bioinformatics ورقة بحثية

A correlational study of ABCA3 and SCN4B as exercise-related biomarkers of patients with Stanford type A aortic dissection

تحدد هذه الدراسة ABCA3 وSCN4B كعلامات بيولوجية مرتبطة بالتمارين الرياضية لتسلخ الأبهر من نوع ستانفورد أ، مما يثبت إمكاناتها التشخيصية من خلال مخطط اسمي مع توضيح مشاركتها في مسارات النظم اليوماوي والتنظيم المناعي واقتراح زونيساميد وMRS1097 كعوامل علاجية محتملة.

Qiao, S., Chen, T., Xie, B., Han, Y., Wang, B., Li, Y., Jia, B., Wu, N.2026-04-14

💻 bioinformatics

Identification of the novel inhibitors against M. tuberculosis ESX-1 secretion system EccA1 enzyme using virtual screening, docking and dynamics simulation techniques

تحدد هذه الدراسة خمس مركبات جديدة من قاعدة بيانات ZINC (Z1–Z5) كمثبطات محتملة لضراوة إنزيم EccA1 في بكتيريا المتفطرة السلية عبر الفحص الافتراضي، والرسو الجزيئي، ومحاكاة الديناميكا الجزيئية، مما أظهر تقارب ارتباط فائق مقارنة بالمثبطات المعروفة وخصائص دوائية ملائمة.

Kumar, R., saxena, a. K.2026-04-14

💻 bioinformatics

MAJEC: unified gene, isoform, and locus-level transposable element quantification from RNA-seq

يُعد MAJEC إطار عمل موحداً وسريعاً لتعظيم التوقع (Expectation-Maximization) يعمل على التحديد الكمي بدقة للجينات، والنسخ المتماثلة (isoforms)، ومواقع العناصر القافزة الفردية من بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA-seq) عبر الاستفادة من أدلة الوصلات الربطية (splice junction) لحل تداخل القراءات، مما يقلل بشكل كبير من عيوب العزو الخاطئ مقارنة بالأدوات الحالية مثل TEtranscripts وTelescope.

Lim, T.-Y., Firestone, A. J.2026-04-14✓ Author reviewed ⓘ

💻 bioinformatics

A Hierarchy-aware Gene Exploration Platform for Multi-layered Toxicogenomic Analysis: A Case Study on Acetaminophen-induced Hepatotoxicity

تقدم هذه الورقة منصة لاستكشاف الجينات مدركة للتسلسل الهرمي تدمج المعرفة البيولوجية لـ HGNC في نواة تشابه قائمة على الانتشار الفائق لتعزيز قابلية التفسير والتماسك الوظيفي للتحليل النسخي بشكل كبير، كما يتضح من تطبيقها الناجح في تحديد الوحدات السمية الرئيسية في حالات سمية الكبد الناجمة عن الأسيتامينوفين.

Kim, M., Cui, Y., Kim, M. G.2026-04-14

💻 bioinformatics

Predicting Pre-treatment Resistance or Post-treatment Effect? A Systematic Benchmarking of Single-Cell Drug Response Models

تقوم هذه الدراسة بوضع معايير مرجعية منهجية لنماذج استجابة الأدوية على مستوى الخلية الواحدة عبر مجموعات بيانات متنوعة، كاشفةً أنه في حين يُظهر نموذج scDEAL قدرة فائقة على الصمود أمام عدم توازن الفئات، فإن معظم الطرق الحالية تعاني في التنبؤ بالمقاومة الجوهرية السابقة للعلاج رغم قدرتها الفعالة على رصد التغيرات النسخية اللاحقة للعلاج، مما يسلط الض {الضوء على الحاجة إلى نماذج من الجيل التالي ذات صلة سريرية أكبر.

Shen, L., Sun, X., Zheng, S., Hashmi, A., Eriksson, J., Mustonen, H., Seppänen, H., Shen, B., Li, M., Vähä-Koskela, M (…)2026-04-14

💻 bioinformatics

found: Inferring cell-level perturbation from structured label noise in single-cell data

تقدم هذه الورقة **found**، وهي تنفيذ مرن بلغتي بايثون وR لمنهجية HiDDEN التي تتيح الاستدلال القوي للاضطرابات على مستوى الخلية من ضجيج الملصقات المنظم على مستوى الدفعة في بيانات الخلية الواحدة من خلال مسارات معالجة قابلة للتخصيص ومقارنة معيارية ممنهجة لخيارات النمذجة.

Afanasiev, E., Goeva, A.2026-04-14

💻 bioinformatics

Reconstructing intra-tumor fitness landscapes from scSeq CNA genotypes via simulation-based Bayesian inference and Deep Learning

تقدم هذه الورقة CloneMLP-NPE، وهو إطار عمل قائم على المحاكاة وخالٍ من الاحتمالية (likelihood-free)، يستخدم تقدير البعد اللاحق العصبي (neural posterior estimation) والتدفقات الطبيعية (normalizing flows) لاستنتاج معاملات الاختيار داخل الورم بدقة من الأنماط الجينية لتغير أعداد النسخ (CNA) في الخلايا المفردة، متفوقاً بذلك على كل من النهجين المعتمدين على المجموعات (set-based) والنهجين المعتمدين على الإجماع (consensus-based).

KafiKang, M., Skums, P.2026-04-14

💻 bioinformatics

BioClaw: Human-Bot Research Collaboration Ecosystems in Group Chats

تقدم هذه الورقة BioClaw، وهو نظام بيئي للتعاون بين البشر والروبوتات يحول الدردشات الجماعية إلى مساحات عمل مستمرة وآمنة عبر تحويل طلبات اللغة الطبيعية إلى تحليلات طبية حيوية مؤتمتة ومستندة إلى أدوات، يتم تنفيذها داخل حاويات Docker معزولة.

Xu, M., Yan, J., Feng, R., Cai, Q., Zhang, P., Zhao, C., He, C., Wei, Z., Li, J., Lin, S., Dong, H., Jin, R., Hou, T., L (…)2026-04-14

💻 bioinformatics

GraphMana: graph-native data management for population genomics projects

يقدم GraphMana نظاماً لإدارة البيانات يعتمد على الرسوم البيانية (graph-native) لعلم جينوم السكان، يستبدل سير العمل المجزأ القائم على الملفات بقاعدة بيانات مستمرة لتمكين الإضافة التدريجية للعينات، وتتبع المصدر، والتصدير الفعال متعدد التنسيقات، كما يتضح من قدرته على إتمام دورة حياة معقدة مكونة من 46 عملية لمشروع "ألف جينوم" في أقل من ساعتين.

Estaji, E., Zhao, S.-W., Chen, Z.-Y., Nie, S., Mao, J.-F.2026-04-14

💻 bioinformatics

GraphPop: graph-native computation decouples population genomics complexity from sample count

يُعد GraphPop محركاً أصيلاً في بنية الرسوم البيانية يعمل على فصل تعقيد علم جينوم العشائر عن عدد العينات عبر التجميع المسبق لعد الأليلات في قاعدة بيانات رسوم بيانية، مما يتيح تحليلاً بـ $O(V \times K)$ مع تسريع هائل واستخدام ثابت للذاكرة، مع تسهيل الاستعلامات المعقدة المشروطة بالتوصيف عبر أنواع متنوعة.

Estaji, E., Zhao, S.-W., Chen, Z.-Y., Nie, S., Mao, J.-F.2026-04-14

→ السابق التالي ←