما يعاني كلاهما في تعميم البيانات عبر المجموعات المختلفة مقارنة بالنهج القائم على الفهارس.

VP, B., Jaiswal, S., Meshram, A., PVS, D., S C, S., Narayanan, M.2026-04-13

💻 bioinformatics

IMAS enables target-aware integration of tumour multiomics to resolve communication-guided regulatory mechanisms

تقدم الورقة البحثية إطار عمل IMAS، وهو إطار تكاملي مدرك للأهداف يستفيد من موارد الخلايا المفردة لجميع أنواع السرطانات لتعزيز البيانات متعددة الأوميات للورم شحيحة البيانات، وإعادة بناء شبكات تنظيمية مهيكلة، وتحديد أولويات الآليات الموجهة بالتواصل من أجل الاكتشاف القابل للتفسير في الأنظمة السرطانية محدودة البيانات.

Deyang, W., Yamashiro, T., Inubushi, T.2026-04-13

💻 bioinformatics

Introducing the digital PCR data essentials standard to harmonize data structure for clinical and research use

لمعالجة تحديات التوافق التشغيلي الناتجة عن برمجيات تقنية الـ dPCR المملوكة لشركات معينة، تقدم هذه الورقة "المعيار الأساسي لبيانات الـ dPCR" (DDES)، وهو تنسيق ملف عابر للمنصات تم تطويره مجتمعياً لتنسيق هياكل البيانات وتمكين التطبيقات السريرية والبحثية القابلة لإعادة الإنتاج، والتعاون، والامتثال لمبادئ FAIR.

Trypsteen, W., Vynck, M., Untergrasser, A., Whale, A. S., Rodiger, S., Dobnik, D., Bogozalec Kosir, A., Milavec, M., Kub (…)2026-04-13

💻 bioinformatics

DyME: An MD-based engine exploiting HTP mutagenesis for protein engineering and recognition mimicry

تُعد DyME منصة موزعة تدمج الطفرات عالية الإنتاجية، ومحاكاة الديناميكيات الجزيئية المؤتمتة، وأدوات التحليل المقارن الشاملة للتحقيق بشكل منهجي وهندسة محاكاة التعرف على البروتين عبر آلاف الأنظمة الجزيئية.

Guillem-Gloria, P. M., Ruiz-Gomez, G., Pisabarro, M. T.2026-04-13

💻 bioinformatics

MIMIQ: Fast mutual information calculation and significance testing for single-cell RNA sequencing analysis

تقدم الورقة البحثية MIMIQ، وهي طريقة تجميع تكيفي تتيح حساب المعلومات المتبادلة واختبار الأهمية بسرعة ودقة لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية، وهو ما تم إثباته من خلال تطبيقها في دراسة إعادة تشكيل الشبكات الجينية في خلايا T الساذجة من نوع CD4+ أثناء العدوى بفيروس SARS-CoV-2.

O'Hanlon, D., Garcia Busto, S., Perez Carrasco, R.2026-04-13

💻 bioinformatics

Optimizing Protein Tokenization: Reduced Amino Acid Alphabets for Efficient and Accurate Protein Language Models

تُظهر هذه الدراسة أن الجمع بين أبجديات الأحماض الأمينية المختزلة وتجزئة ترميز "ترميز زوج البايت" (Byte Pair Encoding) يعزز بشكل كبير من الكفاءة الحسابية لنماذج لغة البروتين من خلال تقصير تسلسلات المدخلات وتسريع التدريب، مع الحفاظ على الأداء التنبؤي أو حتى تحسينه عبر المهام المتنوعة اللاحقة.

Rannon, E., Burstein, D.2026-04-12

💻 bioinformatics

Cyclome: Large-scale replica-exchange dynamics of 930 cyclic peptide reveal thermal stability and critical metal-binding behavior

تقدم هذه الدراسة "سايكلوم" (Cyclome)، وهو إطار حوسبي شامل يوحد مجموعة بيانات منسقة تضم 930 ببتيداً حلقياً مع خوارزميات جديدة مدركة للطوبولوجيا ونماذج تعلم آلي للتنبؤ بالاستقرار الحراري وتحديد قدرات الارتباط بالمعادن الحرجة، مما يساهم في تطوير تصميم العلاجات الببتيدية الحلقية المستقرة وأدوات استعادة المعادن.

Sajeevan, K. A., Gates, H., Raghunath, V. S., Tan, C. P. H., Danurdoro, R., Young, J., Chowdhury, R.2026-04-12

💻 bioinformatics

Pipette: Encoding scientific literature into an executable Skill Graph for multi-agent bioinformatics

تُعد Pipette إطار عمل للذكاء الاصطناعي متعدد الوكلاء يستفيد من "رسم بياني للمهارات" (Skill Graph) مستمد من الأدبيات العلمية لتوجيه التوليد القائم على اللغة الطبيعية لمسارات عمل في المعلوماتية الحيوية صالحة بيولوجياً، وقابلة للتكرار، ومتكاملة من البداية إلى النهاية، مما يقلل بفعالية من حاجز الخبرة الحسابية اللازمة لتحليل البيانات الجينومية.

Gupta, C., Sharma, A.2026-04-12

💻 bioinformatics

Interpretable Antibody-Antigen Structural Interface Prediction via Adaptive Graph Learning and Cyclic Transfer

تقدم الورقة البحثية VASCIF، وهو إطار عمل مدرك للبنية يستخدم انتباه الرسم البياني المقنع والتعلم الانتقالي التكيفي لتحقيق تنبؤ رائد، وقابل للتفسير، وفعال للواجهات الهيكلية للأجسام المضادة والمستضدات، وبالتالي التغلب على التحديات المتعلقة بندرة البيانات والتكلفة الحسابية في اكتشاف الأجسام المضادة.

Liu, X., Kantorow, J., Chattopadhyay, A. K., Chakraborty, S.2026-04-12

💻 bioinformatics

rnaends: an R package to study exact RNA ends at nucleotide resolution

تقدم الورقة البحثية **rnaends**، وهي حزمة برمجية بلغة R مصممة لتسهيل تحليل نهايات الحمض النووي الريبي (RNA) بدقة عند مستوى النيوكليوتيد من خلال توفير سير عمل شامل لمعالجة وقياس وتفسير بيانات تسلسل نهايات الـ RNA لدراسة جوانب متنوعة من استقلاب الـ RNA مثل مواقع بدء النسخ، وديناميكيات التحلل، والتعديلات ما بعد النسخ.

Caetano, T., Redder, P., Fichant, G., Barriot, R.2026-04-11

→ السابق التالي ←