bioinformatics ورقة بحثية

Fast and accurate resolution of ecDNA sequence using Cycle-Extractor

يُعد Cycle-Extractor أداة برمجة خطية للأعداد الصحيحة المختلطة سريعة ودقيقة تعيد بناء هياكل الحمض النووي خارج الكروموسومات (ecDNA) من بيانات تسلسل القراءات القصيرة والطويلة على حد سواء، متفوقةً بذلك على الطرق الحالية في السرعة ومحققةً دقة فائقة في تحديد الدوائر الورمية الكبيرة ذات النسخ العالية التي تم التحقق منها بالأدلة التجريبية.

Faizrahnemoon, M., Luebeck, J., Hung, K. L., Rao, S., Prasad, G., Tsz-Lo Wong, I., G. Jones, M., S. Mischel, P., Y. Chan (…)2026-03-13

💻 bioinformatics

SuperSurv: A Unified Framework for Machine Learning Ensembles in Survival Analysis

تقدم هذه الورقة SuperSurv، وهي حزمة مفتوحة المصدر للغة R توفر إطار عمل موحداً لبناء وتقييم وتفسير مجموعات التعلم الآلي لبيانات البقاء على قيد الحياة ذات الرقابة اليمنى، وذلك من خلال دمج المتعلمين غير المتجانسين، وتنفيذ التكديس الموزون بـ IPCW، وتقديم أدوات شاملة لضبط المعلمات الفائقة، والمقارنة المرجعية، والتفسير السريري.

Lyu, Y., Huang, X., Lin, S. H., Li, Z.2026-03-13

💻 bioinformatics

DNA-MGC+: A versatile codec for reliable and resource-efficient data storage on synthetic DNA

تقدم الورقة البحثية DNA-MGC+، وهو برنامج ترميز متعدد الاستخدامات يتفوق بشكل كبير على الحلول الحالية من خلال تمكين استرجاع البيانات بشكل موثوق وفعال من حيث الموارد على الحمض النووي الاصطنا tamp عبر منصات تسلسل متنوعة، حتى في ظل معدلات خطأ عالية وأعماق تسلسل منخفضة.

Khabbaz, R., Mateos, J., Antonini, M., Kas Hanna, S.2026-03-13

💻 bioinformatics

BioPipelines: Accessible Computational Protein and Ligand Design for Chemical Biologists

تُعد BioPipelines إطار عمل مفتوح المصدر بلغة بايثون يعمل على تبسيط اعتماد أدوات التعلم العميق لتصميم البروتينات والروابط من خلال تمكين علماء الأحياء الكيميائية من تحديد ونمذجة وتنفيذ سير عمل حوسبي معقد ومتعدد الخطوات بأقل جهد برمجي ودون الحاجة إلى بنية تحتية متخصصة.

Quargnali, G., Rivera-Fuentes, P.2026-03-13

💻 bioinformatics

Orally Delivered dsRNA-Derived siRNAs Reach the Central Nervous System in Leptinotarsa decemlineata

تقدم هذه الدراسة أدلة كيميائية حيوية على أن الحمض النووي الريبوزي مزدوج الشريط (dsRNA) الذي يتم تناوله عن طريق الفم في خنفساء البطاطس الكولورادية تتم معالجته إلى جزيئات حمض نووي ريبوزي صغير (siRNAs) وظيفية داخل الجهاز العصبي المركزي، مما يؤكد النقل والنشاط الجهازي لتقنية تداخل الحمض النووي الريبوزي (RNAi) في الأنسجة العصبية.

Amineni, V. P. S., Cedden, D.2026-03-13

💻 bioinformatics

SpliceSelectNet: A Hierarchical Transformer-Based Deep Learning Model for Splice Site Prediction

تقدم الورقة البحثية نموذج SpliceSelectNet، وهو نموذج تعلم عميق هرمي قائم على تقنية Transformer، يحقق دقة وحالة متطورة في التفسير البيولوجي عند التنبؤ بمواقع الوصل وتحديد الوصل غير الطبيعي من خلال التقاط التبعيات التنظيمية المحلية وبعيدة المدى (حتى 100 كيلوباز) في تسلسلات الحمض النووي بشكل فعال.

Miyachi, Y., Nakai, K.2026-03-12

💻 bioinformatics

Fleming: An AI Agent for Antibiotic Discovery in Mycobacterium Tuberculosis

فليمنج (Fleming) هو وكيل ذكاء اصطناعي تكاملي يجمع بين النماذج التمييزية والتوليدية مع تحسين الجزيئات والتنبؤ بخصائص الامتصاص والتوزيع والتمثيل الغذائي والإخراج والسمية (ADMET) لتحديد وتصميم مركبات رائدة جديدة بنجاح لتثبيط المتفطرة السلية بمعدلات نجاح مخبرية عالية وملفات تعريف سلامة مواتية.

Wei, Z., Ektefaie, Y., Zhou, A., Negatu, D., Aldridge, B. B., Dick, T. B., Skarlinski, M., White, A., Rodriques, S. G. (…)2026-03-12

💻 bioinformatics

Igniting full-length isoform analysis in single-cell and spatial RNA-seq data with FLAMESv2

تُعد FLAMESv2 حزمة برمجية عالية الوحدات ومستقلة عن البروتوكولات، مصممة لبيئة R/Bioconductor، لمعالجة وتحليل بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA) أحادية الخلية والمكانية ذات القراءات الطويلة، مما يتيح توصيفاً شاملاً للأشكال المتعددة للـ RNA (isoforms)، والربط البديل (alternative splicing)، والتباين الخلوي عبر مختلف مسارات العمل التجريبية.

Wang, C., Prawer, Y. D. J., Voogd, O., Schuster, J., Pasquali, C., De Paoli-Iseppi, R., Li, A., Hallab, J., Tian, L., Pe (…)2026-03-12

💻 bioinformatics

mnDINO: Accurate and robust segmentation of micronuclei with vision transformer networks

تقدم الورقة البحثية نموذج mnDINO، وهو نموذج تقسيم يعتمد على المحولات الرؤيوية (vision transformer) يتميز بالمتانة، تم تدريبه على مجموعة بيانات متنوعة تضم أكثر من 5,000 نواة مجهرية مشروحة لتحقيق كشف عالي الدقة لهذه الهياكل تحت الخلوية النادرة عبر مختلف المجاهر والخطوط الخلوية، مع إتاحة جميع الموارد للعموم.

Ren, Y., Morlot, L., Andrews, J. O., Thrane Hertz, E. P., Mailand, N., Caicedo, J. C.2026-03-12

💻 bioinformatics

DEX: a consensus-based amino acid exchangeability measure for improved codon substitution modelling

تقيم هذه الدراسة 30 مقياساً لمسافة الأحماض الأمينية عبر مجموعات بيانات بيولوجية متنوعة لتثبت أن مقياساً جديداً قائماً على الإجماع، وهو DEX، والمستمد من المسح الطفري العميق وبيانات التبادل التجريبي، يتفوق على المقاييس الحالية في نمذجة أنماط استبدال الكودونات والتنبؤ بمتوسط ترددات الاستبدال.

Douglas, G. M., Bobay, L.-M.2026-03-12

→ السابق التالي ←