1122 ورقة بحثية
تقدم الورقة البحثية vcfilt، وهو مرشح VCF تدفقي خالٍ من تخصيص الذاكرة (zero-allocation) ومُنفذ بلغة Go، والذي يحقق تسريعاً يصل إلى 12.2 ضعفاً مقارنة بالأدوات الحالية مثل bcftools من خلال التخصص في معايير الترشيح عالية التردد والقضاء على الأعباء الإضافية الديناميكية مع الحفاظ على التوافق في المخرجات بايت مقابل بايت.
يقدم البحث نموذج ABB4-STEROIDS، وهو نموذج تعلم عميق توليدي تم تدريبه على ملايين الإطارات من الديناميكيات الجزيئية، والذي يحقق دقة تضاهي أحدث ما توصل إليه العلم في أخذ عينات وتوقع المجموعات التشكيلية للأجسام المضادة، مما يوفر مورداً قوياً لاستقصاء مرونة الأجسام المضادة ووظائفها.
تستخدم هذه الدراسة المعلوماتية الحيوية الحاسوبية والنمذجة المقارنة لإثبات أن درجة الحرارة هي المحرك الأساسي لتنوع بروتين EndoG في ضفادع الـ Xenopus، حيث تُظهر فصائل X. laevis (المتكيفة مع البرودة) وX. tropicalis (المتكيفة مع الحرارة) تباينات هيكلية وفيزيائية كيميائية واضحة لتلائم بيئاتها الحرارية الخاصة.
تُعد ProteomeScan مجموعة أدوات حوسبية مفتوحة المصدر وقابلة للتوسع سحابياً، تقوم بإجراء عملية إرساء جزيئي على نطاق البروتينوم بأكمله لتحديد والتحقق من تفاعلات البروتين واللجين بشكل منهجي، مظهرةً دقة فائقة في ترتيب الأهداف المعروفة مقارنة بالخطوط المرجعية العشوائية، مع تمكين اكتشاف مواقع الارتباط الخفية.
تُعد MICRON أداة مبتكرة للتعلم متعدد الحالات، وهي آلية بالكامل وخالية من التجزئة، تستفيد من بيانات البروتينات التصويرية المكانية لتحديد البيئات المناعية المرتبطة بالنتائج بدقة وتحسين التنبؤات الإنذارية والتشخيصية، كما تم إثباته من خلال اكتشافها لأنماط تواصل رئيسية بين الخلايا مرتبطة بالبقاء على قيد الحياة في سرطان الدماغ.
يقدم FlyPredictome أطلساً هيكلياً شاملاً لـ 1.5 مليون تفاعل بروتيني-بروتيني متوقع في ذبابة الفاكهة (Drosophila)، باستخدام تقنية AlphaFold-Multimer لرسم خرائط واجهات الارتباط، والتحقق من الصلة الوظيفية من خلال تحليل الطفرات، وتوفير قاعدة بيانات مفتوحة لاستكشاف شبكة التفاعات الخاصة بالكائن الحي.
تقدم الورقة البحثية trackDJ، وهي حزمة برمجية بلغة R سهلة الاستخدام، والتي تعمل على تبسيط التوليد البرمجي القابل للتكرار لرسومات التصوير البياني فوق الجينية ذات الجودة الصالحة للنشر من خلال تقديم وظائف رسم عالية المستوى مع إعدادات افتراضية منطقية لسد الفجوة بين متصفحات الجينوم التفاعلية والأدوات المعقدة الموجودة حالياً.
يصف تحديث عام 2026 هذا التحسينات التي طرأت على أداة التنبؤ بالمتماثلات الوظيفية التكاملية (DIOPT) التابعة لمركز DRSC، بما في ذلك توسيع نطاق تغطية الأنواع والخوارزميات، وتحسين ميزات بوابة الويب، وتقديم أداة شقيقة متخصصة للمفصليات، وكل ذلك بهدف تعزيز فائدتها لأبحاث علم الجينوم الوظيفي عبر الأنواع.
يُعد TFBindFormer نموذج محول يعتمد على الانتباه المتقاطع الهجين، وهو يحسن بشكل كبير من دقة وقابلية التوسع في تنبؤات ارتباط عوامل النسخ بالحمض النووي DNA من خلال الدمج الصريح للميزات الجينومية للحمض النووي مع المعلومات البروتينية والهيكلية الخاصة بعامل النسخ، متفوقاً بذلك على النماذج الحالية التي تعتمد على الحمض النووي فقط عبر أنواع خلوية وسياقات جينومية متنوعة.
يُعدُّ CROssBARv2 إطاراً حوسبياً موحداً وقابلاً للتوسع يدمج البيانات الطبية الحيوية غير المتجانسة في رسم بي معرفي غني بالأدلة والمنشأ مع تضمينات شعاعية، مما يُمكِّن الاستكشاف المدفوع بالذكاء الاصطناعي، والاستعلام باللغة الطبيعية الخالي من الهلوسة عبر CROssBAR-LLM، والنمذجة التنبؤية المتقدمة لإعادة استخدام الأدوية والتنبؤ بوظائف البروتين.