💻 Category

bioinformatics

1123 ورقة بحثية

💻 المعلوماتية الحيوية

Simplex-Constrained Neural Topic VAEs with Flow Refinement for Interpretable Single-Cell Gene-Program Discovery

تقدم الورقة البحثية Topic-FM، وهي عائلة جديدة من نماذج التشفير التلقائي المتغير (VAEs) للمواضيع العصبية التي تفرض قيود السيمبلكس عبر توزيع لوجستي-طبيعي ديليشيت (logistic-normal Dirichlet) وتستخدم تدفق النقل الأمثل الشرطي لتعزيز أداء التجميع، والتمييز الخاضع للإشراف، والقابلية للتفسير البيولوجي للبرامج الجينية عبر مجموعات بيانات تسلسل الحمض النووي الريبوزي أحادي الخلية (scRNA-seq) المتنوعة.

Fu, Z.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Serum metabolic signatures of cognitive resilience in a longitudinal aging cohort

تحدد هذه الدراسة بصمات أيضية مصلية متميزة، بما في ذلك أسيل كارنيتين محددة، ومركبات مشتقة من النظام الغذائي مثل البيبيرين واللوتين، وتغيرات في استقلاب الأدوية، والتي تعمل كمتنبئات جزيئية للمرونة الإدراكية الاستثنائية في مجموعة دراسة طولية للشيخوخة.

Scheurink, T. A. W., Seo, J. I., David, L. C., Wang, C. X., Solis, D., Zemlin, J., Bergstrom, J., Dorrestein, P. C., Moh (…)2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Subcellular Localization Constrains Protein Detectability and Reveals Systematic RNA-Protein Discordance Across Cancers

تُظهر هذه الدراسة أن دمج التموضع داخل الخلايا مع بيانات التعبير عن الحمض النووي الريبوزي (RNA) يُحسّن بشكل كبير من التنبؤ بقابلية اكتشاف البروتين عبر أنواع السرطانات البشرية، مما يكشف أن عدم التطابق الواسع النطاق بين الحمض النووي الريبوزي والبروتين مدفوع بعمليات بيولوجية منظمة وليس بتباين عشوائي.

Joshi, K., Kate, S.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

CROWN: Curated Repository Of Well-resolved Noncovalent interactions

تقدم CROWN مجموعة بيانات جاهزة للتعلم الآلي تضم 153,005 من معقدات البروتين واللجين عالية الجودة التي توفق بين الموثوقية الهيكلية وتنوع البيانات عبر تطبيق مسار مؤتمت شامل يتضمن خطوة مبتكرة لتقليل الطاقة على قاعدة بيانات PLInder، مما يوفر مورداً متمحوراً حول الهندسة لتدريب ونمذجة نماذج التنبؤ بالتفاعل.

Poelmans, R., Van Eynde, W., Bruncsics, B., Bruncsics, B., Arany, A., Moreau, Y., Voet, A. R.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Claw4Science: A Dataset and Platform for the OpenClaw Scientific Agent Ecosystem

تقدم هذه الورقة Claw4Science، وهو عبارة عن مجموعة بيانات منسقة ومنصة عامة توحد منظومة وكلاء OpenClaw العلمية المجزأة من خلال فهرسة 91 مشروعاً و2,230 مهارة لتسهيل الاكتشاف والتحليل والتطوير المعياري في المعلوماتية الحيوية وسير العمل العلمي.

Xu, M., Chen, J., Zhang, Z.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Robust Random Forests for Genomic Prediction: Challenges and Remedies

تقيم هذه الورقة استراتيجيات تعزيز متانة الغابات العشوائية ضد تلوث الاستجابة في التنبؤ الجينومي، حيث وجدت أن نهجي تحويل البيانات والترتيب هما الأكثر فعالية في استعادة الإشارات الكامنة في مجموعات بيانات التربية المشوبة بالضجيج، بينما تنصح بأن النماذج القياسية تظل هي المفضلة للبيانات النظيفة.

Lourenco, V. M., Ogutu, J. O., Piepho, H.-P.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Accurate detection of mosaic mutations at short tandem repeats from bulk sequencing data

تقدم الورقة البحثية BulkMonSTR، وهو إطار حوسبي يجمع بين نمذجة الأخطاء الخاصة بالتكرارات الترادفية القصيرة (STR) والتعلم الآلي للكشف بدقة عن طفرات التكرارات الترادفية القصيرة الموزايكية الحقيقية وتمييزها عن ضجيج التسلسل والمتغيرات الجرثومية في بيانات التسلسل الضخمة، متفوقاً بذلك على الطرق الحالية عبر أنواع مختلفة من العينات.

Wang, W., Li, W., Wang, C., Fan, W., Xia, Y., Yang, X., Chu, C., Dou, Y.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Explainable protein-protein binding affinity prediction via fine-tuning protein language models

تقدم هذه الورقة إطار عمل قابلاً للتوسع، وقابلاً للتفسير، وفعالاً من حيث استهلاك البيانات، يعيد صياغة التنبؤ بآلفة الارتباط بين البروتينات كمسألة تعلم متري باستخدام نماذج لغوية بروتينية مضبوطة بدقة، محققاً أداءً هو الأفضل في فئته من خلال التسلسل وحده دون الحاجة إلى مدخلات هيكلية ثلاثية الأبعاد.

Singh, H., SINGH, R. K., Srivastava, S. P., Pradhan, S., Gorantla, R.2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

IMMREP25: Unseen Peptides

يُظهر معيار IMMREP25 أن دمج النمذجة الهيكلية يعزز بشكل كبير التنبؤ بارتباط مستقبِل الخلايا التائية (TCR) بمركب (pMHC) للببتيدات غير المرئية، محققاً قيمة macro-AUC_0.1 تبلغ 0.60، مما يمثل تحسناً ملحوظاً مقارنة بأداء التخمين العشوائي السابق على مثل هذه البيانات.

Richardson, E., Aarts, Y. J. M., Altin, J. A., Baakman, C. A. B., Bradley, P., Chen, B., Clifford, J., Dhar, M., Diepenb (…)2026-04-01
💻 المعلوماتية الحيوية

Inferring circadian phases and quantifying biological desynchrony across single-cell transcriptomes

تقدم هذه الورقة scRitmo، وهو إطار عمل احتمالي يستنتج بدقة أطوار الإيقاع اليوماوي للخلية الواحدة ويقيس عدم التزامن البيولوجي من خلال تمييزه عن الضجيج التقني عبر أنسجة وكائنات وظروف تجريبية متنوعة.

Salati, A., Paychere, Y., Hahaut, V., Gobet, C., Naef, F.2026-04-01