1122 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية DipGenie، وهي أداة قابلة للتوسع تعمل على تحسين التنميط الجيني والترتيب الطوري بشكل مشترك على رسوم بيانية للجينوم الشامل (pangenome graphs) باستخدام ميزانية إعادة تشكيل مدفوعة بيولوجياً، مما يحقق معدلات خطأ في التبديل أقل بكثير ودرجات F1 أعلى للمتغيرات الهيكلية مقارنة بالطرق القائمة على الرسوم البيانية الحالية.
تُعد WSInsight منصة مفتوحة وسحابية الأصل تتيح التنميط الظاهري للخلية الواحدة القابل للاستدعاء عبر الوكلاء لصور صبغة الهيماتوكسيلين والإيوسين (H&E) لكامل الشريحة من مصادر تخزين متنوعة، مما يقدم مخرجات معتمدة ومتوافقة مع المعايير لأبحاث البيئة الدقيقة للأورام الانتقالية.
تُعد LIVIA أداة مجانية متاحة عبر المتصفح، تقوم بحساب مقاييس الثقة المحلية محلياً، وتحديد بقايا الواجهة، وتصور تفاعلات البروتين-بروتين المتوقعة عبر منصات متعددة باستخدام عارض ثلاثي الأبعاد تفاعلي ونصوص برمجية قابلة للتصدير لبرنامجي ChimeraX وPyMOL.
تُطوّر هذه الدراسة إطار عمل للتعلم الآلي لاستكمال بيانات البروتينات المتقاطعة بين منصتي SomaScan وOlink، مما يؤدي إلى حل مشكلات عدم التكرار المستمرة، وتمكين استعادة الإشارات الحصرية لكل منصة، وإنشاء مؤشر دقة البروتين لتعزيز موثوقية اكتشاف المؤشرات الحيوية في الدراسات الوبائية.
تستخدم هذه الدراسة تحليلاً ترانسكريبتومياً تكاملياً عبر مجموعات بيانات مختلفة لتحديد الجينات المحورية المرتبطة بالإجهاد التأكسدي والالتهاب في مرض باركنسون، وتكشف كيف يمكن لمركبات غذائية حيوية محددة أن تعدل هذه الشبكات الجينية من خلال تدخلات علم الجينوم الغذائي.
تقدم هذه الورقة البحثية **bcrnnoise**، وهو إطار عمل مفتوح المصدر بلغة بايثون يوحد الانجراف الحتمي، والتقلبات الغاوسية، والقفزات العرضية المضافة في نموذج معادلة تفاضلية عشوائية واحدة لتوليد آثار نسخ دقيقة بكفاءة وبسرعة حوسبة تزيد بمقدار يصل إلى رتبتين من حيث المقدار عن أخذ العينات العشوائية الدقيقة.
تُعد Savanache أداة تصور متعددة الدقة تتيح الاستكشاف الفعال واللحظي والمقارنة الحدسية من واحد إلى كثير لرسوم التباين الجيني الشامل (pangenome) المعقدة، وذلك عبر معالجة ملفات GFA مسبقاً إلى فهارس محسنة واستخدام رموز (glyphs) متخصصة لتسليط الضوء على التباينات الهيكلية بالنسبة لجينوم مرجعي خطي.
تقدم هذه الورقة طريقة إحصائية لإزالة التخطيط (destriping) لبيانات 10x Genomics VisiumHD، والتي تعتمد على نمذجة أعداد الحاويات (bin counts) باستخدام تقسيم النوى ونموذج خطي معمّم مُنظّم لإزالة آثار التخطيط الضربي بفعالية مع الحفاظ على الإشارات البيولوجية واسعة النطاق، متفوقةً بذلك على أساليب التطبيع الحالية.
تقدم الورقة البحثية نموذج SLiMNet، وهو نموذج تعلم عميق يستفيد من تضمينات النماذج اللغوية الكبيرة للبروتينات والتعلم التبايني للتنبؤ بالتشابهات الوظيفية بين الزخارف الخطية القصيرة (SLiMs)، مما يتيح التوصيف الوظيفي للزخارف غير المصنفة سابقاً ويوفر أطالساً شاملة للأزواج الوظيفية المحتملة لمجتمع البحث.
يُعد ProtSpace تطبيق ويب قائمًا على المتصفح يحافظ على الخصوصية، ويُمكِّن من التصور التفاعلي والاستكشاف المنهجي لفضاءات تضمين نماذج لغة البروتين، مما يكشف عن علاقات وظيفية وهيكلية معقدة تتجاوز التشابه التسلسلي التقليدي من خلال عرض الهيكل ثلاثي الأبعاد المتكامل والتعليقات التوضيحية متعددة التصنيفات.