1122 ورقة بحثية
تقترح هذه الدراسة إطار عمل لشبكة تشابه مشتقة من الموتر تعمل على تفكيك بيانات النسخ المتمايز المكاني لسرطان القولون والمستقيم للكشف عن كيفية تقييد البنية النسيجية للاتصال الجزيئي، مما يقدم نهجاً كمياً لتوصيف التباين المكاني واكتشاف المؤشرات الحيوية.
تقدم هذه الدراسة إطار عمل قائماً على الشبكات يدمج مجموعات البيانات البروتومية غير المتجانسة من خلال تحليل توافق اتجاهات التغير في طي البروتين التفاضلي، مما نجح في تحديد عناقيد ذات معنى بيولوجي مثل ملفات تعريف سرطان الثدي المرتبطة بمرحلة الورم والمسارات المرتبطة بالدهون.
تُعد BioEngine طبقة تنفيذ وتكيف قابلة للتوسع تعمل كجسر يربط بين نماذج الذكاء الاصطناعي للصور الحيوية المختارة ومختلف الأجهزة، مما يمكّن العلماء من تشغيل وضبط وتطوير سير عمل التحليل المعقد من خلال التفاعلات باللغة الطبيعية مع وكيل ذكاء اصطناعي.
تُثبت هذه الورقة أن البحث عن السياسات الموجهة بوكيل مؤتمت يتفوق على أساليب المجموع الموزون، وNSGA-II، والأوزان العشوائية التقليدية في تحديد أولويات مرشحات الأدوية الببتيدية، حيث استطاع التقاط 65% من أفضل الخيارات في قائمة قصيرة تضم أفضل 20 خياراً عبر معيار مرجعي عام لمضادات الميكروبات.
تقدم الورقة البحثية RepurAgent، وهو نظام ذكاء اصطناعي هرمي متعدد الوكلاء يخضع لإشراف بشري، ينجح في أتمتة ودعم دورة حياة إعادة توظيف الأدوية بأكملها — من توليد الفرضيات وتصميم التجارب إلى تحليل البيانات وتحسين المرشحين — عبر سيناريوهات أمراض متنوعة تشمل سرطان الدم النقوي الحاد، وكوفيد-19، ونقص متعدد الكبريتات.
تقدم الورقة البحثية Surleton، وهو إطار عمل جديد لطي البروتين العكسي يعمل على نمذجة هندسة الهيكل العظمي وتنظيم سطح البروتين بشكل مشترك للتغلب على قيود التمثيلات التي تقتصر على الهيكل العظمي فقط، مما يؤدي إلى تحسين استعادة التسلسل وتوازن النمذجة لكل من البقايا المدفونة والمعرضة بشكل كبير.
من خلال توظيف مقارنة تطورية للبروتينات بين طفيليات الساركوسيتيد (Sarcocystidae) المكونة للأكياس وطفيليات الإيميريديا (Eimeriidae) غير المكونة للأكياس، تحدد هذه الدراسة أنماط حفظ متميزة لبروتينات طفيل التوكسوبلازما غوندِي (Toxoplasma gondii)، وتحدد مجموعة محددة من البروتينات المحفوظة في مرحلة البراديزويت (bradyzoite) كمصدر واعد لاكتشاف جينات جديدة مشاركة في تمايز البراديزويت.
تقدم هذه الورقة HMCVelo، وهو إطار عمل حتمي يعتمد على المعادلات التفاضلية العادية (ODE) يستفيد من بيانات Joint-snhmC-seq لنمذجة ديناميكيات الهيدروكسي ميثيلة واستنتاج مسارات خلوية عالية الثقة، مما يظهر أداءً فائقاً مقارنة بطرق سرعة الحمض النووي الريبي (RNA velocity) المعاد توظيفها ويوفر رؤى نظرية حول دقة المسار ضمن الأنظمة البيوكيميائية الدورية.
تقدم هذه الورقة إطار عمل مغلق الحلقة في المحاكاة الحاسوبية (in silico) يدمج بين النمذجة التوليدية، والمحاكاة الجزيئية، والتحسين البايزي متعدد الأهداف لتصميم ببتيدات نافذة للخلايا ذات ملفات ارتباط انتقائية للمستقبلات بنجاح، كما تم التحقق من صحته من خلال التصوير التجريبي الذي أظهر إثراءً تفضيلياً في المناطق الموجبة لـ CXCR4 على المناطق الموجبة لـ NRP1.
تُعد ProNA3D أداة حوسبة موحدة وإضافة لبرنامج UCSF ChimeraX صُممت لتحليل الواجهات بين البروتين والحمض النووي والواجهات المكونة من الأحماض النووية فقط، وذلك عبر دمج البيانات الهيكلية، وتصنيفات AlphaFold3، والتصور التفاعلي للكشف عن الاتصال الوظيفي وأنماط التفاعل في كل من المعقدات الجزيئية الحيوية التجريبية والمتوقعة.