951 ورقة بحثية
تقدم هذه الورقة Deconomix، وهي حزمة برمجية بلغة بايثون وواجهة مستخدم رسومية شاملة تتيح فك التداخل لبيانات النسخ المتعددة (bulk transcriptomics) لاستنتاج التركيبات الخلوية، وتحسين أوزان الجينات لتحديد المجموعات الخلوية الصغيرة أو المترابطة، ومراعاة مساهمات الخلفية، وتقدير التنظيم الجيني النوعي لكل نوع من الخلايا.
تقدم هذه الورقة نموذجاً للتعلم الآلي يتعلم بنجاح مبادئ التفاعلات غير المرتبطة للتنبؤ بارتباط الدواء بالمستقبل لمواد كيميائية جديدة، مما يوفر إطاراً نظرياً للتغلب على قيود طرق اكتشاف الأدوية القائمة على المصادفة الحالية.
تُعد FlashDeconv طريقة إلغاء التواء قابلة للتوسع وتحافظ على البنية، تتيح تحليلاً مكانياً دقيقاً على نطاق الأطلس لبيانات Visium HD عند مستويات دقة متعددة، مما يكشف عن رؤى بيولوجية بالغة الأهمية مثل آفاق الدقة الخاصة بالأنسجة والنطاقات المناعية الدقيقة التي لم يكن من الممكن اكتشافها سابقاً والتي تغفل عنها النهج الحالية القائمة على التصنيف.
تُعد Col-Ovo أداة ذكاء اصطناعي تعتمد على الهواتف الذكية تتيح العد الآلي السريع لبيض بعوضة "الزاعجة المصرية" من الصور الميدانية بدقة تتجاوز 95%، مما يتغلب بفعالية على عقبة المعالجة اليدوية في برامج مراقبة البعوض واسعة النطاق.
تقدم الورقة البحثية PACMON، وهو نموذج بايزي للعوامل الكامنة القابل للتوسع يدمج بيانات الأوميكس المتعددة من شاشات الاضطراب واسعة النطاق لتفسير وظيفة الجينات من خلال الاستدلال المشترك للبرامج على مستوى المسارات وتعديلها النوعي بواسطة الاضطرابات التجريبية.
يُعد TCRseek إطار عمل استرجاعي ثنائي المراحل وقابل للتوسع، يجمع بين تضمينات k-mer النافذة المستنيرة بيولوجياً مع فهرسة الجيران الأقرب التقريبية وإعادة الترتيب الدقيق لتمكين البحث الفعال وعالي الحساسية لمجموعات مستقبِلات الخلايا التائية الضخمة، محققاً تسريعاً كبيراً مقارنة بطرق البحث الشامل (brute-force) مع الحفاظ على دقة تقارب المثالية.
تُظهر هذه الدراسة أن الاعتماد على أداة واحدة لتوصيف تعدد أشكال النوكليوتيدات المفردة (SNP) أو نموذج جيني واحد يؤدي إلى تباينات كبيرة واستنتاج غير مكتمل للمسارات، في حين أن استراتيجية تعدد الأدوات وتعدد النماذج ترفع التغطية إلى حدها الأقصى وتضمن تفسيراً جينومياً قوياً وقابلاً للتكرار.
تُعد dreampy تنفيذًا بلغة بايثون لإطار عمل dreamlet الخاص بـ R/Bioconductor، والذي يُمكّن من تحليل التعبير التفاضلي للبيانات شبه المجمعة (pseudobulk) باستخدام النماذج الخطية المختلطة لبيانات تسلسل الحمض النووي الريبي أحادي الخلية (scRNA-seq)، وذلك عبر دمج النماذج الخطية المختلطة الموزونة بدقة voom مع التعديل باستخدام بايز التجريبي (empirical Bayes moderation) ضمن منظومة scverse.
تقدم الورقة البحثية Micro16S، وهو إطار عمل للتعلم العميق يولد تمثيلات لـ 16S rRNA غنية بالمعلومات المتعلقة بالتطور وعابرة للمناطق لتحسين تمثيل الميكروبيوم، رغم أن أداءه الحالي في مهام التصنيف لا يزال أدنى من النماذج المرجعية للتعلم الآلي الكلاسيكي بسبب تحديات مثل عدم توازن الفئات.
تُعد منصة ExposoGraph منصة تفاعلية للرسوم البيانية المعرفية توحد البيانات من الموارد الرئيسية للمسرطنات والجينات الصيدلانية لتصور واستكشاف المسارات المعقدة التي تربط بين التعرض للمسرطنات، والتنشيط الأيضي/إزالة السموم، وتلف الحمض النووي، والتباينات الجينية من أجل تحسين أبحاث التفاعل بين الجينات والبيئة.