bioinformatics ورقة بحثية

Computational Prediction of Plasmodium falciparum Antigen-T-cell Receptor Interactions via Molecular Docking: Implications for Malaria Vaccine Design

تستخدم هذه الدراسة الإرساء الجزيئي الحاسوبي والمعلوماتية المناعية لتحديد PfCyRPA وPfMSP10 وPfCSP كأفضل المرشحين من مستضدات المتصورة المنجلية (Plasmodium falciparum) لتصميم لقاح الملاريا من خلال تقييم تفاعلاتها مع مستقبلات الخلايا التائية البشرية.

Kipkoech, G., Kanda, W., Irungu, B., Nyangi, M., Kimani, C., Nyangacha, R., Keter, L., Atieno, D., Gathirwa, J., Kigondu (…)2026-03-20

💻 bioinformatics

A Multi-Dataset Transcriptomic Analysis Unravels Core Mechanisms Involving Vitamin D Metabolism and Inflammatory Pathways for Frailty Diagnosis.

تستخدم هذه الدراسة تحليل النسخ المتعدد البيانات والتعلم الآلي لتحديد بصمات جزيئية قوية، تسلط الضوء تحديداً على استقلاب فيتامين (د) والمسارات الالتهابية، باعتبارها آليات جوهرية ومؤشرات حيوية تشخيصية للهزال.

Hu, X., Zheng, W., Li, Y., Zhou, D.2026-03-20

💻 bioinformatics

Differentiable Gene Set Enrichment Analysis for Pathway-Level Supervision in Transcriptomic Learning

تقدم هذه الورقة تحليل إثراء المجموعات الجينية التفاضلي (dGSEA)، وهو بديل قابل للتوسع ومستقر عددياً لتحليل إثراء المجموعات الجينية الكلاسيكي، والذي يتيح الإشراف على مستوى المسار في نماذج التنبؤ بالنسخ الوراثي من خلال استبدال عمليات التصنيف المنفصلة بتقديرات تقريبية تفاضلية، مما يسد الفجوة بين أهداف التدريب على مستوى الجينات والتفسير على مستوى المسار.

Li, S., Ruan, Y., Yang, X., Wen, Z., Saigo, H.2026-03-20

💻 bioinformatics

ECHO: a nanopore sequencing-based workflow for (epi)genetic profiling of the human repeatome

تقدم الورقة البحثية ECHO، وهو مسار معالجة يعتمد على Snakemake وسهل الاستخدام، يستفيد من تقنية تسلسل Oxford Nanopore لتمكين التوصيف (فوق الجيني) الشامل والقابل للتكرار والتوسع من البداية إلى النهاية للـ (epi)genetics الخاص بالـ human repeatome.

Poggiali, B., Putzeys, L., Andersen, J. D., Vidaki, A.2026-03-20

💻 bioinformatics

Mapping spatial cell-cell communication programs by tailoring chains of cells for transformer neural networks

تقدم الورقة البحثية scCChain، وهو إطار عمل قائم على المحولات (transformer) يقوم برسم خرائط التواصل المكاني بين الخلايا من خلال بناء وتصنيف سلاسل مخصصة من الخلايا لتحديد برامج تواصل قابلة للتفسير وتحديد مواقع بؤر التفاعل الساخنة على مستويي البقعة والخلية المنفردة.

Brunn, N., Guitart, L. C., Farhadyar, K., Fullio, C. L., Kailer, J., Vogel, T., Hackenberg, M., Binder, H.2026-03-20

💻 bioinformatics

Systematic assessment of machine learning-based variant annotation methods for rare variant association testing

تقوم هذه الدراسة بقياس خمس طرق لتعليق المتغيرات تعتمد على التعلم الآلي بشكل منهجي عبر بيانات "UK Biobank"، كاشفةً أن CADD v1.6 يحقق أفضل فصل للإشارات بينما تظهر AlphaMissense مشكلات في المعايرة، مما يوفر في النهاية توجيهات عملية لاختيار الطريقة وإطار عمل جديد لتقييم المعايرة في اختبار ارتباط المتغيرات النادرة.

Aguirre, M., Irudayanathan, F. J., Crow, M., Hejase, H. A., Menon, V. K., Pendergrass, R. K., McCarthy, M. I., Fletez-Br (…)2026-03-20

💻 bioinformatics

ISdetector: precise mapping of insertion sequences and associated structural variations from short-read sequencing data

تقدم الورقة البحثية ISdetector، وهو مسار معالجة معلوماتية حيوية قابل للتوسع ومتين يتفوق على الأدوات الحالية في رسم خرائط تسلسلات الإدراج بدقة وكشف التباينات الهيكلية المرتبطة بها في جينومات البكتيريا والعتائق باستخدام بيانات تسلسل القراءات القصيرة.

Zhou, Y., Lu, B.2026-03-20

💻 bioinformatics

Improving genomic language model reliability under distribution shift

تُثبت هذه الورقة أن تطبيق قياس درجة الحرارة والشبكات العصبية المعرفية يحسن بشكل كبير من موثوقية النماذج اللغوية الجينومية القائمة على المحولات عند مواجهة تحولات التوزيع، مثل البيانات الضوضائية أو المتغيرات الجديدة، عبر مهام التنبؤ الجينومي المتنوعة.

Hearne, G., Refahi, M. S., Polikar, R., Rosen, G. L.2026-03-20

💻 bioinformatics

Bacteriophage host prediction using a genome language model

تُظهر هذه الدراسة أن التضمينات غير الخاضعة للإشراف المستخرجة من نموذج لغة الجينوم المسبق التدريب Evo2 تلتقط إشارات ذات مغزى لنطاق المضيف للعاثيات، محققة أداء استرجاع تنافسي يتم تعزيزه بشكل أكبر عند دمجه مع الطرق التقليدية القائمة على المحاذاة والـ k-mer في مسار هجين.

WANG, Z., Arsuaga, J.2026-03-20

💻 bioinformatics

PanXpress: Gene expression quantification with a pan-transcriptomic gapped k-mer index

يُعد PanXpress إطار عمل موحداً، وفعالاً، ودقيقاً للتقدير الكمي للتعبير الجيني البكتيري، حيث يستخدم فهرساً شاملاً للترانسكريبتوم يعتمد على الـ k-mer الفجوي (gapped k-mer) للتغلب على انحياز المرجع في العينات المختلطة السلالات من خلال بناء مراجع مباشرة من البيانات الجينومية، متفوقاً بذلك على الأدوات الحالية في الدقة، والسرعة، واستهلاك الذاكرة.

Alves Ferreira, I., Zentgraf, J., Schmitz, J. E., Rahmann, S.2026-03-20

→ السابق التالي ←