💻 Category

bioinformatics

1122 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

Elucidating enzyme-substrate specificity through co-folding foundation model

يقدم البحث إطار عمل Boltz2ESI، وهو إطار عمل متكامل (end-to-end) يستفيد من نموذج تأسيسي للجزيئات الحيوية للتنبؤ بالتفاعلات بين الإنزيم والركيزة من خلال الطي المشترك الأصلي، مما يسمح بالتقاط مرونة الموقع النشط والتفوق على الأساليب الحالية لتسريع اكتشاف المحفزات الحيوية وتوضيح المسارات.

Cheng, X., Seo, S., Huh, C., Chen, J., Jiang, S., Guo, P., Weng, J.-K., Kim, W. Y., Jin, W.2026-08-02
💻 المعلوماتية الحيوية

Pangenome Graph Node-Phenotype Association shows GWAS-like quality results with only few individuals

تقدم الورقة البحثية GraNPA، وهي طريقة تُجري دراسات ارتباط شبيهة بدراسات الارتباط على نطاق الجينوم الكامل (GWAS) على الرسوم البيانية لتباين البانجينوم باستخدام عدد قليل فقط من الأفراد لتحديد المناطق الجينية المرتبطة بالنمط الظاهري دون تحيز للمرجع أو الحاجة إلى بيانات سكانية إضافية.

Carrette, C., Sabot, F., Muller, C.2026-08-01
💻 المعلوماتية الحيوية

DPCGS: a computational framework for linking GWAS to single-cell transcriptomics in complex traits and diseases

يُعد DPCGS إطارًا حوسبيًا مبتكرًا يدمج إحصاءات ملخص دراسات الارتباط الجينومي الكامل (GWAS) مع بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-seq) لتحقيق رسم خرائط عالي الدقة للمخاطر الجينية لمجموعات فرعية خلوية وبرامج تنظيمية محددة، مما يظهر دقة فائقة مقارنة بالطرق الحالية ويقدم رؤى جديدة حول الآليات الخلوية للأمراض المعقدة مثل مرض الزهايمر والربو.

Liu, C., Yuan, B., Shen, B., Li, J., Zhu, R., Yang, P., Wu, B., Xuan, Y., Yang, S., Yang, N., Ma, L., Liu, Q., Dai, S. (…)2026-07-31
💻 المعلوماتية الحيوية

AI4Life Open Calls and Public Challenges: why, how, and what we have learned.

من خلال تنفيذ ثلاث دعوات مفتوحة وثلاث تحديات عامة بين عامي 2023 و2025، دعمت مبادرة AI4Life اثنين وعشرين مشروعاً لتحليل الصور الحيوية، وكشفت أنه في حين يواجه اعتماد التعلم العميق القائم على مبادئ FAIR عقبات تنفيذية كبيرة، فإن العائق الأساسي للذكاء الاصطني العلمي في علم الأحياء لا يكمن في تطوير المنهجيات، بل في توافر البيانات، والتعليقات التوضيحية، والبنية التحتية المشتركة.

Galinova, V., Seifi, M., Serrano Solano, B., Lidayova, K., Dalle Nogare, D., Corbat, A. A., Talks, J., Giacomello, E., G (…)2026-07-30
💻 المعلوماتية الحيوية

Spectronaut-nf: A Nextflow Pipeline for Parallel Processing of DIA Data with Spectronaut

يُعد Spectronaut-nf مسار معالجة Nextflow قابل للتوسع يتيح المعالجة المتوازية والفعالة لمجموعات بيانات البروتينات الشمولية (DIA) واسعة النطاق في بيئات الحوسبة عالية الأداء، مما يقلل بشكل كبير من وقت التحليل مع الحفاظ على نتائج تحديد متسقة مقارنة بإعدادات محطة العمل الواحدة أو العقدة الواحدة.

Kotimoole, C. N., Arefian, M., McKay, E. C., Kasaragod, S., Skoraczynski, G., Collins, B. C.2026-07-30
💻 المعلوماتية الحيوية

A geometric-to-neural cascade for cerebral microbleed detection in susceptibility-weighted MRI

تقدم هذه الورقة البحثية مساراً هرمياً مؤتمتاً بالكامل يتكون من ثلاث مراحل، ينتقل من الهندسة إلى الشبكات العصبية، ويجمع بين التوليد التكيفي للمرشحين غير الخاضع للإشراف مع مصنفين خفيفي الوزن من نوع (3D ResNet) تم تدريبهما باستخدام حد أدنى من الملصقات التي يتدخل فيها العنصر البشري، وذلك لتحقيق دقة عالية في اكتشاف النزيف الدماغي المجهري في التصوير بالرنين المغناطيسي الموزون بالتحسس، مع تقليل الإيجابيات الكاذبة الناتجة عن المحاكيات الوعائية وغير الوعائية بشكل كبير.

Bogdanov, S., Rudravaram, G., Saunders, A. M., Kim, M. E., LeFevre, J., Charles, J., Jain, S., Schrag, M. S., Landman, B (…)2026-07-28
💻 المعلوماتية الحيوية

WITHDRAWN: Deviation Error: assessing machine learning predictions for replicate measurements in genomics and beyond

لقد تم سحب هذه المخطوطة لأن مقياس "خطأ الانحراف" (Deviation Error) التأسيسي يتطلب صياغة رياضية دقيقة وتحققاً نظرياً جوهرياً قبل أن يمكن اعتباره قاعدة تسجيل سليمة لتقييم تنبؤات تعلم الآلة.

Abdulnabi, H., Westwood, J. T.2026-07-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Spaceland: Histology-Guided Reconstruction of High-Resolution Whole-Organ 3D Molecular Atlases from Sparse Spatial Transcriptomics

يُعد Spaceland إطارًا حوسبيًا موجّهًا بالمورفولوجيا (الشكل الظاهري) يعيد بناء أطالس جزيئية ثلاثية الأبعاد مستمرة وعالية الدقة لأعضاء كاملة من خلال دمج البيانات النسخية المكانية المتفرقة مع نسيج الهيماتوكسيلين والإيوسين (H&E) المتسلسل، مما يتيح نمذجة الأنسجة الافتراضية القابلة للتوسع دون الحاجة إلى أخذ عينات تجريبية شاملة.

Xu, F., Zhuang, Z., Zhu, Y., Ying, B., Hou, N., Lin, W., Wang, L., Yang, C., song, j.2026-07-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Estimation of biological age using HRV data: comparison of the Klemera-Dubal method with the multiple linear regression method

تقارن هذه الدراسة بين الانحدار الخطي المتعدد (MLR)، والانحدار الخطي المتعدد المصحح للتحيز، وطريقة كليميرا-دوبال (KDM) لتقدير العمر البيولوجي من بيانات تقلب معدل ضربات القلب لدى 343 شخصاً، حيث وجدت أن طريقة KDM تحقق أدنى خطأ في التقدير، بينما يوفر الانحدار الخطي المتعدد المصحح للتحيز دقة محسنة مقارنة بالانحدار الخطي المتعدد غير المصحح، لكنه يظل محدوداً باعتماده على العمر الزمني.

Pysaruk, A.2026-07-27
💻 المعلوماتية الحيوية

Discrete Inverse Rendering: Biological Data Analysis with Integer Programming

تقدم هذه الورقة إطار عمل للرندرة العكسية المنفصلة يصيغ تحليل الصور البيولوجية كمسألة برمجة صحيحة ذات أمثلية عالمية، مما يوحد عمليات الكشف والتتبع واستنتاج الأحداث للتفوق بشكل كبير على مسارات اتخاذ القرار المحلي القياسية، لا سيما في سيناريوهات التصوير ذات الإشارة المنخفضة.

Kirkegaard, J. B., Zdyb, F. O.2026-07-27