bioinformatics ورقة بحثية

Is metabolism spatially optimized? Structural modeling of consecutive enzyme pairs reveals no evidence for spatial optimization of catalytic site proximity.

تستخدم هذه الدراسة النمذجة الهيكلية والتحليل الحسابي لـ 107 أزواج متتالية من الإنزيمات في بكتيريا الإشريكية القولونية (*E. coli*) لتثبت أنه، على الرغم من وجود ميل لهذه الإنزيمات للتفاعل، فإن مواقعها التحفيزية ليست موضوعة بشكل منهجي في تكوينات محسنة مكانياً لتسهيل نقل المستقلبات.

Algorta, J., Walther, D.2026-03-26

💻 bioinformatics

Self-supervised learning for a gene program-centric view of cell states

تقدم الورقة البحثية "Tripso"، وهو نموذج محول (transformer) ذاتي الإشراف يتجاوز التمثيلات الكامنة الفردية لتعلم تضمينات تركز على البرامج الجينية وقابلة للتفسير لحالات الخلايا، مما يتيح اكتشاف أنماط ذات معنى بيولوجي وفرضيات قابلة للتنفيذ عبر مراحل النمو، والأمراض، والأنظمة التجريبية.

Moullet, M., Isobe, T., Vahidi, A., Leonardi, C., Paulas-Condori, L., Soelistyo, C., Steele, L., Ly, K. C. H., Quiroga L (…)2026-03-26

💻 bioinformatics

Signature Distance: Generalizing Energy Statistics

تقدم هذه الورقة البحثية "مسافة التوقيع" (Signature Distance - SD)، وهي تعميم بنيوي لمسافة الطاقة تقارن بين التوزيعات التجريبية عبر ملفات تعريف المسافة النقطية المرتبة للكشف عن التغيرات في الكثافة المحلية والطوبولوجيا، مما يوفر مقياساً قابلاً للاشتقاق وفعالاً حوسبياً لتحسين تقييم النماذج التوليدية، واختبار الفرضيات، وتعزيز البيانات في البيانات البيولوجية عالية الأبعاد.

Lazzaro, N., Marchesi, R., Leonardi, G., Tessadori, J., Chierici, M., Sales, G., Moroni, M., Tebaldi, T., Jurman, G.2026-03-25

💻 bioinformatics

Chromatix: a differentiable, GPU-accelerated wave-optics library

تقدم هذه الورقة البحثية Chromatix، وهي مكتبة مفتوحة المصدر، ومعززة بوحدات معالجة الرسومات، وقابلة للتفاضل في مجال البصريات الموجية ومبنية على JAX، تعمل على توحيد عمليات المحاكاة البصرية للتغلب على قيود إعادة الاستخدام والأداء في المجهرية الحسابية، محققةً تسريعًا كبيرًا عبر تطبيقات مثل الهولوغرافيا واستعادة الطور.

Deb, D., Both, G.-J., Bezzam, E., Kohli, A., Yang, S., Chaware, A., Allier, C., Cai, C., Anderberg, G., Eybposh, M. H. (…)2026-03-25

💻 bioinformatics

cellSight: Characterizing dynamics of cells using single-cell RNA-sequencing

تقدم الورقة البحثية cellSight، وهو سير عمل مؤتمت وسهل الاستخدام مصمم لتبسيط تحليل تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية من خلال تقليل الجهد اليدوي، وتعزيز قابلية التكرار، وتسريع الاكتشافات البيولوجية.

Chatterjee, R., Gohel, C., Shook, B. A., Taheriyoun, A. R., Rahnavard, A.2026-03-25

💻 bioinformatics

Cenote-Taker 3 for Fast and Accurate Virus Discovery and Annotation of the Virome

تقدم الورقة البحثية Cenote-Taker 3، وهي أداة مفتوحة المصدر تعمل عبر واجهة سطر الأوامر وتتميز بالأداء العالي، حيث تتفوق بشكل كبير على الطرق الحالية في السرعة والدقة في اكتشاف وتوصيف الجينومات الفيروسية والبروفاجات من بيانات التسلسل، مع تقديم نتائج تكميلية لأدوات رائدة أخرى مثل geNomad.

Tisza, M. J., Varsani, A., Petrosino, J. F., Cregeen, S. J. J.2026-03-25

💻 bioinformatics

Computational Design and Atomistic Validation of a High-Affinity VHH Nanobody Targeting the PI/RuvC Interface of Streptococcus pyogenes Cas9: A Bivalent Hub Strategy for CRISPR-Cas9 Enhancement

تقدم هذه الدراسة مساراً حوسبياً كاملاً نجح في تصميم والتحقق ذرياً من نموذج نانو بودي (VHH) عالي الألفة يستهدف واجهة PI/RuvC لبروتين SpCas9، مما أرسى بنية محور ثنائية التكاف مستقرة وغير مثبطة لتوظيف مؤثرات ثانوية لتعزيز وظائف CRISPR-Cas9.

Kumar, N., Dalal, D., Sharma, V.2026-03-25

💻 bioinformatics

AI-guided design of candidate BMPR1A-binding peptides for cartilage regeneration: a multi-tool computational benchmarking study

تقوم هذه الدراسة بمقارنة معيارية لأربعة أدوات من أدوات الذكاء الاصطناعي التوليدي لتصميم ببتيدات مبتكرة (de novo) تستهدف مستقبل BMPR1A لتجديد الغضاريف، حيث حددت مرشحًا من نموذج PepMLM كأفضل أداء من خلال إطار عمل حوسبي متعدد المعايير يتسم بالدقة، وتضع مسار عمل قابل للتكرار لعمليات التحقق التجريبي المستقبلية.

Ahmadov, A., Ahmadov, O.2026-03-25

💻 bioinformatics

CBIcall: a configuration-driven framework for variant calling in large sequencing cohorts

يُعد CBIcall إطار عمل مفتوح المصدر وقائم على التكوين يضمن استدعاء المتغيرات بشكل قابل للتكرار ومعياري عبر بيئات حوسبة متنوعة من خلال التحقق من المعلمات وإرسال سير العمل عبر ملف YAML واحد، كما هو موضح في تحليلات المجموعات واسعة النطاق مثل مشروع EU HEREDITARY.

Rueda, M., Fernandez Orth, D., Gut, I. G.2026-03-25

💻 bioinformatics

Co-folding of Membrane Proteins and Lipid Molecules Improves Membrane-Protein Structure Prediction Accuracy

تقدم الورقة البحثية CoMPLip، وهي طريقة لا تتطلب تدريباً تعمل على تعزيز دقة AlphaFold 3 في التنبؤ ببنيات البروتينات الغشائية من خلال طيها بشكل مشترك صراحةً مع جزيئات الدهون لمحاكاة بيئة غشائية واقعية.

Oheda, H., Inoue, M., Ekimoto, T., Yamane, T., Ikeguchi, M.2026-03-25

→ السابق التالي ←