1122 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية "مُعزز النماذج الأولية القابل للتفسير" (EP-Booster)، وهو أسلوب يدمج المعرفة البيولوجية المسبقة في النماذج التأسيسية لتنقيح التمثيلات الكامنة من أجل التنبؤ الدقيق والقابل للتفسير بالتعبير الجيني من الصور النسيجية، وبذلك يتغلب على قيود التكلفة والوقت المرتبطة بالترانسكريبتوميات المكانية.
بيكسل ديك (PixelDeck) هو تطبيق متصفح مفتوح المصدر، يعتمد مبدأ الأولوية للمحلية (local-first)، يعمل على تبسيط تنظيم وتكرار وإدارة التصفح التفاعلي لمجموعات الصور والفيديوهات الطبية الحيوية الضخمة على الأجهزة القياسية من خلال بنية معيارية تتميز بالاستيراد المتكرر، وكشف التكرار عبر خوارزمية SHA-256، والمعالجة غير المتزامنة.
تقدم الورقة البحثية "تایبيريوس" (Tiberius)، وهو متنبئ جيني يعتمد على التعلم العميق ومن المبادئ الأولية، والذي يحقق دقة هي الأفضل في فئته وسرعات تشغيل أسرع بشكل ملحوظ عبر مختلف الفصائل حقيقية النواة من خلال تدريب نماذج خاصة بكل سلالة، مما يعالج بفعالية الاختناقات الحالية في توصيف الجينوم.
تُكيّف هذه الورقة البحثية مجموعة أدوات kallisto-bustools لتمكين المعالجة المسبقة الفعالة والدقيقة والموحدة لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) أحادي الخلية للبكتيريا، مع معالجة التحديات التي تفرضها الأوبرونات وأطوال الجينات القصيرة لإرساء أساس قابل للتوسع للترانسكريبتوميات الميكروبية.
تقدم الورقة البحثية COSMOS+، وهو إطار عمل قابل للتفسير يدمج تحليل العوامل متعدد الأوميكس القائم على البيانات مع المعرفة المسبقة الآلية لنمذجة انتشار الإشارات السببية وتوليد فرضيات قابلة للتنفيذ حول مسببات الأمراض، وهو ما تم إثباته من خلال تطبيقات في نماذج مقاومة سرطان الثدي ومجموعات المرضى.
تُعد Verticall أداة مفتوحة المصدر، سريعة وغير معلمية، صُممت للكشف بكفاءة عن إعادة الارتباط وتوليد أشجار تطورية خالية من إعادة الارتباط في مجموعات البيانات الجينومية البكتيرية واسعة النطاق (التي تتراوح من مئات إلى آلاف الجينومات)، حيث أظهرت أداءً فائقاً أو مماثلاً للطرق الحالية مثل Gubbins وClonalFrameML عبر مختلف المقاييس التطورية.
تقدم الورقة البحثية Mievformer، وهو إطار عمل للتعلم الذاتي المقنع قائم على تقنية Transformer، يقوم بدمج التباين الخلوي وتباين البيئة الدقيقة في بيانات الأوميكس المكانية بفعالية من خلال تعلم تمثيلات احتمالية لحالات الخلايا مشروطة بسياقها المكاني، متفوقاً بذلك على الأساليب الحالية في تجميع النيشات (niche clustering) وتمكين اكتشاف المجموعات الفرعية الخلوية ذات الأهمية البيولوجية وتواقيع التعبير الجيني.
تقترح هذه الدراسة إطار عمل "اللهجات الجينومية" الذي يوضح أن أنماط انحياز استخدام الكودونات الخاصة بكل نوع، والتي تعكس قيود دقة الترجمة واستقرار البروتين بدلاً من النسب التطوري الحقيقي، تتشكل بشكل كبير من خلال الخصائص الفيزيائية والكيميائية للأحماض الأمينية وتصنيف القاعدة الثانية للكودون.
تقدم هذه الورقة "أخذ العينات التكراري"، وهو إطار عمل حتمي وقابل للتوسع تم تنفيذه في أداة memerna، يقوم بحصر البنى الثانوية للحمض النووي الريبوزي (RNA) بشكل استقصائي بترتيب تصاعدي للطاقة الحرة، مما يتغلب على قيود الطرق العشوائية لتمكين النمذجة الفعالة للطي أثناء النسخ وتحديد المصائد الحركية.
يُعد SpaceBender طريقة جديدة ومفتوحة المصدر لإزالة الضجيج في علم النسخ المكاني، حيث تستفيد من المعلومات الخاصة بالمكان لإزالة ضجيج انتشار الحمض النووي الريبي (RNA)، مما يجعلها تتفوق على الأدوات الحالية وتكشف عن رؤى بيولوجية محسنة عبر مختلف دقات البيانات.