bioinformatics ورقة بحثية

Breaking the Extraction Bottleneck: A Single AI Agent Achieves Statistical Equivalence with Human-Extracted Meta-Analysis Data Across Five Agricultural Datasets

تُثبت هذه الدراسة أن وكيل ذكاء اصطناعي واحد يمكنه تحقيق تكافؤ إحصائي مع البيانات المستخرجة بشرياً من التحليل التلوي عبر خمس مجموعات بيانات زراعية متنوعة، مما يحل بفعالية العائق الرئيسي لاستخراج البيانات مع خفض التكاليف بمقدار مرتبة أو مرتبتين عشرية.

Halpern, M.2026-03-23

💻 bioinformatics

Learning gene interactions from tabular gene expression data using Graph Neural Networks

تقدم الورقة البحثية إطار عمل REGEN، وهو شبكة عصبية رسومية (Graph Neural Network) تعمل في آن واحد على إعادة بناء شبكات التفاعل الجيني الكامنة والتنبؤ بنتائج المرضى من بيانات النسخ المتماثل الضخمة (bulk transcriptomic data)، مما يظهر أداءً فائقاً عبر أنواع متعددة من السرطانات ويوفر إرشادات عملية لتطبيق الشبكات العصبية الرسومية في اكتشاف الشبكات الجينية.

Boulougouri, M., Nallapareddy, M. V., Vandergheynst, P.2026-03-23

💻 bioinformatics

EvoMut: A Computational Framework for Engineering Oxidative Stability in Proteins

إنّ EvoMut هو إطار حوسبي يدمج البيانات الهيكلية والكيميائية والوظيفية والتطورية للتمييز بين البقايا المعرضة للأكسدة والمناسبة للهندسة وتلك المقيدة وظيفياً، مما يُمكّن من التصميم العقلاني للبروتينات المقاومة للأكسدة.

Arab, S. S., Lewis, N. E.2026-03-23

💻 bioinformatics

A harmonized benchmarking framework for implementation-aware evaluation of 46 polygenic risk score tools across binary and continuous phenotypes

تقدم هذه الدراسة إطار عمل معياريًا متناغمًا ومدركًا للتنفيذ، يقيم 46 أداة لدرجات المخاطر الجينية المتعددة عبر أنماط ظواهر وتكوينات نماذج متنوعة، كاشفةً أنه لا توجد طريقة واحدة مثالية عالميًا، وأن الأداء يتأثر بشكل كبير بمزيج من العوامل الإحصائية والحسابية وعوامل التنفيذ العملية.

Muneeb, M., Ascher, D.2026-03-23

💻 bioinformatics

Helicase: Vectorized parsing and bitpacking of genomic sequences

تقدم الورقة البحثية "Helicase"، وهي مكتبة بلغة "Rust" تستفيد من متجهات "SIMD" وآلات الحالة المحدودة لتقديم أسرع أداء معروف حالياً في معالجة وتعبئة بتات (bitpacking) ملفات "FASTA/Q" للأغراض العامة، متفوقةً بشكل كبير على الأدوات الحالية الرائدة عبر مختلف بنيات المعالجات المركزية.

Martayan, I., Lobet, L., Marchet, C., Paperman, C.2026-03-22

💻 bioinformatics

miRBind2 enables sequence-only prediction of miRNA binding and transcript repression

تقدم الورقة البحثية miRBind2، وهو نموذج تعلم عميق فعال من حيث المعلمات يتنبأ بمواقع استهداف الـ miRNA وكبح مستوى الجينات باستخدام بيانات التسلسل فقط، متفوقاً بذلك على الأساليب الحالية المتطورة دون الاعتماد على ميزات بيولوجية هندسية.

Cechak, D., Tzimotoudis, D., Sammut, S., Gresova, K., Marsalkova, E., Farrugia, D., Alexiou, P.2026-03-21

💻 bioinformatics

Coupling codon and protein constraints decouples drivers of variant pathogenicity

تُظهر هذه الدراسة أن دمج القيود على مستوى الكودون مع السمات الجوهرية للبروتين يكشف أن ممرضية المتغيرات مدفوعة بكل من المنتج البروتيني وعملية الترجمة، مع تباين الأهمية النسبية لهذه العوامل حسب نوع المتغير والسياق التجريبي.

Chen, R., Palpant, N., Foley, G., Boden, M.2026-03-20

💻 bioinformatics

Integrative transcriptome-based drug repurposing in tuberculosis

تقدم هذه الدراسة سير عمل حوسبي قوي يدمج بصمات النسخ المتنوعة لمرض السل مع طرق متعددة لتسجيل الاتصال لتحديد 64 دواءً من الأدوية المعتمدة من قبل إدارة الغذاء والدواء بشكل منهجي كعلاجات واعدة موجهة للمضيف و12 جيناً جسرياً جديداً للتحقق التجريبي المستقبلي.

Samart, K., Thang, L., Buskirk, L. R., Tonielli, A. P., Krishnan, A., Ravi, J.2026-03-20

💻 bioinformatics

TriGraphQA: a triple graph learning framework for model quality assessment of protein complexes

يُعد TriGraphQA إطار عمل جديد للتعلم عبر الرسوم البيانية الثلاثية يحسن تقييم جودة المعقدات البروتينية من خلال الفصل الصريح بين طي السلسلة الواحدة والارتباط بين السلاسل عبر ثلاثة مناظير هندسية ووحدة تجميع سياق الواجهة، مما يجعله يتفوق على الأساليب الرائدة في تحديد التجمعات القريبة من الحالة الأصلية.

Liang, L., Zhao, K.2026-03-20

💻 bioinformatics

RNASTOP: A Deep Learning Framework for mRNA Chemical Stability Prediction and Optimization

يُعد RNASTOP إطار عمل جديداً للتعلم العميق يحسن بشكل كبير من دقة التنبؤ بالاستقرار الكيميائي لـ mRNA ويسمح بالتحسين العقلاني للتسلسل، مما يسرع تطوير علاجات mRNA المستقرة والفعالة.

Lin, S., Chen, J., Sun, H., Zhang, Y., Yang, W., tan, h., Wei, D.-Q., Jiang, Q., Xiong, Y.2026-03-20

→ السابق التالي ←