1121 ورقة بحثية
يُعد GenDiMug إطار عمل رسومي متعدد جديد يتغلب على قيود التمثيلات الجينومية الخطية باستخدام نماذج الشبكات لدمج بيانات الأوميكس المتعددة وتحليل التنظيم الجينومي عبر مقاييس متعددة، مما يكشف عن أنماط هيكلية مثل تكتل التعبير الجيني والتنظيم اليوماوي.
تستخدم هذه الدراسة سير عمل متكامل يجمع بين علم الجينوم الطرحي وعلم اللقاحات العكسي في المختبر لتحديد بروتينات الغشاء الخارجي OMP47 وLptD كأهداف مزدوجة للأدوية واللقاحات ضد بكتيريا *Pasteurella multocida* Pm70، وصولاً إلى تصميم مستخلص لقاح متعدد الحواتم آمن وعالي المستضدات.
تقدم الورقة البحثية kitAb، وهو إطار عمل مفتوح المصدر وفعال حاسوبياً يولد 59 واصفاً قابلاً للتفسير لنمذجة قابلية تطوير الأجسام المضادة القابلة للتوسع والخاصة بكل مقايسة، ويكشف عن اختلافات فيزيائية كيميائية منهجية عبر مجموعات واسعة النطاق من الأجسام المضادة الطبيعية والعلاجية.
تقدم هذه الورقة البحثية ecEvol، وهي طريقة حوسبية تحلل أطياف تكرار الأليلات من تسلسل الجينوم الكامل الشامل لاستنتاج توقيت، وقوة الانتقاء، والهيمنة النسيلية لظهور الحمض النووي خارج الكروموسومات (ecDNA)، كاشفةً أن التكوين المبكر لـ ecDNA المدفوع بالجينات المسرطنة يرتبط بسوء بقاء المرضى وأن ديناميكيات ecDNA تتباين بشكل كبير بين الأورام غير المعالجة والأورام المتقدمة.
يُعد ReconSIREN إطار عمل جديداً للتعلم العميق يستخدم بنية "خليط من الخبراء" (Mixture-of-Experts) لإجراء تحليل كامل من المبادئ الأولية (ab initio) للجسيمات المفردة في المجهر الإلكتروني بالتبريد (CryoEM)، مما يحل في آن واحد عيوب التوجه المفضل، والتباين في الجسيمات، والمرونة التشكيلية دون الاعتماد على طرق التحسين التقليدية.
تقدم هذه الدراسة إطار عمل مدفوعاً بالطبولوجيا يدمج بنجاح البيانات البروتينية والوظيفية من الأنسجة القلبية البشرية المهندسة للكشف عن كيفية ممارسة الإبينفرين والدوكسوروبيسين لتأثيرات تقلصية متضادة عبر تعديل استتباب الطاقة، والترجمة الميتوكوندرية، وتوازن البروتينات بشكل تفاضلي.
يُعد KENT إطار عمل للحوسبة الطرفية المحمولة وغير المتصلة بالإنترنت، يستخدم عنقوداً من وحدات NVIDIA Jetson Nano لتمكين الفحص السريع والمتسارع باستخدام وحدة معالجة الرسومات للميتاجينوميات الممرضة في البيئات محدودة الموارد، محققاً تسريعاً كبيراً مقارنة بالخطوط المرجعية للمعالجات المركزية مع الحفاظ على دقة عالية في التصنيف وأمانة في تقدير الوفرة.
يُعد FlyAnatoView مورداً يعالج نقص السياق المكاني في بيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية من خلال إسقاط الملامح النسخية على مخططات تشريحية لذبابة الفاكهة، مما يستعيد المعلومات المتعلقة بمواقع الأنسجة أو الأعضاء المحددة للخلايا الفردية.
يُعد FilAdh إطاراً حوسبياً موحداً ومدركاً لعملية التحلل، يقوم في آن واحد بتجزئة الالتصاقات البؤرية وإعادة بناء ألياف الأكتين المجهدة لتمكين التحليل المورفومتري الدقيق والتصنيف المكاني، متفوقاً بذلك على الطرق الحالية في الاختبارات المعيارية مع توصيف كيفية تأثير عيوب تصوير محددة على القياسات الهيكلية بشكل صريح.
تقدم هذه الورقة استراتيجية حوسبية متكاملة لتحليل إشارات التيار الأيوني للبروتين عبر المسام النانوية، تجمع بين تقنيات إزالة الضجيج، والتقسيم، والتعلم الآلي لتحقيق دقة عالية في التصنيف الثنائي القائم على الشحنة ونمذجة عبور الببتيد، على الرغم من التحديات المتمثلة في التمييز بين جميع الأحماض الأمينية العشرين.