💻 Category

bioinformatics

951 ورقة بحثية

💻 bioinformatics

Exploring transcriptomic and genomic latent variable correction approaches in differential expression analysis.

تُظهر هذه الدراسة أن التصحيح المتزامن لكل من المتغيرات البديلة القائمة على التعبير والتحليل للمكونات الرئيسية القائمة على النمط الجيني في تحليل التعبير التفاضلي يحسن بشكل كبير من قابلية التكرار عبر مجموعات البيانات والاستدعاء البيولوجي للجينات المرضية المعروفة مقارنة باستخدام أي من الطريقتين بمفردها، مما يرسخ إطار التصحيح المشترك كممارسة قياسية للدراسات النسخية ذات البيانات النمطية الجينية المتطابقة.

Appulingam, Y., Jammal, J., Ali, A., Topp, S., NYGC ALS Consortium,, Iacoangeli, A., Pain, O.2026-04-08
💻 bioinformatics

Analysis of multicellular anatomical structures from spatial omics data using sosta

تقدم هذه الورقة البحثية *sosta*، وهي حزمة مفتوحة المصدر من Bioconductor تتيح التحليل المباشر للبنى التشريحية متعددة الخلايا في بيانات الأوميكس المكانية، مما ينقل التركيز من ترتيبات الخلايا المفردة إلى التنظيم على مستوى الأنسجة ذي الصلة بيولوجياً.

Gunz, S., Crowell, H. L., Robinson, M. D.2026-04-07
💻 bioinformatics

Correlation Between Information Entropy and Functions of Gene Sequences in the Evolutionary Context: A New Way to Construct Gene Regulatory Networks from Sequence

تقترح هذه الورقة إطاراً تكاملياً جديداً مكوناً من أربع طبقات يبني شبكات تنظيم الجينات مباشرة من تسلسلات الحمض النووي (DNA) عبر الاستفادة من إنتروبيا المعلومات، والحفظ التطوري، وتضمينات التعلم العميق لربط القيود على مستوى النيوكليوتيدات بالمنطق التنظيمي على مستوى الشبكة.

Pan, L., Chen, M., Tanik, M.2026-04-07
💻 bioinformatics

Representation Methods of Transcriptomics with Applications in Neuroimmune Biology

تجادل هذه الورقة بأن تحليل شبكة التعبير المشترك يقدم إطاراً أكثر فعالية وإيجازاً من تحليل التعبير التفاضلي التقليدي لتوصيف الخلايا الدبقية الصغيرة، حيث يكشف عن برامج جزيئية متزامنة ومعتمدة على السياق تفسر التغاير الوظيفي لهذا النوع من الخلايا بشكل أفضل.

Abbasi, M., Ochoa Zermeno, S., Spendlove, M. D., Tashi, Z., Plaisier, C. L., Bartelle, B. B.2026-04-07
💻 bioinformatics

Locat: Joint enrichment and depletion testing identifies localized marker genes in single-cell transcriptomics

تقدم الورقة البحثية إطار عمل "Locat"، وهو إطار عمل مبتكر يحدد الجينات العلامة عالية النوعية في علم النسخيات أحادي الخلية من خلال الاختبار المشترك لإثراء التعبير داخل مناطق خلوية مدمجة ونقصه في أماكن أخرى، مما يتيح مقارنات قوية، وقابلة للتفسير، وخالية من تأثير الدفعات بين المجموعات الخلوية والمسارات التنموية.

Lewis, W. R., Aizenbud, Y., Strino, F., Kluger, Y., Parisi, F.2026-04-07
💻 bioinformatics

A Context-Aware Single-Cell Proteomics Analysis pipeline.

تقدم هذه الورقة CASPA، وهو مسار آلي متكامل للبروتينات أحادية الخلية يتغلب على القيود التحليلية القائمة من خلال مراقبة جودة تكيفية، وتصحيح دفعات موجه بالإنتروبيا، وإطار عمل مطور لنماذج اللغات الكبيرة من أجل توصيف أنواع الخلايا المستند إلى السياق، محققاً دقة عالية تم التحقق منها مقابل حقائق أرضية متعامدة عبر مجموعات بيانات بيولوجية متنوعة.

Salomo Coll, C., Makar, A. N., Brenes, A. J., Inns, J., Trost, M., Rajan, N., Wilkinson, S., von Kriegsheim, A.2026-04-07
💻 bioinformatics

Accurate estimation of canine inbreeding using ultra low-coverage whole genomesequencing

تُظهر هذه الدراسة أن تسلسل الجينوم الكامل ذو التغطية شديدة الانخفاض (ulcWGS) يعد بديلاً فعالاً من حيث التكلفة وموثوقاً للطرق ذات التغطية العالية لتقدير مستويات تزاوج الأقارب لدى الكلاب بدقة عبر السلالات المتنوعة.

Pellegrini, M., Kim, R., Rubbi, L., Kislik, G., Smith, D.2026-04-07
💻 bioinformatics

REBEL, Reproducible Environment Builder for Explicit Library resolution

إن REBEL هو إطار عمل يضمن قابلية التكرار طويلة الأمد والمتوافقة مع مبادئ FAIR في المعلوماتية الحيوية، وذلك عبر استخدام فحص عميق للكود ومعرفة منسقة لمعالجة تبعات النظام المفقودة وتوليد بيئات ذاتية الاحتواء وحتمية دون الحاجة إلى خبرة في تقنيات الحاويات (containerization).

Martelli, E., Ratto, M. L., Nuvolari, B., Arigoni, M., Tao, J., Micocci, F. M. A., Alessandri, L.2026-04-07
💻 bioinformatics

Flow molecular dynamics simulations reveal mechanosensitive regulation of von Willebrand factor through glycan-modulated autoinhibitory modules

تستخدم هذه الدراسة محاكاة الديناميات الجزيئية للتدفق لتوضيح كيف تدفع القوى الهيدروديناميكية عامل فون ويلبراند من حالة مدمجة ذات تثبيط ذاتي إلى هيئة ممتدة منشطة، مما يكشف عن الأدوار المحددة للوحدات المثبطة ذاتياً والمعدلة بالسكريات في التنظيم الحساس للميكانيكا.

Richard Louis, N. E. L., Zhao, Y. C., Ju, L. A.2026-04-07
💻 bioinformatics

AI predictions and the expansion of scientific frontiers: Evidence from structural biology

بالاستفادة من إصدار "ألفافولد 2" (AlphaFold2) في عام 2021 كشبه تجربة، تُثبت هذه الدراسة أن تنبؤات الذكاء الاصطناعي يمكن أن توسع الآفاق العلمية عبر عكس مسار التراجع في الأبحاث المتعلقة بالبروتينات الجديدة وإعادة توجيه الانتباه الجماعي نحو الجينات والأهداف غير المدروسة كفاية، مما يتحدى المخاوف القائلة بأن الذكاء الاصطناعي لا يفعل سوى تعزيز المبادئ العلمية الراسخة.

Sun, M., Choi, S., Yin, Y.2026-04-07