bioinformatics ورقة بحثية

Discovery of Selective Nrf2 Activators from Natural Products: AComputational Screening Approach to Minimize Off-Target Effects on PXR and CYP2D6

تقدم هذه الدراسة مسحاً حاسوبياً واسع النطاق لما يقرب من 630,000 من المنتجات الطبيعية باستخدام استراتيجية انتقائية مبتكرة ثلاثية المستويات لتحديد 10 من منشطات Nrf2 فائقة الانتقائية التي ترتبط بفعالية بـ KEAP1 مع تقليل التفاعلات غير المستهدفة مع PXR وCYP2D6، مما يوفر مساراً واعداً لتطوير علاجات أكثر أماناً للأمراض المرتبطة بالإجهاد التأكسدي.

Wang, Y., Gong, Y., Li, R., Li, Z., Cai, H., Fan, L., Ma, H.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Benchmarking precision matrix estimation methods for differential co-expression network analysis

تقوم هذه الورقة البحثية بقياس أداء طرق مختلفة لتقدير مصفوفة الدقة لتحليل شبكات التعبير المشترك التفاضلي باستخدام بيانات محاكاة، كاشفةً أن الأداء يعتمد بشكل كبير على خصائص بيانات محددة، ومحددةً طريقة GLassoElnetFast باعتبارها الطريقة الأكثر دقة مع التأكيد على الحاجة إلى أطر تقييم شاملة لتجنب الاستنتاجات المضللة.

Overmann, M., Grabert, G., Kacprowski, T.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Sex-biased gene expression shapes sex differences in gene essentiality

تدمج هذه الدراسة بين الملامح النسخية المنحازة جنسياً وفحوصات "كريسبر" لتكشف أنه في حين يمكن للتعبير الجيني المنحاز جنسياً أن يؤثر على الفروق الجنسية في حيوية الجينات، فإن الاعتماد الوظيفي المنحاز جنسياً مدفوع بشكل أساسي بتأثيرات مباشرة غير معتمدة على التعبير، لا سيما في الكروموسوم X حيث تلعب الجرعة دوراً مهيمناً.

Rocca, C., DeCasien, A. R.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Beyond Structure and Affinity: Context-Dependent Signals for de novo Binder Success

تُظهر هذه الدراسة أن دمج سمات التسلسل المستندة إلى المعلومات البيولوجية — وتحديداً تلك التي تلتقط نزعة التجمع، والطوبولوجيا، والإشارات المعتمدة على السياق — يحسن بشكل كبير معدل النجاح التجريبي لتصاميم روابط البروتين الجديدة (de novo) بما يتجاوز التقييمات التقليدية القائمة على البنية والألفة.

Bozkurt, C.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Decoding Single-Cell Omics of Perturbation Responses Using DeSCOPE

يُعد DeSCOPE إطار عمل للمشفر التلقائي المتغير الشرطي خفيف الوزن يتفوق على النماذج المرجعية الحالية في التنبؤ باستجابات الخلايا المفردة للاضطرابات الجينية عبر جينات وأنواع خلايا وسيناريوهات جينية متعددة غير مرئية، مما يجعله نموذجاً للخلية الافتراضية متعدد الأنماط ومتعدد الاستخدامات لتصميم الأهداف العلاجية.

Wu, P., Wei, H., Li, Y., Zheng, X., Zhou, C., Hu, X., Wang, C.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Differential co-localisation analysis of multi-sample and multi-condition experiments with spatialFDA

تقدم الورقة البحثية spatialFDA، وهي حزمة مفتوحة المصدر بلغة R تابعة لـ Bioconductor، والتي تدمج الإحصاء المكاني وتحليل البيانات الوظيفية للقياس الكمي بدقة واختبار الفروق في التوضع المشترك الخلوي عبر ظروف متعددة في بيانات الأوميكس المكانية، مُثبتةً فعاليتها من خلال عمليات المحاكاة والتطبيقات البيولوجية في مرض السكري من النوع الأول.

Emons, M., Scheipl, F., Gunz, S., Purdom, E., Robinson, M. D.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Predicting Antibody Self-Association with Sequence Structure Fusion Models: The Central Role of CSI-BLI in Early Developability Screening

تقدم هذه الدراسة إطار عمل للتعلم العميق من الطرف إلى الطرف يدمج نماذج لغة البروتين المضبوطة بدقة مع الرسوم البيانية الهيكلية ثلاثية الأبعاد المستمدة من AlphaFold للتنبؤ بدقة بالتجمع الذاتي للأجسام المضادة (المقاس بواسطة CSI-BLI)، مما يثبت أن دمج السياق التسلسلي والمكاني يتفوق بشكل كبير على النماذج المرجعية القائمة على التسلسل فقط، ويوفر رؤى قابلة للتفسير حول محركات القابلية للتطوير الرئيسية مثل الشحنة والرهاب المائي.

Ahmed, S., Devalle, F., Leisen, L., Pham, T., Amofah, B., Lee, A., Hutchinson, M., Chakiath, C., DiChiara, J., Farzandh (…)2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

Testing and Estimating Causal Treatment Effect Heterogeneity in Observational Studies via Revised Deep Semiparametric Regression: A Lung Transplant Case Study

تقدم هذه الورقة deepHTL، وهو إطار عمل انحدار شبه معلمي عميق يختبر ويقدر بفعالية عدم تجانس تأثير العلاج السببي في الدراسات الرصدية، مما يثبت تفوقه على الأساليب الحالية في عمليات المحاكاة ويكشف أن متلقي زراعة الرئة الأصغر سناً والأقل عرضة للمخاطر يستفيدون بشكل كبير من الفوائد الوظيفية من زراعة الرئة الثنائية مقارنة بزراعة الرئة الأحادية.

Yuan, S., Zou, F., Zou, B.2026-04-15

💻 المعلوماتية الحيوية

From Movement to METs: A Validation of ActTrust(R) for Energy Expenditure Estimation and Physical Activity Classification in Young Adults

تؤكد هذه الدراسة أن مقياس التسارع ActTrust(R) أداة بسيطة وفعالة من حيث التكلفة لتقدير استهلاك الطاقة وتصنيف شدة النشاط البدني لدى الشباب، وذلك من خلال إثبات ارتباطه القوي بسرعة جهاز المشي وما يعادلها من المكافئات الأيضية، فضلاً عن دقته العالية في التنبؤ بمستويات النشاط بما يضاهي جهاز ActiGraph(R) GT3X+ واسع الاستخدام.

dos Santos Batista, E., Basilio Gomes, S. R., Bruno de Morais Ferreira, A., Franca, L. G. S., Fontenele Araujo, J., Mort (…)2026-04-14

💻 المعلوماتية الحيوية

Beyond Single Algorithms: A Framework for Validating and Aggregating Active Modules in Genetic Interaction Networks

تقدم هذه الورقة إطار عمل يعمل على التحقق من وتجميع المخرجات المتميزة لخوارزميات تحديد الوحدات النشطة المتعددة باستخدام التجميع الطيفي والدمج القائم على التوصيلية الجشعة للتغلب على قيود نهج الخوارزمية الواحدة والكشف عن وحدات بيولوجية متماسكة، بما في ذلك الجينات الخفية، في شبكات التفاعل الجيني.

Liu, J., Xu, M., Xing, J.2026-04-14

→ السابق التالي ←