bioinformatics ورقة بحثية

Strain-specific structural variant landscapes shape mutation retention following mutagenesis in Caenorhabditis elegans

تكشف هذه الدراسة أنه في دودة *Caenorhabditis elegans*، تؤثر بنيات المتغيرات الهيكلية الخاصة بسلالات معينة بشكل كبير على ديناميكيات الاحتفاظ بالطفرات عقب عملية الطفرات، حيث تؤدي معدلات التزاوج الخارجي الأعلى، على نحو متناقض، إلى زيادة أعباء المتغيرات الهيكلية وانخفاض تطهير الطفرات الضارة.

Kapila, R., Saber, S., Verma, R. K., Blanco, G., Eggers, V. K., Fierst, J.2026-03-27

💻 bioinformatics

The Tiling Algorithm - A general method for structural characterization of accurate long DNA sequence reads: application to AAV genome sequences.

تقدم هذه الورقة "خوارزمية التبليط" (Tiling Algorithm)، وهي طريقة غير معتمدة على مرجع لتوصيف التنوع الهيكلي والأنواع الثانوية لجينومات الفيروسات المرتبطة بالغدة (AAV) باستخدام بيانات تسلسل القراءة الطويلة الدقيقة، مما يتغلب على قيود النهج المعتمد على المحاذاة في التعامل مع تحديات خاصة بفيروسات (AAV) مثل النهايات الطرفية المقلوبة وآثار التضاعف.

Bruccoleri, R. E., Rouleau, D., Slater, C., Lata, D., Phillion, C., Adjei, S., Adhikari, K., Dollive, S.2026-03-27

💻 bioinformatics

RNApdbee 3.0: A unified web server for comprehensive RNA secondary structure annotation from 3D coordinates

يُعد RNApdbee 3.0 خادماً موحداً عبر الويب يوفر تعليقاً توضيحياً شاملاً للبنية الثانوية للحمض النووي الريبوزي (RNA) من خلال دمج البيانات ثنائية الأبعاد وثلاثية الأبعاد لتصنيف التفاعلات المتنوعة بين النيوكليوتيدات، ومعالجة التناقضات الهيكلية، وتوليد مخرجات وتصورات معيارية من الإحداثيات ثلاثية الأبعاد.

Pielesiak, J., Niznik, K., Snioszek, P., Wachowski, G., Zurawski, M., Antczak, M., Szachniuk, M., Zok, T.2026-03-27

💻 bioinformatics

KyDab - a comprehensive database of antibody discovery selection campaigns.

تعد Kydab قاعدة بيانات شاملة ومتاحة للجمهور، تقوم بتنسيق أكثر من 120,000 تسلسل للأجسام المضادة المزدوجة وبيانات اختيار كاملة المسار من دراسات تحصين Kymouse المعيارية لدعم تطوير وتقييم نماذج الذكاء الاصطناعي لاكتشاف الأجسام المضادة.

Zhou, Q., Chomicz, D., Melvin, D., Griffiths, M., Yahiya, S., Reece, S., Le Pannerer, M.-M., Krawczyk, K.2026-03-27

💻 bioinformatics

Teaching Diffusion Models Physics: Reinforcement Learning for Physically Valid Diffusion-Based Docking

تقدم هذه الورقة إطار عمل للتعلم التعزيزي لضبط نماذج الإرساء الجزيئي القائمة على الانتشار، مما يعزز بشكل كبير قدرتها على توليد وضعيات صالحة فيزيائياً ومحافظة على التفاعلات دون المساس بالدقة الهيكلية أو زيادة الحوسبة أثناء وقت الاستدلال.

Broster, J. H., Popovic, B., Kondinskaia, D., Deane, C. M., Imrie, F.2026-03-27

💻 bioinformatics

Horse, not zebra: accounting for lineage abundance in maximum likelihood phylogenetics

تقدم هذه الورقة طريقتين لتقدير الاحتمال الأقصى تدمجان أولويات وفرة السلالات —من خلال تفسير التفرعات المتعددة كإشارات غير مكتملة لشرائح مشتركة أو نمذجة معدلات التسلسل بما يتناسب مع الانتشار— لتحسين دقة الاستدلال الفيلوجيني (نشوء السلالات) بشكل كبير لمسببات الأمراض سريعة التطور مثل SARS-CoV-2، وذلك عبر إعطاء الأولوية لوضع المتواليات ضمن السلالات الشائعة ("الخيول") بدلاً من السلالات النادرة ("الحمر الوحشية").

De Maio, N.2026-03-27

💻 bioinformatics

Amaranth: Enhanced Single-Cell Transcript Assembly via Discriminative Modeling of UMI Reads and Internal Reads

تقدم الورقة البحثية Amaranth، وهو مجمع نسخ جينية جديد للخلية الواحدة يحسن دقة إعادة بناء النسخ كاملة الطول بشكل كبير من خلال توظيف النمذجة التمييزية لمعالجة التحيزات البيولوجية والإحصائية المتميزة بين القراءات المرتبطة بـ UMI والقراءات الداخلية في بروتوكولات Smart-seq.

Zang, X. C., Zahin, T., Khan, I. M., Shi, Q., Xing, Y., Shao, M.2026-03-26

💻 bioinformatics

Predicting Unseen Gene Perturbation Response Using Graph Neural Networks with Biological Priors

تقدم الورقة البحثية PerturbGraph، وهو إطار عمل للشبكات العصبية الرسومية يدمج الأولويات البيولوجية مثل شبكات التفاعل بين البروتينات والتعليقات الوظيفية للتنبؤ بدقة بالاستجابات النسخية لاضطرابات الجينات غير المرئية، متفوقاً بشكل كبير على النماذج المرجعية الحالية لتعلم الآلة والتعلم العميق.

Dip, S. A., Zhang, L.2026-03-26

💻 bioinformatics

Nextstrain automates real-time phylodynamic analysis of open data for endemic and emerging pathogens

تُعد "نيستريين" (Nextstrain) منصة مؤتمتة تستفيد من البيانات الجينية المفتوحة لتوفير مراقبة وتصور مستمر ومحدث في الوقت الفعلي للديناميات العرقية لـ 21 فيروساً وبكتيريا المتفطرة السلية، مما يتيح تدخلات مستهدفة في مجال الصحة العامة.

Andrews, K. R., Chang, J., Roemer, C., Hadfield, J., Lin, V., Brito, A. F., Daodu, R., Joia, I. A., Kistler, K., Li, A. (…)2026-03-26

💻 bioinformatics

FoundedPBI: Using Genomic Foundation Models to predict Phage-Bacterium Interactions

يُعد FoundedPBI إطار عمل للتعلم العميق تجميعي يستفيد من النماذج التأسيسية الجينومية واستراتيجيات تجميع السياق الطويل المبتكرة للتنبؤ بدقة بالتفاعلات بين العاثيات والبكتيريا من تسلسلات الحمض النووي، متفوقاً بشكل كبير على الأساليب الحالية ذات الحالة الراهنة في مجموعات البيانات المرجعية.

Carrillo Barrera, P., Babey, A., Pena, C. A.2026-03-26

→ السابق التالي ←